烏政府主管政法工作的副總理西夫科維奇2010年5月11日對媒體說，季莫申科政府濫用國家財政支出款項超過1000億格裏夫納（1美元約合7.92格裏夫納），其中150億格裏夫納涉嫌貪汙。他預計，對季莫申科政府在財政領域濫用職權的調查將在2010年秋天之前完成。季莫申科當天參加了反對派在議會大廈附近舉行的抗議活動。她呼籲支持者們向當局施壓，要求廢除烏克蘭與俄羅斯簽署的關於延長俄黑海艦隊在烏境內駐紮期限的協議。
2011年5月24日，烏克蘭檢察官正式起訴前總理尤利婭·季莫申科，指控她濫用職權，簽署高價進口俄羅斯天然氣的協議。烏克蘭前總理季莫申科當天在該國總檢察長辦公室接受了調查人員問詢，幸虧有律師隨行，否則這位知名的美女政要很有可能會被烏克蘭檢方以阻撓濫用權力調查為名，將其逮捕。
季莫申科所領導的全烏克蘭“祖國”聯盟黨24日在其網站上宣稱，總檢察長的辦公室當天被數十名蒙麵警員把守。季莫申科在接受完問詢後，因涉嫌濫用職權遭到逮捕。不過，烏克蘭檢方隨後否認了這一消息。
烏克蘭總檢察長辦公室稱，盡管法院已經發布命令允許在必要時候隨時逮捕季莫申科，不過24日在問詢結束後，調查人員還是允許她離開。“調查人員本可以將她拘留，但是由於她帶著律師一同前來接受問詢，因此調查人員便遵循有關程序，未將其拘留，”烏克蘭總檢察長辦公室的一名發言人說。
烏克蘭檢方在一份聲明中指出，被控濫用權力出售溫室氣體排放權及購入緊急救援車輛的季莫申科，“長期以來一直在試圖回避審前調查，並且設法阻撓對其進行的調查。”
依照2009年1月簽訂的協議，烏克蘭以每1000立方米450美元的價格從俄羅斯進口天然氣，高於許多歐洲國家進口俄天然氣的價格。
烏克蘭總檢察長辦公室發言人尤裏·博伊琴科說，這份10年期協議令烏克蘭蒙受35億格裏夫納（約合4.4億美元）損失，季莫申科簽署協議時未獲內閣批準。烏克蘭先前多次因天然氣價格與俄羅斯發生糾紛，俄方一度暫停向烏方供氣。由於俄羅斯供應其他歐洲國家的天然氣大多經烏克蘭輸送，俄方“停氣”引發多國天然氣短缺，持續數周。
但是季莫申科卻否認了檢方的指控，辯稱這份合同幫助結束烏俄天然氣問題糾紛，自己並無過錯。
除了這項指控外，季莫申科還受烏克蘭檢方兩項涉及腐敗的指控。其一是挪用5.26億美元環保基金，用於支付養老金；另一項是把斥資數百萬美元購買的救護車用於私人活動。
對此，季莫申科堅稱自己清白，稱這些控告是總統維克多·亞努科維奇打擊反對派的手段。
2011年10月11日，季莫申科在基輔佩切爾斯基區地方法院就簽訂烏俄天然氣合同時濫用職權指稱接受法院初步宣判。法官羅季翁·基列耶夫隨後宣讀了法院判決書，指季莫申科2009年時初與俄羅斯簽訂天然氣進口協議時濫用職權，違反司法程序，親自批準簽訂協議，致使烏克蘭進口俄產天然氣價格高於許多歐洲國家，對國家造成了15億格裏夫納（約合1.9億美元）的經濟損失。由此，季莫申科有罪判決基本成立。
據報道，季莫申科數次出庭的表現都讓法官不滿，最終法官認為其藐視公堂而下令當庭羈押她。
主審法官洛蒂昂·吉裏耶夫表示，從庭審至今，季莫申科的表現一直很出格，“她多次試圖妨礙訴訟過程而避免遭到審判。”
在庭審中，季莫申科“公開侮辱”了一名法官，當場被驅逐，而且她所在的反對黨“祖國”聯盟的一名議員與警察在庭上發生衝突，導致庭上一度秩序混亂。甚至在庭審期間，她在回答法官提問時，沒按照規定起立，其支持者也多次插話打斷庭審。
法官吉裏耶夫對季莫申科的態度十分惱火，最終下令將其拘捕。消息說，此前，季莫申科自從被指控以來，警方隻要求她不離開首都基輔，並未拘捕她。被拘捕後，戴著手銬的季莫申科被帶出法庭，她的支持者高呼“恥辱”，大聲指責法官和檢方。
法院認為，季莫申科作為被告涉嫌擾亂法庭秩序、嘲笑法官、妨礙證人發言、故意拖延案件審理進程，有逃避調查嫌疑。控方還發現她在接受審判時，仍使用iPad在其“推特”上留言。