李承晚很快讓美國人看到了他的不合作。回國之後的李承晚用極短的時間建立了自己的個人威信，並成立了“大韓獨立促成中央協會”，號召所有政治團體加入。李承晚實行的方針政策就是在朝鮮正式獨立之前，不管是共產黨還是日本人，都應該是爭取的對象。不可否認，李承晚做出了對整個局勢正確的判斷，也符合廣大朝鮮人民的願望。能夠獨立才是當務之急，不少持不同政見的組織或個人紛紛響應李承晚的號召加入了他的統一聯盟。
在李承晚剛剛回國的一段時間裏，他都表現出了堅定的獨立態度，這種態度幫助他贏得了民眾的好感和支持，完全不同於後來出現的厭惡情緒。在這個時候，美蘇關係正在逐漸變壞，牽連著南北朝鮮出現兩種不同的局麵。在北朝鮮，原本由共產黨領導的反對托管運動也是一片排山之勢，可後來在蘇聯的旨意下很快就轉變成支持托管。北朝鮮立場的改變讓以李承晚為代表的南朝鮮民族主義者十分反感，反共之聲也隨之高漲起來。
其實，李承晚等民族主義者和共產黨之間的矛盾突出了朝鮮一個致命弱點：沒有一個核心政團居於領導地位。簡單點來說，朝鮮沒有一個真正意義上的領導組織。這一弱點導致了朝鮮民族運動的一波三折。
1946年3月，美蘇在漢城召開會議，討論如何在朝鮮成立一個臨時政府。蘇聯一再強調臨時政府內不能出現反對托管的人的立場讓美國大失所望。蘇聯的意思再明白不過了，李承晚等民族主義者是反對托管最激烈的一部分人，他們自然不在臨時政府組成人員的範圍之內。美國當然不幹了，李承晚是他們精挑細選能夠維護美國利益的人，不讓他們參與就等於削弱美國在朝勢力。於是，這次談判不歡而散。
美蘇合作的希望徹底破滅了，雙方開始各行其是。在南方，美國開始栽培自己的勢力，物色了一套以李承晚為首的親美班底，而在北方，北朝鮮臨時人民委員會在蘇聯的支持下成立，並立即著手對北朝鮮進行社會主義改造。1947年，北部人民會議和北部人民委員會正式成立，成為北朝鮮居於領導地位的政治組織，金日成為委員長。南北朝鮮統一的希望更加渺茫。
隨著美蘇冷戰拉開了序幕，雙方敵對的狀態直接影響了南北朝鮮的政治走向。美國要求蘇聯從漢城撤走領館人員人員進駐平壤。這種難以達成共識的意識形態讓南北朝鮮的分裂成為鐵板釘釘的現實。李承晚已經感到了美蘇之間的不和諧，更猜到了南北朝鮮分裂的可能性越來越大。1946年5月，第一次美蘇談判失敗之後，李承晚更堅定了自己的預測。於是，當金九等人還在為南北朝鮮統一而四處奔走的時候，李承晚已經提出南朝鮮獨立的想法。
李承晚這樣的想法對於長久以來都在為南北統一忙碌的民族主義者來說無疑是個巨大的打擊，這些人廢寢忘食就是為了實現朝鮮統一和獨立。更重要的是，他們一度相信李承晚跟他們是站在一起的。所以當最信任的人第一個背叛統一陣線的時候，其他人便有上當受騙的感覺。
1946年底，美國在南朝鮮成立的軍政府開始廣納朝鮮人，為的是讓南朝鮮人民有歸屬感。李承晚被任命為民主議院的負責人，其實就是給美國人當顧問。美國人算計好了一切，但卻沒有算計到李承晚會借此機會為自己埋兵布陣、安置心腹。緊接著，李承晚所帶領的民族主義者在美國提倡下成立的臨時議會中占據了大部分席位，整個局勢似乎都在按照李承晚的預期計劃前進。臨時議會中的部分官員是由美軍政府直接任命的，對這一點李承晚早有微詞，於是，他悄悄前往美國華盛頓，希望從美國政府那裏得到對自己地位的肯定。
到達華盛頓後，李承晚直接向美國政府抗議駐朝軍政府任命部分臨時議會官員的做法。他要求能在南朝鮮建立過渡政府，並用選舉的方式選出政府領導人。除此之外，李承晚向美國政府提出了很多條件，中心思想就一個：南朝鮮獨立，並爭取國際社會的認可。
不過，李承晚沒有成功。托管和軍政府都是美國政府想出來的，要推翻它無異於自抽耳光。李承晚雖然有些失望，但心裏卻早已想好了對策。1947年4月，李承晚回國之後的第一件事就是召開記者招待會，宣布美國國務院同意在南朝鮮進行獨立選舉。消息傳到了美國，美國國務院官員暴跳如雷，立馬出麵澄清。然而，李承晚在朝鮮所具有的誠信度顯然超過了美國，朝鮮人民雖然接受不了南北分裂，可更接受不了南朝鮮獨立後被美國人統治的現實。