1947年，加納的前身黃金海岸的統一大會黨成立，揭開了這一地區人民爭取政治自由和獨立鬥爭的序幕。身在倫敦的恩克魯瑪知道這一消息後興奮不已，急切地希望回到自己闊別了十幾年的祖國。
恰好此時統一大會黨副主席傑·布·丹凱邀請恩克魯瑪回國，共同商討民族自由與獨立大業。恩克魯瑪了解到統一大會黨的領導成員、政治綱領等情況，雖然也有一些不滿意的地方，但他堅信是時候將自己奮鬥多年的事業付諸實踐了。
於是，恩克魯瑪背起行囊，踏上了回國的旅途。
三民族獨立的領頭人
回到故土，恩克魯瑪當即受到了統一大會黨的重用，擔任該黨的總書記。那一刻起，恩克魯瑪正式步入政壇，開始領導民族獨立運動，並提出了“立即自治”的行動綱領，為了能讓生活在水深火熱之中的非洲民眾充分意識到民族解放和獨立的迫在眉睫，恩克魯瑪深入全國各地，進行調查研究，了解民情，同時積極開展黨的行動綱領的宣傳。由於他的努力，短短三個月，統一大會黨在全國各地已經有了近500個基層支部。統一大會黨的實力和影響力迅速擴大到全國，並形成了民族獨立鬥爭中的全國性政黨。
在這一過程中，恩克魯瑪特別注意爭取兩類人，一是退伍軍人，二是受過教育的非洲人，即民族知識分子。退伍軍人中有些人曾經在緬甸和中東地區服役，有些還參加過反法西斯戰爭。二戰後這些軍人退伍了，除了領取一點兒津貼之外一無所有。由於生活條件惡劣，他們對當局十分不滿，要求改善生活狀況，要求兌現戰前殖民者對他們許下的諾言，給予殖民地充分的自由。而受過教育的知識分子們則是對當局的憲政改革大為失望，認為那不過是殖民者及其代言人搞的政治遊戲，沒能給黃金海岸帶來任何“自治”和“自由”的希望，他們心中的不滿情緒也越發高漲。恩克魯瑪和統一大會黨在這兩部分人中大力發展組織，貫徹實現“立即自治”的行動綱領，號召大家行動起來，投入鬥爭。
1948年2月，包括首都阿克拉在內的一些大城市相繼出現了反對通貨膨脹、抵製外國商品的運動。持續了一個月的運動對黃金海岸的政局產生了極大的影響。
一波未平一波又起。當局剛剛費力氣擺平了持續一個月的政局動蕩，退伍軍人又舉行了和平遊行。他們前往總督府遞交申請函，要求改善生活狀況。當局出動軍警鎮壓，雙方發生了激烈的流血衝突。流血事件發生後，民眾對當局的不滿終於爆發出來，他們燒毀了外資經營公司和一些大的商店，最終還引發了全市的騷動。
焦頭爛額的殖民當局立即宣布執行緊急法令，下令拘捕囚禁恩克魯瑪和統一大會黨的副主席丹凱等“六巨頭”。
盡管深陷牢籠，但恩克魯瑪並沒有停止鬥爭，他利用一切機會駁斥殖民當局加在他身上的莫須有罪名。而那時候，副主席丹凱的態度卻發生了轉變，他向當局妥協，稱願意懺悔自己的過激行為。
談到丹凱，其實他本人對恩克魯瑪提出的行動綱領和群眾運動的指導思路並不十分讚同。
恩克魯瑪堅持以群眾為本，發動群眾，立即自治，並通過政治改革實現民族獨立。而丹凱則視群眾為水火，害怕群眾，害怕太刺激殖民當局隻會換來關於自治的無限期拖延。
黨內領袖人物意見的分歧，最終使得統一大會黨分裂為以恩克魯瑪為首的“激進派”和以丹凱為首的“保守派”，而兩派鬥爭的結果則是恩克魯瑪被免去了總書記的職務。
在度過了兩個多月的監獄生活後恩克魯瑪獲釋了，但他的名字則被列入“應受監視者”的黑名單中。盡管行動處處受限，但恩克魯瑪並沒有退縮，仍舊積極地為民族獨立事業而四處奔波。
1948年7月，恩克魯瑪創建了加納學院。該學院旨在安置那些同情統一大會黨、反對當局拘捕“六巨頭”參加示威遊行而被當局開除的大中學生，更為重要的是它可以推動民族教育的發展，培養適應民族獨立運動需要的幹部和未來的建設人才。
恩克魯瑪還創辦了以宣傳自己政治主張為主的《阿克拉晚報》。有了報紙，恩克魯瑪就可以每天都與群眾在一起，讓他們了解民族獨立的必要性和迫切性，從而發動更多的群眾參與到其中來。此後，他又在其他兩個比較大的城市分別創辦了同類性質的報紙《晨訊報》和《每日郵報》，希望以此來擴大宣傳教育和鼓動工作。