玄奘去世，唐高宗聞訊哭泣，為之罷朝數日，多次說：“朕失國寶矣！”
玉華山莊嚴肅穆，送別曠世高僧。
玉華寺作為玄奘法師譯經和圓寂的地方，作為佛教法相宗的祖庭，在佛教史上占有重要的一席，為海內外佛教徒所關注。
自從翻譯完《大般若經》之後，玄奘愈來愈感到病體不支，自知壽命將盡，便告訴門人說：“我來玉華寺，為的就是翻譯《大般若經》，現今譯事已結束，我的生涯也當盡了。如果我死了，你們為我送終，後事一定要從儉辦理。可以用葦席裝裹我的遺體，選擇深山僻靜處，簡單安放就行了，不要讓我的不淨身骨靠近宮殿寺院。因為我的身體不幹淨，所以應當屏放在幽遠的地方。”門徒們聽了法師的遺言，個個哀哽，掩麵拭淚，都以柔言寬慰說：“師父氣力還可以，容顏尚好，為什麼要說這些不祥之言，令我們傷心不已！”玄奘平靜地說：“這個隻有我自己清楚，你們怎麼會明白呢？”
麟德元年（664年）正月初一，這一天正是4年前《大般若經》開譯的日子。想到大功已成，玄奘格外高興，精神也顯得特別好，便翻譯《咒五首經》一卷。正月初三，玉華寺眾僧見玄奘體力恢複，還以為法師果真康複，都很歡悅，便殷切啟請玄奘再能譯一部巨典《大寶積經》。法師見大家的積極性很高，喜悅之下，即答應試一試。可是，僅僅譯了幾行，就感覺不舒服，隻好慢慢合上梵文經本，有氣無力地告訴眾人說：“此經部軸也很大，與《大般若經》相近，玄奘自量氣力不足，不能再承擔這一浩大的工程了。”接著又說：“看來我的壽期已到，大限是不會遠了。現在，我隻想去芝蘭穀禮拜並俱胝佛像。”眾僧麵麵相覷，無不潸然傷情。於是，隻好攙扶著法師向芝蘭穀緩緩走去，玄奘禮佛完畢後，就回到住處肅成院，每天隻是講經傳道，不再從事譯經工作。
正月初八，有一位高昌籍的弟子玄覺，夜間夢見一座高大莊嚴的佛塔突然崩塌，驚醒之後不知主何凶吉，就去問玄奘。玄奘說：“這個不關你的事，是我辭世的預兆。”
正月初九傍晚，玄奘在肅成院房後跨越一小水渠時，不慎失足跌倒，擦破小腿皮膚，遂被抬回寢室治療，看似傷勢並不嚴重，但從此後玄奘病勢愈重，氣息微弱，沉沉昏睡，時有讖語夢話。
正月十六日，玄奘從夢幻中醒來，向守護在身邊的玉華寺寺主慧德法師述說夢中備受佛神歡迎款待景況，又叫隨身高僧嘉尚抄錄他一生所譯全部經論的目錄，以及他敬造的俱胝佛像、彌勒佛像各一千幀素像等。嘉尚抄錄完畢逐項念給他聽，玄奘聽罷，閉目合掌，自感欣慰，便告訴門人說：“我的無常期已到，很想舍棄一切，請讓有緣與會者一起前來吧！”於是，玄奘將自己的衣物資財，慷慨分贈給周圍的人，還叮嚀眾人要廣造佛像，大宏聖教。
正月二十三日，玄奘設齋供眾，將生前所有財物布施一空，然後請畫師兼塑工的宋法智於嘉壽殿豎起菩提像，把骨架搭好。他對所有在場的弟子說：“我這毒身我已經厭惡了。我在世間應該做的事也已經做完了。既然不能久住塵世，希望用所修的福慧回施眾生。我發願，能跟大家一起上生到彌勒菩薩身邊去侍奉他。等彌勒菩薩下生時，隨他下生，廣做佛事，以成就無上菩提。”
二月三日，玉華寺檢校翻經使人許玄備上奏朝廷雲：“法師因損足得病。”二月四日深夜，瞻病僧明藏禪師見玄奘閉目默然合掌良久，隨後以右手緩緩支著麵頰，左手放在左腿上，兩腿微屈，向右側身而臥，一動不動。弟子光問：“法師您是不是已決定得生到彌勒佛淨土？”
“得生！”這是玄奘留下的最後兩個字。
此後，玄奘便不飲不食，祥怡寂然。明藏禪師輕輕拈取新棉細絲，小心翼翼地停置在玄奘鼻下仔細觀察，幾乎看不出一絲動靜。
二月五日半夜，玄奘安然告辭人間，圓寂於玉華寺肅成院，終年64歲。
二月七日，坊州刺史竇師倫表奏玄奘噩耗，高宗聞訊為之罷朝迭聲慟歎：“朕失國寶矣！”言罷嗚咽，百官流涕。第二天他又對群臣說：“多麼痛惜啊！朕國內失法師一人，釋眾摧梁四民無導師矣！此何異於苦海方闊而舟楫邃沉暗室猶昏而燈炬頓滅啊！”說著又悲歎不已。
二月十六日高宗下敕：“竇師倫所奏，玉華寺玄奘法師已亡，其翻經之事且停。已翻成者準舊例官為抄寫；自餘未翻者總付慈恩寺守掌勿令損失。其法師弟子及同翻經先非玉華寺僧者，宜放回本寺。”
三月十五日高宗又敕：“玉華寺故大德玄奘葬日宜聽京城僧尼造幢蓋送至墓所。”
從此，《咒五首經》成為玄奘一生翻譯佛經的絕筆，玉華山成了玄奘圓寂的聖地。玄奘因玉華山而成就功業，玉華山因玄奘而成為佛教名山。