西元2015年 第三新東京市
這是一個動蕩不安的年代，比曾經的世界大戰更可怕，很有可能，人類會毀滅在彈指間。
不僅僅是針對日本，全世界的高層，也就是指聯合國及各國委員會，都了解事件的真相——神終於憤怒了。
1947年，一牧童在死海地區的約旦河穀內某處山洞發現許多羊皮紙卷，經放射性同位素檢驗，為西元前196~233年所造，羊皮紙上的文字清晰可見，為古希臘文，被人們稱作“死海文書”，但它還有另外一個毛骨悚然的名字——神之禁斷秘密。
雖然人們可以從死海文書上提前了解神的旨意，也很有可能遭到天的譴責，如果神發怒，自然沒辦法逃過人類滅族之災。神隻要彈指一揮，地球就可以化作宇宙的曾經，消失在某個黑洞裏。
經過碇元渡、碇唯、冬月三人不懈的努力，聯合國撥下資金成立了“人工進化智能研究所”，希望從這三人號稱世界第一的瘋狂智慧裏發掘出人類永生的秘密。
而2000年的那個冬日，正是人類恐慌的開端時刻。
南極考察隊在南極中心點的冰層下發現了生命跡象，用X光透視，是一個卵，很有可能是人類始祖LILITH（莉莉絲）之卵。聯合國派遣“人工進化智能研究所”前去調查，因為碇唯懷孕所以未前往。
經過調查，碇元渡發現卵周圍有類似原始湯類的粘稠液體，此卵正式被確認為LILITH之卵，三天內在南極範圍內的一切行為被列為聯合國X+II級機密。
碇元渡、冬月回到日本，聯合國給予五十萬美金的獎勵，正式派遣發掘隊開始將LILITH之卵作為樣本研究。
在挖掘之刻，一直處於沉睡狀態的LILITH突然覺醒，出現光之巨人ADAM（亞當），發出巨大的能量，南極被毀。
聯合國特種部隊同時扔下百餘枚N2（非核武器）炸雷，光之巨人ADAM停止行動，縮回卵狀，LILITH的殘存體被分離出卵外，兩者都被“人工進化智能研究所”封入樹脂內帶回日本。
由於南極被毀，全球水位驟然上升，最高溫度達到50攝氏度，全世界60%的人類死於此次災難，這次災難也被世人稱為“第二次衝擊”，資料全部被封存為X級機密，對外公布為大量隕石撞擊所造成的結果。
為了應付極有可能發生的“第三次衝擊”，聯合國成立了以基路·羅蘭茲為首的SELEE（SELEE為德語中靈魂的意思）機關委員會，為日、英、德、美、法五國直接領導人參加，平日隻有3D影象出現，全權控製全世界所有兵權、資金，“人工進化智能研究所”也正式改名為“特務機關NERV（NERV為德語中神經的意思）”，遷往根箱山區新修建的地下備戰要塞——第三新東京市。
在NERV成立的第二年，NERV機關司令碇元渡之子——碇真治出生，據秘密報告交代，出生時有二胎，之後次子情況被聯合國與NERV封閉。
與LILITH同時在南極發現的還有一支紅色長槍，可以隨意變換形態，被NERV命名為隆基諾斯之槍。LILITH的殘存體被帶回第三新東京市第下NERV本部後，開始快速還原本體形態，碇元渡不得不將隆基諾斯之槍刺入LILITH胸口，並把LILITH連同隆基諾斯之槍一起釘在NERV本部下方的十字架上。
瘋狂的碇元渡開發出以光之巨人ADAM為藍本的EVA係列（EVE為夏娃的英文譯詞，EVE是神用ADAM的一根肋骨造出的女子，EVA是德語中福音的意思），EVA零號試驗機在2002年開發完畢，所注入的靈魂是從LILITH體內提出的，第一次試乘者為碇唯。
EVA零號試驗機體第一次試乘便失敗，對SELEE宣稱是機體暴走，實為插入拴莫名爆炸，駕駛員碇唯當場死亡。碇元渡抽取出碇唯的一部分靈魂混合著LILITH的靈魂製造出了第一個人造人——零波麗。