次年軒轅與大巫蚩尤決戰逐鹿，蚩尤殺九黎部落自己八十一兄弟煉成絕世凶兵“虎魄”，“虎魄”出世之日，煞氣十足鬼哭狼嚎十八地獄的鬼魂為止哭啼三界為之震驚。
天下聖人為一驚原本一把已經是後天之器被硬生生提到了先天之器。
九黎部落中本來就是刀耕火種沒有多少糧草，結果從上次人族不斷撤退和嚴防死守。路上糧食也越來越少了，在發生蚩尤殺死自己兄弟結果人心不穩。
一日九黎部落一位長老對蚩尤道：“這軒轅小兒也不知道是何想法，不戰不退，隻是嚴防死守，我軍勞師遠征，糧草不豐，不宜久峙，還需大王早作決斷啊。”其他人也紛紛附合。
大巫漢子刑天跳出來道：“鳥個明日我們這些大巫直接衝過殺他們片甲不留，讓他們都死光光。”
九鳳皺眉喝道：“說得倒輕鬆，我等能衝上去，那手下軍隊能衝上去麼？再說，軒轅小兒得聖人相助，那三清門下雖然未必是我等對手，但卻也能纏住我等一時半會兒，我等衝上去後，若是軒轅偷襲我九黎大軍，該作如何應附？”
接著蚩尤命大巫雨師和風伯布下風雨自己率領巫兵十萬和幾十個大巫一起衝上去決戰。
當晚，逐鹿大雨不停，第二日周圍更是迷霧不斷，蚩尤集合大軍，擂鼓鳴號，三百萬大軍立於有熊部落對麵，相隔百裏，軍中旌旗高展，蚩尤肩扛虎魄魔刀喊道：“軒轅小兒，妄你號稱天下共主，隻知死守在那龜殼當中，如此懦弱之人，如何做得這人族共主之位，還是快快投降，讓位於本王，或許本王還可饒你一命，不然，待本王大軍揮上，定叫你人頭落地。”
龍族應龍一聽大怒，暴喝道：“蚩尤！你不過是一蠻夫而已，怎生做的這共主之位？軒轅共主功參社稷，天定人皇，教化萬民，豈是你這蠻夫可比？”
軒轅皇帝見風雨交加於是焚香玉帝請來九天玄女和龍族一起抵擋雨師和風伯。軒轅服下太清聖人送來九轉金丹服下一顆就可證金仙之位可是以後除非功德加身不然法力就寸步難進啊。
應龍和九天玄女在空中和雨師風伯比拚法力，而軒轅親率大軍四十萬與九黎部落一決雌雄。
軒轅與蚩尤戰在一起一時間殺的難解難分最後玉帝派天兵五萬幫軒轅打敗蚩尤，蚩尤被軒轅和十二金仙還有其他仙人擒住。
軒轅用屠巫劍把蚩尤四分五裂埋與天下九洲以人族之氣運鎮壓。
曆時近十幾年戰爭終於結束了人族兵馬折損近幾十萬，人口近五分之一死與戰爭。軒轅功成之後立即命人築壇準備登位。
軒轅站在台上喊道：“吾為人族軒轅今登位為人皇以證道經曆十幾年大戰人族死傷無數在此期間龍族幫我人族擊敗巫族有大恩與人族人族拜謝龍族大恩並且以後人族之圖騰以龍為圖騰永護人族，今天我公孫軒轅一拜聖人相助之恩二拜師傅教導之恩聖父指點之恩三拜眾仙人相助之情。”
而後軒轅正式登位劃分州野，製禮興樂，教化百姓。同時還發明各種器具用物，方便日用。其中，大臣曹胡發明了上衣，伯餘造了下衣，於則做了鞋子。百姓們從此不再穿獸皮樹皮。黃帝還依浮葉飄於水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行於水上。又根據轉蓬的道理發明了車輔，便利了交通。黃雍父發明了春，黃帝接著又令人製作了釜甑，使得百姓可以蒸飯烹粥。以後又造屋室，築城邑，使百姓不再巢居穴處。黃帝又與歧伯作內外經，使百姓疾患得以治愈。他還確定了天下萬物的名稱，劃分星度為28宿。以甲乙十天幹紀日，以子醜十二辰來紀月，而六旬為一甲子。黃帝有四妃十嬪。正妃為西陵氏，名嫘祖，她親自栽桑養蠶，教民紡織，人稱她為「先蠶」。嫘祖組織一大批女子上山育桑養蠶織絲。但很快又遇到了一個大難題，蠶養了很多，繭也產了不少，但抽絲和織帛卻有了困難。就在這時，群女中有一個身材矮小、皮膚黝黑、麵部醜陋的女子發明了纏絲的紡輪和織絲的織機。黃帝得知後，對此項發明大加讚賞，讓她給眾人傳授技藝。後來在嫘祖的撮合下，黃帝娶了這位醜女，作為次妃，這位次妃被尊稱為嫫母。這一切改變使得百姓甘其食，美其服，樂其俗，安其居。一派太平景象。