但是，辛亥革命推翻清王朝的過程似乎太容易了，更多的困難留給了革命之後。由於清王朝不是由長期的劇烈革命鬥爭推翻的，也就沒有為革命派在戰爭中創建一支強大的軍隊創造條件。當時，雖然在一些地方，特別是在南方的一些省份，獨霸一方的實力派們曾紛紛站到革命一邊，但對於手中沒有什麼實力的南京臨時政府來說，要控製和指揮這些軍事力量是相當困難的。這種情形也反映在領袖的影響力上。孫中山個人的威望和影響是形成臨時政府權威基礎的一個重要因素。曆史上許多革命的例子都表明，領袖個人的魅力和感召力是形成革命後新的政權基礎的一個重要方麵。但“輕而易舉”的辛亥革命無法為形成這樣的領袖提供舞台。孫中山雖具有相當的威望，但在辛亥革命中的作用主要是象征性的，並沒有參與多少實際的策劃、組織和指揮工作，這與曆史上那些在長期艱苦鬥爭中形成的“革命英雄式的領袖”是不同的；而且，孫中山的大部分革命活動是在海外進行的，因此，孫中山在海外華人中的威望要遠高於國內。種種跡象表明，利用領袖個人感召力來建立南京臨時政府權威基礎的條件並不充分。在上述條件下，南京臨時政府隻維持幾個月，就不得不將權力移交給袁世凱，這就毫不奇怪了。
革命的基本問題是政權問題。資產階級革命派長期鬥爭夢寐以求的就是推翻清王朝封建專製政權，建立一個資產階級民主共和國。武昌起義和全國響應為這個共和國的建立提供了機會。經過獨立各省代表的討論醞釀及孫中山的回國，1912年1月1日，中國第一個資產階級共和國——中華民國臨時中央政府終於誕生了。對此，孫中山高興地說：予三十年如一日之恢複中華，創立民國之誌，於斯竟成。但是，這個南京臨時政府卻實際上並未能如孫中山所願的那樣成為一個強固統一的政府，它從一開始就軟弱無力，對獨立的17省政權從未實現過真正的號令權力。
在南京臨時政府成立的過程中，獨立各省就存在著嚴重的派係鬥爭和畛域觀念。在建立全國統一的政權活動中，就出現過武昌和上海兩地相爭的現象。1911年11月7日，湖北都督黎元洪以“義軍四應，大局略定，唯未建設政府，各國不能承認交戰團體”為由，向各地軍政府發出征求意見電。越二日，便通電各省代表趕赴武昌，籌組臨時政府。對於黎元洪的這種做法，江浙革命黨人與立憲派首領立即起而抵抗。11月11日，江蘇都督程德全和浙江都督湯壽潛聯名致電上海都督陳其美，提議在上海開會，籌建革命政權。理由堂而皇之，即上海既是位居交通樞紐，又是列強各國注視之地。陳其美隨即於11月13日通電各省代表來滬。11月15日，浙江、江蘇、鎮江、福建、山東、湖南、上海七處代表在滬集會，成立“各省都督府代表聯合會”。這樣，便形成了武昌與上海兩個爭奪建立中央政府的權力中心，直到孫中山回國到滬，武昌、上海兩地的爭吵與矛盾才算告一段落。
同時，在南京臨時政府的運作過程中，獨立各省並不聽命，中華民國臨時政府實際上成為一個對外名義上的代表獨立各省的共和國中央政府。1912年1月1日，孫中山在南京就任中華民國第一任臨時大總統時宣誓說：“傾覆滿清專製政府，鞏固中華民國，圖謀民生幸福，此國民之公意，文實遵之，以忠於國，為眾服務。至專製政府既倒，國內無變亂，民國卓立於世界，為列邦公認，斯時文當解臨時大總統之職。謹於此誓於國民。”他還發布了《臨時大總統宣言書》和《告全國同胞書》，提出中華民國臨時政府的任務是：“盡掃專製之流毒，確定共和，以達革命之宗旨。”但是，要真正實現上述任務談何容易。在民國初建、內憂外患、困難重重之時，要求臨時政府的中堅力量同盟會加強統一領導，以適應千變萬化的複雜局麵，但同盟會卻恰恰相反，在革命的緊要關頭，反而更加渙散了。1912年1月3日，南京臨時政府剛剛成立，章炳麟就宣布正式脫離同盟會，而與立憲派、舊官僚聯合，在上海組織中華民國聯合會；1月14日，滬軍都督陳其美因不能容許光複會首領陶成章在自己的禁臠之內活動而派蔣介石將其暗殺於上海法租界廣慈醫院；湖北革命黨人孫武由於未能取得南京臨時政府中的部長席位，便憤然脫離了同盟會，轉而聯合湖北的立憲派另行組織“民社”，擁戴黎元洪為領袖，與同盟會作對。革命尚未成功，南方政府內部就已經四分五裂。