奧斯瓦爾德在醫院因搶救無效死亡，臨死前他留下的最後一句話是：“我隻是一隻替罪羊。”
殺死奧斯瓦爾德的人叫傑克·魯比，據他本人所言，他持槍殺人的動機完全是想為肯尼迪報仇。然而，隨著調查的深入，人們發現事情絕對不像他所說的那麼簡單。傑克·魯比還有一個名字叫約翰·萊昂·魯賓斯坦，身份是一家大型夜總會的老板。這個夜總會自然不是什麼幹淨的場所，脫衣舞、賭博、黑社會交易，所有見不得光的交易都在這裏進行。在魯比一係列的不良背景中，還有一條十分重要，他跟黑手黨有著不可告人的聯係。單憑這一條，就足以斷定魯比絕非單純出於為總統報仇的心態而去殺人。
問題在一瞬間爆發了，之前的所謂真相也顯得並不那麼“真”了，被殺的奧斯瓦爾德似乎成了一個無辜者。根據聯邦調查局的調查，那支在案發現場發現的步槍上並沒有奧斯瓦爾德的指紋，那支槍到底是否屬於奧斯瓦爾德都成了一個疑問。在很短的時間內，過去所有被稱為證據的東西都變成了“不確定”，包括那張做了標記的路線圖以及槍殺蒂皮特事件。
美國上下一片嘩然，聯邦調查局是在開玩笑嗎？為什麼達拉斯警方斬釘截鐵的論證最後變成了莫須有？太多個問號的出現，聯邦調查局也感到納悶。根據他們手上掌握的情況，在倉庫六樓那樣的距離射擊，槍槍精準是不大可能的，就連訓練有素的運動員也無法做到。還有，警方在現場發現了幾個煙頭，而奧斯瓦爾德身邊的人說他並不抽煙。這些與之前完全相反的證據讓整個案件蒙上了一層迷霧：難道刺殺總統的凶手另有其人？顯然，這個答案90%是肯定的。
當時為了調查肯尼迪刺殺事件而專門成立的沃倫委員會的報告成了眾矢之的，他們從前的報告根本經不起推敲，錯漏百出，讓人不禁聯想到這次調查的公正性。1964年9月，沃倫委員會曾交出過一份長達912頁的報告，報告的結果認定凶手隻有奧斯瓦爾德一人，而奧斯瓦爾德是個精神失常的瘋子，他的所作所為完全出於不理智，並非有人唆使他。
但是很快就有人發現這一論斷是錯誤的。根據當時的目擊者證詞以及一些影像資料來看，子彈並不是從一個方向發出的，特別是第一顆子彈就不是從倉庫6樓而是從高架橋旁邊的空地上發出的。還有一些目擊者稱，在高架橋旁邊的空地上曾經停放過幾輛汽車，但是在案發之後又很快消失了，這不能不令人心生疑竇。這些質疑聲讓沃倫委員會難以下台，可是這還隻是個開始。
關於調查報告的懷疑層出不窮，而且針對性也越來越強。有些聲音認為奧斯瓦爾德不過是個盾牌罷了，是用來吸引政府火力的，真正的凶手正在逍遙法外。
還有一個重要的證據可以利用，那就是亞伯拉罕·紮普魯德拍攝的珍貴影奧斯瓦爾德（中）走出警察總部時被夜總會老板傑克魯比（右前持槍者）當眾槍殺。魯比是為總統報仇還是殺人滅口？謎底直到30多年後才被約翰遜的情婦揭曉。
片。這段資料不僅為曆史留下一個證明，而且也為偵破案件留下一些線索。從畫麵上判斷，總統肯尼迪和州長康納利似乎不是被同一個方向飛來的子彈擊倒的。先倒下的是總統，緊接著就是州長，中間間隔的時間非常短，以至於讓沃倫委員會認為他們是被同一顆子彈擊倒的。這個錯覺導致了一個錯誤的判斷，後來連他們也覺得自己太過武斷和草率了。
不久後，聯邦調查局又有了一個新的發現：那支被認定是凶器的來自意大利的步槍並不具備這樣距離射擊的優勢。換句話說，憑借這樣一支性能落後的步槍是不可能完成刺殺任務的，它的射程和精準度都不足以支持這樣的任務。
顯然，沃倫委員會之前所做的報告有失公正，而且也不太敬業。所有新的證據和發現都指向了一個無底深淵，關於真正凶手的線索中斷了。人們從失去總統的悲痛中走向了另一種焦慮——對案件毫無頭緒的焦慮。既然奧斯瓦爾德不是元凶，那麼真正的凶手到底是誰？奧斯瓦爾德又是什麼人，他在這場殺人遊戲中扮演了怎樣的角色？
人們的懷疑更多了，那麼從前關於奧斯瓦爾德的背景資料有可能也是錯誤的。關於奧斯瓦爾德的出生背景，基本上沒有什麼出入，但是，有一些很重要的事實並沒有調查清楚，例如奧斯瓦爾德曾經是個能力突出的特工人員，他同時為中央情報局和聯邦調查局工作。