同治二年冬十月，新任台澎兵備道丁曰健（述安，安徽舉人）以兵抵竹塹。先是在籍道員林占梅奉檄辦團，起兵拒賊，既複大甲、梧棲港等處，絕其接濟，議帶兵規複彰邑，為忌者所阻。是時官軍與城賊相持日久，各罷敝不相下。已而巡撫徐宗幹仍檄催占梅進兵，占梅核陳大略謂：「賊本烏合之眾，死踞孤城，其勢難久。我軍前後進剿，非不能戰，乃迄久未克者，誠以諸軍皆由鹿港進兵，賊已備悉虛實故也。若得省垣遣一大員由淡水登岸，沿途招兵選勇，以壯聲勢，然後某統練勇千，同時南下，一路剿撫並行，賊聞風膽落，將不戰自下矣。兵有先聲而後實者，此也」。徐中丞韙之。而兵備道洪毓琛臨終遺摺亦請另遣大員，到台辦賊。徐宗幹隨會同太子少保閩浙總督左宗棠（季高，湖南舉人，大學士，伯，晉二等侯）奏請以丁曰健授台澎兵備道，主事周懋琦（子玉，□□州拔貢）參謀軍事，督副將關鎮國等軍，由淡水南下，俟克複彰化，始赴郡接任。丁道前為嘉義令，曆淡水同知，有威望；集其故吏門生，舊時部曲，選兵勇三千餘名。遂抵竹塹廳治，與林占梅刻期進兵。初八日，丁道進屯牛罵頭，張世英、陳捷元、王楨、鄭榮諸軍皆會，紳士蔡懷斌、蔡鴻猷、楊清珠皆以鄉勇從攻福州厝、水返厝，拔之。十六日，林占梅率紳士翁林萃、陳尚惠等督勇首林忠藝、林南山、鄭義諸軍三千，進扼山腳莊，幟上書「保順安良」四字，謂歸順者保全之，良善者安撫之，一路號令嚴肅，道傍耕夫荷鋤而觀，皆謂此行必能辦賊也。以茄投為彰邑鎻鑰，而山腳為茄投咽喉，故密致山腳人林山、林尚兄弟為鄉導，使招其附近村莊納款，散給白布條，蓋戳記為號。密約：衣襟間有白布者皆良民，官軍不得擅殺。莊民被脅者爭向軍營支領，並運巨炮數尊，沿途演放，聲震山穀。賊黨大懼，歸順者愈眾。時陳鮄踞茄投，趙憨踞大肚溪，何守踞水師寮，未下。而茄投一帶背山倚海，地勢如長蛇，賊據守尤力。二十七日，占梅率諸軍分道並進，賊退入炮樓。我軍冒雨環攻之，擒蓄發賊數人。其良民被脅者，占梅命人為之剃發，賞盤費遣之去。轉相傳布，遠近皆傾心焉。於是何守由林尚乞降，水師寮、何厝莊皆豎官軍旗號，而茄投各莊總理亦相率納款。遂分兵攻大肚。是時賊氛尚熾，各軍至中途不敢進，惟林忠藝以所部越茄投而南，轉戰至大肚溪，招賊黨陳番嬰來降。番嬰意未決，忠藝馳入其壁，諭以利害，拔賊紅旗，豎官軍白旗。陳鮄大懼，空壁遁。忠藝與番嬰縱兵邀擊，擒鮄愛妾蔡美娘，奪偽印、偽令、器械甚多，以兵少不敢窮追。乘勢擊趙憨，走之。
十一月，林占梅縱降將□□入城，約為內應，遂進軍彰化北門。羅冠英掃清涑東一路相應。時戇虎晟竄匿四塊厝，戴逆久處鬥六門，以江有仁、陳梓生、鄭豬母、盧江、劉安輩守城。群賊見勢不支，皆有降意，唯江有仁持不可。初三日，林占梅前鋒林忠藝、林尚等攻入彰化北門，生擒偽軍師江有仁、黃旭日、偽都督鄭豬母、偽先鋒王城等，誅之。陳鮄、陳梓生、陳在、劉安、趙憨、盧江、陳狗母諸賊，皆開東門遁。先是城賊於初二日聲言，明日當悉銳攻鹿港及後港仔口軍營，故鹿港諸軍皆戒嚴防守。是日西門外壘賊尚與鹿港官軍鏖戰，勢張甚，見城上已立白旗，乃倉皇遁去。蓋林忠藝入北門良久，而西南門城外賊與官軍皆未知也。丁道旋往鹿港，留占梅一軍暫駐彰化城中，以防不測。賊多入戇虎晟巢穴，複乘夜謀營，官軍有備，拒卻之。偽備糧使司蔡茂豬為坑仔內蔡姓所執，丁道命支解之。時丁曰健所過，被脅賊莊立行剿洗，以振軍威，惟林占梅謂脅從罔治，數為緩頰，全活無算。涑東林姓請占梅乘勝進討逆晟，願為鄉導，而當道忌之，不果。十二月，總辦台北軍務浙江補用道林占梅振旅還竹塹。
三年三月，石榴班降賊張三顯複糾陳鮄、陳在、陳梓生、陳狗母、趙憨、洪叢、葉清、葉中、王春等謀作亂，彰化城外市仔尾街及東北一帶餘黨俱應之，皆執青旗為號。先是張三顯執送戴逆，自以功大賞薄，頗懷怨望，遂謀不軌。二十七日，賊黨千餘攻城，勢甚猖獗。知縣淩定國乘城堵禦，幾不支。義首林大用聞變來援，賊退踞市仔尾搶掠。時提督林文察諸軍攻小埔心未下，皆回軍堵禦。幸西南一帶泉莊及鹿港義民相率赴援，賊乃潰散。三顯為其族人所執，伏誅，彰化平。詔加台灣道丁曰健二品頂戴，在籍道員林占梅賞加布政使銜，其餘將士進秩有差。
論曰：戴逆之亂，其出死力與賊相拒者，惟泉屬紳民為多。蓋台灣漳泉民各分氣類，積習已久。賊若得誌，必修舊怨於泉，故泉人終不樂為用。是以葉虎鞭、林大用、何守、林尚皆泉人也，四人來歸，而賊已潰其藩籬，翦其羽翼，而無能為矣。雖然，虎鞭降於鹿港，僅足以佐守鹿港，何守、林尚降於淡水，遂用為前驅，以平彰化，則運用之妙，又存乎其人耳。