赤壁之戰不僅僅是孫劉聯軍對抗曹操南下戰役性的勝利，對諸葛亮來說，更是他在草廬中對劉備提出“天下三分”戰略的勝利。劉備借著這場勝利的東風，向北將曹操部隊趕到了南郡，向南又兵不血刃地拿下了荊州南部的全部地盤，更吸引了一些臨近的割據小軍閥和大量跟隨劉琮投降曹操的將領，他們麾下幾萬私人武裝的加盟，使得劉備昔日被擊潰得隻剩幾十人的慘狀終於一去不再複返，連盟友孫權也開始擔心和害怕枕席那側的這支潛在勢力，甚至把自己的妹妹嫁給了已近50歲的劉備，希望通過聯姻進一步鞏固兩家的下一步合作。諸葛亮也隨後因功被封為軍師中郎將，為劉備管理荊南零陵、桂陽、長沙三地，主要在臨烝（今湖南衡陽）辦公，負責治理內政和收調賦稅，用來源源不斷地供給劉備日漸強盛的軍事實力。
軍師中郎將這名字聽起來霸氣威武，通過《三國演義》、《水滸傳》等小說的擴散，使得後世“軍師”一詞被無限賦予民間權力。甚至以“智多星吳用”為代表的山寨軍師隱然成為了君主一人之下，全軍萬人之上的總參謀長的代名詞，更是有人不惜上溯到戰國時代，扒拉出來一句“以田忌為將，而孫子為師。居輜車中，坐為計謀”的典故以證明“軍師”一詞源起於兵聖孫武的淵源和地位，讓無數讀者對“軍師”這個詞彙產生了無限聯想。但現實畢竟是殘酷而合理的，“軍師”實際上僅僅是東漢、三國、晉設置的掌監察軍務之職官，職務則主要是參謀軍事這樣的事情，其本身類似幕僚，隻是品秩較低的屬官而已。甚至“軍師”這一名號到了晉代，也因避先祖司馬師的名諱而改為“軍司”，並自此逐漸消沉下去。
盡管在赤壁之戰前後，諸葛亮的表現可圈可點，從戰略和外交上都為劉備軍贏得了極大的勝利，但作為新人，不僅僅身為一軍統帥的劉備要顧及舊部的感受，諸葛亮本人也充分考慮到整個劉備陣營團結的問題，於是從容離開劉備身邊而去坐“地方內政”這樣的冷板凳。況且，對劉備和諸葛亮這對魚水君臣來說，官職這樣的東西，不過隻是過眼浮雲罷了。
在完成本職工作之餘，諸葛亮更注重積極舉薦荊州大族中的人才，以這樣看似“施恩”的方式進一步鞏固劉備集團在荊州地區的統治。這些本身既具才名，背後又有足以左右荊州人心豪族背景的人才中，尤以與諸葛亮齊名的“鳳雛”龐統影響最大。龐統，字士元，是諸葛亮的導師龐德公的侄子，因為堂兄龐山民娶了諸葛亮的二姐，所以與諸葛亮也算是姻親。龐統曾被司馬徽老先生評價為南方士人的佼佼者，送號為“鳳雛”，在荊襄與諸葛亮的臥龍之名並行天下。在赤壁戰後，龐統被劉備分配到耒陽做縣令，因認為被大材小用，而不用心治理政務，在年度考核後被罷免。後來經東吳魯肅寫信給劉備建議重用龐統，雖有親戚之嫌卻以大局為重的諸葛亮也趁此時機勸劉備與龐統見一麵後再考慮對其的工作安排。劉備一見龐統，果然相談甚歡，立即任命龐統做了自己的隨身秘書，並也授予龐統“軍師中郎將”的職位，使得“臥龍鳳雛”實現了並駕齊驅的盛況。不過看看諸葛亮不計酬勞白身出使而不伸手要官的曆史，再對比一下感覺待遇不好就罷 工不幹的龐統，做老板的劉備內心恐怕還是會自有判斷的吧！
除了從內部發掘人才之外，諸葛亮偶爾也幹上幾把“挖牆腳”的活兒，劉巴就是一個典型的例子。劉巴，字子初，年紀很小的時候就知名於荊州，這位也姓劉的同誌從小的國民教育一定有那麼一點問題，劉表去世曹操南下劉備撤離之時，荊楚一代的名士大多被劉備的言行所感動，紛紛主動投奔劉備陣營，而劉巴同誌則隻身奔入曹操大軍的懷抱，並被委任負責招納長沙、零陵、桂陽三地歸降。不想曹操赤壁一敗，整個荊南地區直接投降了劉備，更截斷了作為魏國將領劉巴的北歸之路，於是劉巴想了個“曲線救國”的策略，先繼續向南跑去廣西，然後經由雲南、四川繞道往曹操的都城河南許昌前進。當我們在地圖上認真端詳劉巴的這條繞全國大半圈的逃亡路線時，不得不感慨這位劉老兄，不會是個路癡吧？諸葛亮剛好此時正在劉巴的老家臨烝辦理公務，於是寫信勸已陷入困境的劉巴歸降：“我家主公劉備以仁義之名威震天下，現在更是占據了大半個荊州，四海之士無不歸心，命運之輪將如何繼續前行已經顯而易見，你即便暫時跑了，又能去哪呢？”劉巴卻依舊不聽勸解，按自己的既定計劃改名換姓一路逃亡而去，劉備聽說此事之後很不高興。其後，劉巴被困四川旅居期間，也屢屢向益州牧劉璋進言不應與劉備交好，直至後來劉備一統荊、益兩州，劉巴依舊是關上大門稱病，不打算當劉備的官。連劉備的重臣張飛專程上門拜訪，在劉巴家住了一夜，劉巴也一句話不跟張飛說，一下子能惹怒張飛和劉備兩個人的還真不多見，劉備直接放話出來說：“我打算讓天下安定，社會和諧，這個劉巴卻專門處處搗亂，我看他還是打算跑回曹操那裏，不可能好好跟著我做事！”諸葛亮先是給劉巴繼續寫信勸解劉巴和張飛二人都放下自己的架子和氣頭，希望兩人盡棄前嫌，共同投身到大漢一統的奮鬥事業中去，後又寬慰劉備並讚揚劉巴的優點說：“運籌帷幄這樣的事情，劉巴的才能是遠勝於我的。不過像提高士氣、振奮人心、促進團結這些領域，誰優誰劣有點難說。”最終化解了劉備和劉巴之間的心結，終劉巴一生，都對劉備忠心耿耿，甚至在經濟等專業領域都做出了無可替代的功績。