稅曹：稅收征繳入庫、政策製定的最終審核和報批，對接度支司；
奏曹：主掌與皇室、寺社對接，與“武家傳奏”關係緊密，對接秉禮司；
工曹：各地工程建設、城池普請的最終審核和報批，對接營繕司；
監曹：對各地代官、大名行為的監督和記錄，對行為不端、意圖不軌者及時上報並采取措施，不對接所司，具體人員構成不明。
綜上可知，七司製度是對之前大老奉行製度的繼承，地位名義上也與之前大致相當，而九曹皆為秀保直屬，雖獨立於豐臣政權之外，卻擁有最終的決定權。個中深意不言而喻，就是要將豐臣宗家掌握的權力進一步向大和豐臣氏轉移，避免再次發生強力大名占據中央，挾天子以令諸侯的情況發生。
基於這一目的，秀保確定了首批司判和曹掾的人選：
武衛司：加藤清正；布政司：前田利政；都察司：宇喜多秀家；度支司：淺野長政；秉禮司：片桐且元；營繕司：池田輝政；勘合司：後藤基次。
兵曹：島清興；吏曹：藤堂高虎；市曹：那須資吉；刑曹：福島高吉；戶曹：小笠原忠請；稅曹：桑山一晴；奏曹：長束正家；工曹：武田勝親；監曹：淺井秀政。
除此之外，為更好地將中樞的政策落實到各地，同時避免七司專權瞞報，秀保還在七司之下陸續設置了賦別、安堵、官途、寺社、普請、鍛錢、貢舉、檢使、目付、護衛、造營、宿驛等十二所，選取心腹家臣及親近大名家中宿老重臣擔任奉行，負責政策的切實執行，並將執行情況及時向七司和九曹反饋。
如此一來，取代大老奉行製的“七司九曹十二所”製度在秀保的強壓下，於會津之戰的第二年，即慶長六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好領內事務進駐伏見城辦公，十二奉行也在隨後的三個月中陸續趕來伏見，接受秀保的任命和安排。
有人說，“七司九曹十二所”是對豐臣秀吉製度的推翻重來，是秀保強化自身權力的一項強有力的舉措；也有人說秀保還是顧及了豐臣宗家的顏麵，七司判中除了後藤基次，皆為受過太閣恩典的大名，且十二所仍以“奉行”為首，也算是變相保留了“奉行”之職，對宗家和尾張派也算是有所交代。
可事實上，此處的十二奉行與當初總攬中樞大權、動輒可以調動千軍萬馬的五奉行相比，實在不值一提，奉行的職責也從主動地決策指揮變成了被動地執行。
不僅如此，名義上七司取代了大老奉行的地位，成為新的決策機構，但在九曹和十二所的壓製和牽製下，他們的權力遭到很大地限製和削弱。特別是隨著秀保在各地勢力的不斷深入和鞏固，九曹的權力大大增強，秀保一手扶植的十二所也對七司陽奉陰違，從接受七司的命令逐步轉變為接受秀保的直接領導。
因此，後期七司權力逐漸萎縮，職能也由決策機構變成了谘詢機構，近乎成了可有可無的存在，不少司判自覺駐留伏見無可作為，便向秀保申請返回領地，致使七司時常出現空缺，這更是加速了七司的衰落，助推秀保勢力的壯大。中途，雖有片桐且元等人堅持維護七司的權威，但無奈大勢已去，最終難有起色。
當然，這些都是後話了，至少在“七司九曹十二所”剛成立時，不論是豐臣宗家還是各地大名大都還是認可的，畢竟有前車之鑒，誰也不希望再出現一個能左右國家政策、架空宗家的機構出現，將權力進行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情況下不得已而為之。鮮有人意識到，這個製度的背後，是秀保權力的進一步膨脹，昔日五大老、五奉行掌握的決策權，正潛移默化地轉移到秀保一人手中，與此同時，他身後的暗流似乎也更加洶湧了。