同治元年春三月，彰化警報至，知府洪毓琛（潤堂，山東人，進士）已升漢黃德道，卸府篆。或勸之速行，對曰：「吾受朝廷厚恩，民情愛戴，一旦有變，委而去之，於心何安」！於是修城垣，備器械，抽厘勸捐，調選兵勇，以備戰守。毓琛曆任台灣，聲望素洽，民有「洪菩薩」之稱。旋以紳民懇留，奏調台澎道。時賊勢猖獗，所在風鶴，兼之羽書旁午，請兵請餉，日不暇給。毓琛百計維持，以顧大局，人心倚以為重。二十三日，設立腰站，探報軍情。時郡北處處皆賊，截搶文報，派往胥役，間被殺害，僅據細字印函潛通消息。設籌防局於郡垣，籌借洋商十五萬兩，於關稅項下抵還，各營始有餉可給。時記名總兵曾玉明軍抵鹿港，掛印總兵林向榮全師北上，洪道內顧守城，並籌備糧餉及器械鉛藥，由陸路接濟林鎮，使知府陳鍔、同知淩定國、縣丞姚〈氵靚〉、王建勳由水道接濟曾鎮。又準就鹿港郊商設法彙兌。又函飭鹿港鹽館，將鹽價盡數提付曾鎮。其竭力維持，不分畛域，皆此類也。
五月，地大震，郡垣倒坍百數十丈。洪道會同署城守參將石渠及在城紳士舉人黃景祺等出貲重修。洪道率署知府馬樞輝、署台防同知秦煦、署知縣章覲文、候補同知圖塔本、通判王恒修、蕭澈、王衢晝夜巡防。飭委佐雜官十六員分門防守，稽查出入。獲奸細李刣狗、羅海洋，誅之。近城之蕭壟莊複有陳蓋、楊毛、戴分、黃文滔等豎旗應賊，洪道以計擒之。
六月，遊擊陳鷹飛（廈門人，世襲雲騎尉）以兵六百名至，遂出駐城外。時郡治兵力單薄，奸民岌岌欲動，至是人心稍安。已而師老無功，旋調赴吳帥軍前差遣。毓琛以嘉義為郡治屏蔽，鬥六又為嘉義藩籬，故催林向榮進軍以規複彰邑。
秋九月，林鎮至鬥六，被圍，告急文書猝至；毓琛屢派員運餉，俱不能達。未幾，敗耗繼至，遠近大震。乃委署府經王仲汶內渡請援。諭令城內挨抽壯丁，造冊查點，無事各安生業，有警協同登陴。派兵每日出哨一次，於離城較近之南、北、東三路探有賊蹤，即往掩捕。人心稍定。
十二月，署福建水師提督吳鴻源（春波，同安人）統兵抵郡。洪道以客兵道路生疏，須用本地人為向導，添調精兵屯勇千餘名隨軍前往。洪道屢飛書內地請餉，巡撫徐宗幹（樹人，南通州進士）準其就地勸捐。時兵荒之際，富戶避匿，乃激勸官幕，分上、中、下三等，籌捐十餘萬金，不能敷用；不得已權用票鈔，通行郡治，以濟眉急。出其服用玩器，命易錢以贍軍。時已積勞成疾，又以逆賊未平，兵餉支絀，悲憤增劇。每與僚屬議籌時務，未嚐不泣下。彌留猶倚枕力疾作書示諸屬僚，前後數十紙，皆剿賊事宜也。
二年六月，按察使司銜分巡台澎兵備道兼提督學政洪毓琛卒於任。洪公蒞台數載，廉潔愛民，民喪之如失慈母。巡撫徐宗幹奏請從優議恤，贈太常寺卿，蔭一子入監讀書。鄉宦左讚善趙新、主事施瓊芳等僉呈，以毓琛毀家紓難，保障全台，請援已故江甯布政使王夢齡、南河河營參將蔡天祿之例，於城內建專祠，查取在官事蹟，宣付史館立傳，並請飭下閩省督撫，轉飭道府各官，將該故員靈柩照料回籍各情，都察院左都禦史宗室靈桂據情代奏。奉旨該部議奏。
論曰：洪公豈弟君子，民之父母，於將略似非所長，然艱難拮據，策應前敵，保全郡城，力持危局，所謂以死勤事者，殆其人歟！趙讚善謂其保障全台，諒矣。又豈草草一死，輕同注瓦，以貽無窮之禍者，所得相提並論哉？