幾內亞總統塞古·杜爾、埃及總統納塞爾、坦桑尼亞總統尼雷爾和馬裏總統凱塔等國家領導人憤怒譴責加納政變，表示將繼續支持恩克魯瑪，塞古·杜爾總統甚至盛情邀請恩克魯瑪到幾內亞避難。
恩克魯瑪是在越南得知自己被政變推翻的，他有些難以置信。在短暫的憤怒和失落之後，恩克魯瑪立即清醒了過來。畢竟在當時的非洲，軍人政變已經屢見不鮮，既然加納已無他的容身之所，恩克魯瑪決定接受塞古·杜爾的邀請，前往幾內亞。
1966年3月2日，恩克魯瑪乘坐飛機抵達幾內亞首都科納克裏，在機場，恩克魯瑪受到了塞古·杜爾和幾內亞民眾隆重而熱烈的歡迎。不僅如此，幾內亞人民和塞古·杜爾本人為了表達對恩克魯瑪的支持和崇敬，還授予了他幾內亞總統的榮譽頭銜，足見其在幾內亞受尊敬的程度。
隆重的歡迎儀式結束後，恩克魯瑪被安排在了科納克裏郊外一座幽靜的海濱別墅居住，開始了他的流亡生活。
盡管在流亡，但恩克魯瑪的生活並不落魄，從他身上看不到消沉和絕望，恩克魯瑪仍舊活躍在幾內亞政壇，為重返加納奔走呼喊。他多次發表演講，通過幾內亞電台向加納人民發表廣播演說，譴責軍事政變，號召人民團結起來推翻軍人政府。他知道，光靠輿論的力量是不足以奪回政權的，為此他組織了武裝力量，試圖以武力重掌政權。但現實是殘酷的，他所做的一切在加納都沒有引起積極反應，組織武裝力量奪回政權的計劃也沒能成功。
從起初的熱烈號召到沒有響應之後的沉默，恩克魯瑪漸漸明白自己已經回不去了。接受現實的恩克魯瑪開始將全部精力放在理論研究上。
在海濱的別墅裏，他整日奮筆疾書，先後出版了《在加納黑暗的日子裏》、《革命戰爭手冊——非洲武裝鬥爭指南》、《良知主義》、《非洲的階級鬥爭》等著作。這些著作雖然都從加納問題入手，但落腳點卻都是非洲的革命問題，有些著作中他還提出了一整套有關社會主義革命的理論。
在《在加納黑暗的日子裏》中，恩克魯瑪總結了加納政變的教訓，並得出非洲獨立國家要想生存下去必須奉行徹底的社會主義政策的結論。此外，他還闡述了爭取非洲大陸的完全解放和建立全非聯合政府已經進入了武裝鬥爭的階段，主張用武力統一非洲。
《革命戰爭手冊——非洲武裝鬥爭指南》是上一本書理論的延續，他提出了要在非洲展開武裝鬥爭所要做的準備工作和實施步驟，可以說這本書是恩克魯瑪思想產生變化的第一本著作。他原先信奉非暴力主義，讚賞聖雄甘地的非暴力不合作運動，然而在這本書中他否定了堅持多年的非暴力主張，變成了一個激進的暴力革命者。
流亡中的恩克魯瑪思想更加豐滿，從他的著作中常常會看到一些思想的閃光點和獨特見解。最難能可貴的是在這些理論中所體現出的對帝國主義、新殖民主義的深惡痛絕，對非洲社會主義前途的信心，處處閃耀著一個革命者的堅強意誌和崇高情懷。
令人惋惜的是，他在反思加納發生政變的經驗教訓時，在觀察和分析當時非洲和世界形勢時，帶有一定的片麵性和主觀色彩。人無完人，恩克魯瑪的思想和理論與當時的時代背景和環境分不開，因此也帶有一定的局限性。
艱苦的理論研究和不輟的筆耕使恩克魯瑪積勞成疾。從1971年開始，恩克魯瑪的健康狀況不斷惡化，8月份，他不得不前往羅馬尼亞就醫。不過即使在病榻之上，恩克魯瑪依舊沒有停止對非洲命運和前途的思索，沒有停止寫作。
1972年4月27日，恩克魯瑪在癌症的折磨下離開了人世。
生前百般努力無法回歸故裏的恩克魯瑪死後終於如願以償，回到了生他養他成就他一生傳奇的土地。7月7日，他的遺體被運回家鄉恩格羅夫爾村，當天，有兩萬多人從全國各地趕來參加了他的葬禮。
盡管犯了這樣或那樣的錯誤，有這樣或那樣的不足，但可以肯定的是恩克魯瑪仍舊是曾經領導加納人民贏得民族獨立和自由的傑出領袖。
恩克魯瑪流亡幾內亞6年，其間加納政府更迭兩次，他的政敵都已經成為政壇上的匆匆過客，被加納人咒罵或遺忘，恩克魯瑪雖然與世長辭，但他的精神和功績仍舊被人崇敬和讚頌。