將德川家康和石田三成這兩個心腹之患請出大阪後，照理說，秀保總算是可以靜下心來處理政務了，但事實卻並非如此。
經曆此番大戰，秀保已然開始在日本慢慢確立起了統治地位。在軍事上，秀保依靠自身實力和安插在各地的盟友保持著絕對的優勢；在政治上，他以秀賴後見的名義把持著豐臣政權的中樞，也是不可撼動；在經濟上，他憑借龐大的石高和對勘合貿易的壟斷，已經將豐臣宗家和其他大名遠遠甩在身後。
可就是在這樣的形勢下，大阪內外還是時不時地傳出一些雜音，這主要還是在於秀保徹底廢除了大老奉行製度。事實上，秀保當初和前田利政、宇喜多秀家、淺野長政說的比較模糊，隻是明確廢除了大老奉行聯席會議，但還是保留了上述三人大老、奉行的職務，一定意義上仍讓大老奉行製度苟存下去。但隨著形勢對秀保逐漸有利，且為了排除宇喜多秀家這個“不確定因素”對自己的威脅，他心中一橫，索性徹底廢除了這個延續了近三年的製度。取而代之地，是秀保和家臣精心炮製的“七司九曹十二所製”。
回溯鐮倉幕府和室町幕府乃至豐臣政權的發展曆程，對最高掌權者取而代之的，往往是其初期最為依仗和信賴的力量：源賴朝的妻族北條氏以“執權”之職總攬幕府大權；為足利尊氏建立幕府立下赫赫大功的“三管四職”卻以“應仁之亂”為室町幕府敲響了喪鍾；豐臣秀吉在世時低眉順眼、恭恭敬敬的大老奉行們，轉眼間就成了吃人的猛虎，將豐臣氏的天下撕個粉碎。
為了避免重蹈覆轍，秀保必須製定出一個全然不同以往的嶄新製度。
“可以有權，但不能專權。”席間藤堂高虎的一句話點醒了秀保：如今形勢大好，為何不效仿大洋彼岸的大明，一舉強化中央集權呢？經過多個晝夜的商討謀劃，參考曆史上中日兩國的發展曆程，結合日本當前實際，秀保最終一錘定音，“七司九曹製”應運而生。
七司，作為豐臣政權名義上最高的行政機構，源於五奉行職能的分解細化，由強力大名居住伏見擔任最高長官“司判”，主要包括以下七部分：
武衛司：豐臣政權的最高軍事機關，負責全國範圍內軍隊的征調；
布政司：豐臣政權的最高民政機關，負責全國範圍內的民政事務，最主要的是各地代官的任免，大名家中家老變動的批準，以及後續即將推進的科舉諸事宜；
都察司：豐臣政權的最高司法機關，主管全國刑罰政令及審核刑名；
度支司：掌管全國土地、賦稅、俸祿、糧餉、財政收支；
秉禮司：掌管寺社祭祀、陵寢之禮樂及製造典守事宜，負責與皇室對接；
營繕司：掌管全國工程事務，各地城池修繕普請皆需按規定向其報請批準；
勘合司：掌管海外貿易，由秀保直接委派大名兼任。
九曹，作為秀保直屬的政策執行傳達機構，類似漢代丞相府中的曹屬，直接聽命於秀保，負責將七司的決策和建議遞交給秀保進行最終決斷，擁有對七司政策的指導權和建議權，多由秀保譜代家臣擔任最高長官“曹掾”。雖說名義上隻是秀保的私人機構，但實則成為壓製和削弱七司的重要力量。主要包括以下九部分：
兵曹：又稱東曹，軍勢征調的最終審核和報批，大名麾下軍勢規模摸排和督查，對接武衛司；
吏曹：又稱西曹，各地代官、大名家老變動的最終審核和報批，對接布政司；
市曹：負責全國各地市井治安的維持（有專屬軍勢），大名城下町建設的最終審核和報批，對接布政司；
刑曹：刑法政令的最終審核和報批，對接都察司；
戶曹：戶籍、軍需的最終審核和報批，對接度支司；