嶽飛死後，按規定，屍體應該埋在大理寺監獄的牆角下。一個好心的獄卒隗順冒險背著嶽飛的遺體，走出臨安城西北的錢塘門，偷偷埋葬在九曲叢祠旁，墳前種兩棵橘樹，作為標記。墳前立了“賈宜人之墓”的假墓碑，以便日後嶽飛的後人認屍改葬。
嶽飛父子和張憲被害後，臨安城內到處都有人為他們喊冤，不少人為此泣不成聲，連婦孺幼童都痛罵秦檜。為了封住天下人之口，秦檜下令把嶽飛的罪狀寫成告示，布告天下，以使人們承認嶽飛死有餘辜。但是，告示貼到哪裏，哪裏就出現一片咒罵秦檜之聲。大街小巷寫滿了對秦檜等人的咒罵。人民通過各種形式的悼念活動，表達了對嶽飛父子的深刻同情和對高宗、秦檜迫害忠臣的強烈怨恨。在嶽飛死後好幾十年，江、湖之地的百姓，依然家家戶戶張掛嶽飛的遺像，民間還流傳著很多歌頌他的故事。
北方中原人民在金朝統治下，不能公開祭奠嶽飛忠魂，往往秘密地進行祭祀。
為了消除後患，秦檜又大興冤獄，冤獄蔓及所有與嶽飛有瓜葛的人。嶽飛全家和張憲全家都被流放到邊遠地區；嶽飛的貼身校官王敏求等都被除名；曾任嶽飛謀士的李若虛等十三人都被貶官流放；曾經幫助嶽飛聯絡太行義士的高穎也被流放；以全家性命為嶽飛擔保的齊安郡王被革除爵位，趕出臨安；王處仁、蔣世雄被革職、流放；進士智決被流放致死；李若樸、何鑄先後被罷官；甚至連受過嶽飛接濟的宦官黃彥節也被視為嶽飛的死黨而遭逮捕。
總之，秦檜借嶽飛之案大興冤獄，不僅打擊了嶽飛的親友，也掃除了一批堅決主張北伐的抗戰派。
得知嶽飛已死，金兀術非常高興，立即批準了原先議定的宋金和約，派使者到臨安簽約，《和約》規定，金朝正式冊封康王趙構為宋朝皇帝；宋向金稱臣；金歸還宋徽宗遺骸和趙構生母韋氏；宋金以西起大散關、東沿準河中線為界；割讓唐州、鄧州、商州、泗州和尚原、方山原等地給金國；宋每年向金納貢銀二十五萬兩、絹二十五萬匹。
秦檜殘害忠良、報效金國的全部目的都已達到。同時他因迎合宋高宗趙構怯戰求和的心理而取得信賴和重用，把持宰相職位十八年之久。直至他死去，宋廷才任命新的宰相。
最具諷刺意味的是嶽飛的敵人對嶽飛的讚揚。金國使者在臨安曾質問秦檜：“嶽飛犯了什麼罪而把他賜死？”秦檢回答說：“畜意謀反，被部將告衣。”
金國使者冷笑著說：“你們宋朝隻有一個嶽飛善於用兵，而且他忠君報國。但是你們對待嶽飛，就像當年項羽對待範增那樣，這是你們失敗的原因。”這是對趙構和秦檜的絕妙諷刺。
嶽飛之死引起了朝野上下無數的同情。但是，悲憤的人們明白，隻要宋高宗在位，隻要秦檜當權，為嶽飛鳴冤平反都會掉腦袋的。因此許多人沉默了。在秦檜死前的十餘年中，幾乎找不到公開為嶽飛鳴冤的記載。等到秦檜一死，情況就發生了變化。
1155年，嶽飛遇害後十四年，秦檜病死，從這時起，為嶽飛平反的聲音又響起來。為了平息輿論，趙構臨退位前下達詔令，解除對嶽飛遺屬的處罰，允許他們離開流放地自由選擇生活地點，但絕口不提為嶽飛平反的事。
嶽飛死後二十多年，紹興三十二年六月，宋孝宗繼位，孝宗曾目睹嶽飛含冤而死，為了順應民心，坐牢皇位，便接受了太學生程宏圖“昭雪嶽飛之罪”的奏請，七月便頒發了複官命令，為嶽飛平反，恢複名譽。
後來朝廷下令尋找嶽飛的遺體，並按隆重的葬禮，將嶽飛遺骨遷葬於西湖邊的棲霞嶺下，即今日杭州嶽墓所在地。隆興二年（1164年）賜智果院力褒忠衍福寺，即為今日嶽王廟前身。宋孝宗還下令在鄂州給嶽飛建“忠烈廟”，後又追加諡（shi）號為“武穆”。