金元戰事不斷，在蒙古鐵騎的強有力進攻下，大批儒士顛沛流離，有的葬身溝壑，有的淪為驅奴，儒士及他們所載承的中華統文化遭到了很大的摧殘。
以耶律楚材為代表的少數漢族儒人，曾以其卜筮、理財、醫術等技藝取得了成吉思汗、窩闊台汗的信任。利用種種便利，向蒙古統治者竭力宣傳儒學的意義與功用，還說服蒙廷實行“戊戌選士”，解脫了部分儒士的奴籍，讓儒士繼僧道之後開始享有了很大的重視度。還在 1222 年左右建起了燕京夫子廟。元末張昱詩日：
一時睿斷出天真，太祖雄姿自聖神。
宣諭黃金塑聖人，要將儒釋同尊奉。
但是蒙古統治者對士、儒學的接受與同程度仍極為有限。蒙哥汗曾說：“孔、老之教，世少用，不達性命，唯說現世，隻可稱為賢人”。佛教則可以“窮盡生死善惡之本，深達幽明性命之道，千變萬化，神聖無方”。在蒙哥汗看來，儒學在道、釋、儒三教中說服性最差，也難以收到祈天祝福的效益。
總的說，蒙古四大汗時期，儒學的地位被貶低，多數儒士沒有受到應有的重視與任用。
忽必烈是第一位主動接觸與學習漢地儒學的蒙古貴族。1252 年北方名士元好問、張德輝想尊其為“儒教大宗師”，忽必烈同意。在此前後，忽必烈的金蓮川幕府中也曾彙集了許多汗朝儒雅之士。這些儒士學術誌趣都大抵相同，無不殫精竭慮地向忽必烈獻上儒學之道。王鶚進講《尚書》、《孝經》、《易經》和古今之變、齊家治國的道理。趙璧把《大學衍義》譯為蒙語，專門在騎馬時講給忽必烈聽。竇默則首論三綱五常，還引發了忽必烈“人道之端，無大於此”的共鳴。忽必先後任命儒許衡為京兆儒學教授，張德為提舉真定路學校，頒降令旨讓地方官府實施蠲免儒戶兵賦條例與代答刺罕管轄邢州，實際上主要是以儒士和儒術來治理的。忽必烈還受高智耀“以儒為驅，古無有也。陛下方以古道為治，宜除之，以風厲天下”的建議，令高循行州縣，釋放被拘留的文人儒士。
儒學與儒士為忽必烈提供了來自漢地王朝的很寶貴的記錄，提供了直接治理漢地的基本藍圖與更好的方法。這對忽必烈成為少數民族君主中統一南北和以漢法治漢地的第一人，意義重大。忽必烈即汗位後的最初一兩年，很多儒士被重用，擔任中書省宰執和宣撫使等。譬如中書省平章趙璧，左丞張文謙，右丞廉希憲，副使徐世隆，燕京路宣撫使李德輝，副使王磐，益都濟南等路宣撫使宋子貞，平陽太原路宣撫使張德，北京等路宣撫使楊，東平路宣撫使姚樞，北京等路宣撫使楊果等。他們占當時中書省正副宰相的二分之一，占十路正、副宣撫使的五分之二強。
特別值得一提是，忽必烈還特意命令皇子真金從名儒姚樞、竇默受《孝經》，講授完畢，忽必烈予以重賞。至元八年（1271 年）又降旨新任國子祭酒許衡教蒙古生四人，後增到七人。這幾名蒙古生都是由忽必烈親自揀選出來的。堅童、太答、禿魯及康裏人不忽木都包含在裏麵。忽必烈曾親自觀賞他們所書字，親自試驗所學成效，獎勵優秀的人。忽必烈還特意囑咐許衡用心輔導怯薛長、中書省右丞相安童。
關於此安排，元人蘇天爵稱頌道：
世祖聖明天縱，深明儒術之大，思有以變化其人而用之，以為學成於下，而後進於上，或疏遠未即自達，莫若先取侍禦貴近之特異者使受教焉，則立竿見影。
蘇天爵語，雖有奉承之意，但反映的情況多數是真實的。無論忽必烈是否有意，若幹年以後，不忽木、真金、安童等均得到不同程度的儒化，並成為朝廷中儒士的政治代表或支持者。
比起持有“儒家何如巫醫”與“不蹈襲他國所為”偏見的蒙哥汗，忽必烈對儒學治國齊家之道更有關。忽必烈曾經說：“孔子言三綱五常。人能自治，而後能治人；能齊家，而後能治國”，忽必烈對孔子學說也能夠言其要領，慢慢說來。
然而，這隻是事情的一個方麵。應該承認和正視，忽必烈對儒學沒有完全信奉和尊崇，而僅是有選擇地學習和吸收。
忽必烈非常強調儒學的應用性。
當廉希憲讀《孟子》懷書進見，闡揚性善義利之說時，忽必烈譽其為廉孟子。
而當至元七年（1270 年）廉希憲因忤旨罷相賦閑。忽必烈詢問廉居家何為，左右回答：讀書。忽必烈當即批評道：“讀之不肯見用，讀書固朕所教，何多讀為？”
可見，忽必烈對學儒讀經，基本要求是能為其治國經世所用。
所有儒士中，張文謙、趙璧、姚樞、廉希憲四人治國經世之才稍顯，能為忽必烈解決一些實際問題，相對而言，他們四人還能受到一定的重用。
對許衡的態度則要差很多。一次，忽必烈批評許衡：竇漢卿獨言王以道（文統），當時你為何不說呢？豈孔子教法使汝是耶？汝不遵循孔子教法若是耶？以前的先不追究，今後勿爾也。是雲是，非雲非，不可者勿行，可者行。我今召汝無他，省中事前雖命汝，汝意猶未悉，今麵命汝。他們都說你好，想有其實。汝之名分，其斟酌在我。國事所以無失，百姓所以得安，其謀謨在汝。謂汝年老未為老，謂你年小不為小，正當黽勉從事，不要辜負平生所學。
宋元時期儒學的主流已發展為理學，許衡便是北方理學宗師。雖許衡在漢族儒臣心目中是學術領袖與旗幟，盡管至元初許衡也曾上疏論及立國規模，中書大要，為君難，農桑學校，慎微等五事，但他空言性理較多，幫他做實在的事又少。
有些說法本來就比較冗長深奧，又需要借助翻譯為中介，忽必烈很難聽懂，更不易認可。即使忽必烈自擇高明翻譯，也難免發生言不逮意或語意不倫等情況。忽烈指責許衡未直言文統問題，指責他年富力強卻不做實事，指責他負盛名而不務實，這是錯誤的。
儒學隻是忽必烈所接觸的漢地文化的一個，並不是全部。他接觸漢地文化還包括傳統官製、陰陽曆數、王霸之術、道教及漢地佛教等。無論忽必烈的藩邸舊臣，抑或即位以後招羅的文臣，事實上隻是凡夫俗子，還有不少擅長王霸之術、陰陽曆數、詩賦文辭、管理財賦，或者佛、道、儒兼通者。這些人員都在忽必烈麵前施展自己的才能，爭取他的認可。忽必烈對這類人的重視與賞識往往不在純粹的儒士之下。試舉例如下：
劉秉忠學貫佛、儒、道，尤精通曉音律、算數、推步和仰觀占候，還嫻熟治國之術。忽必烈說他“事朕三十餘年，小心慎密，不避險難，事有可否，言無隱情。又其陰陽術數之精，占有知來，若合符契”。他同忽必烈“情好日密，話必夜闌，如魚得水，如虎在山”，這不是外人所能及的。
金末狀元王鶚“以文章魁海內”，“一時學者翕然鹹師尊之”。忽必烈對他格外優待；每每賜座，呼狀元而不名。雖然他也曾給忽必烈進講修身齊家治國平天下之道，但忽必烈最看重的是王鶚。包括《中統建元詔》在內的許多大誥命和大
典冊，無一不是出於王鶚之手。
第九章所述原南宋太學生葉李因率同舍生八十三人伏闕上書抨擊賈似道繆司台鼎，病民誤國，忽必烈聞其奏章，大加褒揚。特命侍禦史程钜夫招至京師，賜坐賜宴，則五日一次人宮議事，很快提拔為尚書省右丞，賜賚甚多，成為忽必烈後期地位最高的人。
忽必烈對人才的衡量尺度，除了為己所用外，都是因其是各有才能。這種喜好並不以儒學為界限，儒學也罷，其它也好，隻要屬於奇異傑出技能，忽必烈就一概抱著極大興趣與熱忱去關注，去重視。出於這種喜好，忽必烈的心目中自然不會獨尊儒學了。
儒學與儒士不能滿足忽必烈黷武嗜利的需要，有時更是相各抵能，這也是他對儒學不十分信賴、熱衷的因由。
在每次大的軍事征伐前夕，儒士們多半會仁愛理念、基於仁義，跳出來反對忽必烈。
如忽必烈率兵渡江攻鄂州之際，郝經上書說：“彼無毋可乘，未見其利。唯修德以應天心，簡賢以尊將相，發政以慰人望，悖族以壯基圖……興文治，育英材，飭武事，恤疲氓，以培植元氣。藏器於身，與待進機，則宋可圖矣！”郝經的意思不外是，以文治德政為本，停兵以待，不必急於攻宋。這與他的思想相衝了，自然不能被忽必烈采取。
又如襄陽攻克後，忽必烈備滅之南宋。許衡卻認為不對，還強調“惟當修德以致賓服，如果用力去攻打，必戕兩國之生靈”。這樣愚笨的人，符合許衡理學家的性格，但對急欲建功立業、平定江南的忽烈來說，是很難讓人接受的。
再如至元十九年（1282 年）忽必烈準備攻打日本，王磐諫止說：“日本島夷小國，海道險遠，勝之則不武，不勝則損威，不伐為便。”那時發兵日期已定，忽必烈對這類說三道四，非常不高興。他斥責王磐說：“此在吾國法，言不赦，汝有它心而然耶？”王磐辯解說：“臣以八十之年，又無子息，有他心欲何為耶！”
才把他的疑心和不滿消除。
清人趙翼批評忽必烈嗜利黷武。事實上忽必烈的嗜利與黷武，是密切聯係的，軍事征伐必須有巨額軍費的支持，為了順利進行軍事征伐，忽必烈勢必重用理財之臣，以搜斂財富。此外，利用一切可利用的資源。而儒臣不但對軍事征伐持消
極態度，對忽必烈重用的理財官員也不予以讚同。中統初，王文統以中書省平章掌管財政，為忽必烈政權籌辦了較充裕的錢穀經費，深受忽必烈的喜歡。儒臣許衡、姚樞極言治亂休戚，應該以義為本。竇默甚至在忽必烈麵前直接斥責王文統“此人學術不正，久居相位，必禍天下”，刀舉許衍。許衡、竇默等顯然把他們與王文統的分歧，當作傳統的義、利之爭的繼續。殊不知王文統協助忽必烈理財助國，取得了很大的成績。忽必烈對竇、許、姚三人一味崇義斥利的意見，並不讚同。因此，三個人都被逐出朝庭樞要，改任國子祭酒、翰林侍、大司農講學士等閑職。王文統被殺後，忽必烈使用回回人阿合馬理財。特別是在阿合馬升任中書省平章、忽必烈對他更加重視中，儒臣和阿合馬的衝突也日益突出。由於忽必烈的偏袒，儒臣指責批評阿合馬的種種努力都以失敗告終。如張文謙多次在忽必烈麵前極論阿合馬害政，卻因阿合馬嫉恨被迫辭去禦史中丞之職。許衡奏劾阿合馬專權無上，蠹國害民，又反對阿合馬以其子掌兵柄，指出，子又典兵，父典民與財，乃反側之道。誰料忽必烈把這話告訴了阿合馬。許衡為避禍，主動辭掉中書省左丞。另一名儒臣廉希憲也因多次與阿合馬抗衡，被排擠到北京與江陵行省。
儒臣們諱言財利，無以副忽必烈裕國足民的願望，不懂理財，迂腐僵化，也是忽必烈疏遠他們的原因之一。許衡曾於《楮幣劄子》內指責紙幣“製法無義，則古先聖王知其為天下害必不可行也”。到元十二年（1275 年）二月在討論江南新征服地區上是否廢交子會子改行中統鈔時，姚樞覺得：“江南交會不行，必致小民失所”，徒單公履又雲：“伯顏已嚐榜諭交會不換，今亟行之，失信於民”。
忽必烈的裁決是：徒單公姚樞、履“不識事機”，應該這樣提出，迅速更換宋交會子。南宋滅亡，廢交子會子，不避免混亂，而且利於統一。姚等頑固地阻止這件事，難怪忽必烈說他“不識事機”。
元人孔齊說：“世祖能一統天下用真儒也。用真儒以得天下，而不用真儒以治天下。”孔齊的話、儒學的態度，又受到李璮之亂和阿合馬被殺事件的影響而前後有較大變化。李璮之亂發生以前，盡管王文統對儒臣有所壓製，但廉希憲、張文謙等繼續留任中書省等樞要機構，忽必烈同許衡、竇默、姚樞等儒臣的關係仍比較近密。李镟之亂爆發後，忽必烈對漢官有害怕，開始重用阿合馬等回回人理財，並以其牽製漢宮。阿合馬擅權柄國近二十年，在他被殺之前，儒臣全部被排擠出中書省，姚、許、竇等著名儒臣老死過半，落花流水。阿合馬被殺後，忽
必烈對漢官的疑懼進一步加深，儒臣也在此當中。後來，雖然有太子真金、右丞相安童、近侍不忽木等受儒學影響較深的非漢族人員繼續活躍在政治舞台上，但至元二十二年（1285 年）左右忽必烈身旁漢官已很少，朝廷大臣中的儒臣集團已經沒有了。
因此，王惲不勝感慨地說：“國朝自中統元年以來，鴻儒碩德濟之為用者多矣。如張、姚、趙、楊、商、王之倫、許，蓋嚐忝處朝端，謀王體而斷國論矣……今則日：彼無所用，不足以有為矣。是豈智於中統之初，愚於至元之後哉？”
忽必烈較熱心地舉辦儒學教育，卻拒絕科舉製度。蒙古貴族南下攻金初期，同汗朝儒士隔膜較大，殺了很多儒士，毀於戰亂的州縣學校不計其數。苟且保全性命的儒士，也難逃惡運。自耶律楚材獲得成吉思汗父子的信任後，才有所轉機，燕京國子學和各地的官辦、民辦儒學慢慢複原。忽必烈應是較熱心地舉辦朝廷與地方儒學教育的第一人。
除了前述張德輝說服忽必烈重新興辦真定廟學與許衡奉命提舉京兆學校外，還有一位重要謀臣劉秉忠就曾向身為藩王的忽必烈獻策：“古者庠序學校未嚐廢，今郡縣雖有學，並非官置。應從舊製，修建三學，設教授，選撥人才，以經義為上，詞賦論策次之。”這條建議盡管因忽必烈總領漠南軍國重事使命的中斷，沒有取得效果，可對忽必烈即汗位以後興辦儒學有很大影響，世祖朝中央同地方的官辦儒學大抵是循著劉氏的說法舉行的。