征服了蒲來矢，解除了境內的紛鬥，完成了朱熹的一大心願。為了確保境內不再有類似的情況發生，朱熹又向朝廷作了折子，請求皇上將“飛虎軍”由湖北襄陽調至湖南節製。
再說這“飛虎軍”乃地地道道的“湘軍”，當年辛棄疾任湖南路安撫使時，為了鎮壓境內農民起義而募湘勇組建，當時召了步兵兩千人，馬軍五百。辛棄疾在募建之時，雖然得到了朝廷的批準，但卻多有異議，特別是樞密院，認為潭州本有八指揮的皇家軍隊，再募湘勇，另創一軍，朝廷難於節製。但在辛棄疾看來，這所謂的“八指揮”其實也不過是一些太爺兵，隻能小打小鬧，難成氣候，於是不顧朝廷之命，執意創建，終成熊虎之師。因“飛虎軍”所募乃地道的湘勇，個個剽悍善戰，器械齊備，旋即就成諸軍之冠。後來在辛棄疾的統領下，在收複國土的抗金戰鬥中成了中流砥柱，立F了汗馬功勞。朝廷見此，無話可說，作了正規部隊而保留下來。
辛棄疾去世，“飛虎軍”留守湖北襄陽，因戰功卓著，又沒辛帥節製，將士有了些驕橫的情緒。應了朝廷之命，“飛虎軍”歸了朱熹節製。初入長沙，盡管將士皆為湘人，對朱熹亦是極為敬重，卻終究有些懶散慣了，紀律鬆弛，有些無法尢天之舉。本來朱熹想節製“飛虎軍”而彈壓“戰禍”，卻沒想到卻把“禍事”引到了長沙。朱熹感到很傷腦筋，於是“申教令”嚴格軍紀，對“飛虎軍”將帥進行大規模的調換。
調換將帥，可不是一件說到就能做到的事情。因“飛虎軍”內部，士兵對於將帥的感情是極深的，將帥對於統領的感情亦是如此。辛棄疾在時，“飛虎軍”眼裏隻有辛帥，而不知有皇上，現在將帥眼裏哪有他朱熹？朱熹也很明白，憑幾條教令是解決不了問題的。所以他一方麵對尋釁鬧事的士兵進行鎮壓，以此樹立自己在“飛虎軍”的威風，一方麵親自到營中慰問，問寒問暖，對將帥、士兵的家庭情況亦是一一過問，又召集將帥進行理學培訓。因為所募之勇，大都文化水平相對較低，對朱熹的“正心誠意”之說，“存天理，滅人欲”之說，大都似懂非懂。不過這些將帥見朱熹不厭其煩，與其傾心交談，心中熱乎乎的，從而開始忠心於朱熹。節製了“飛虎軍”，使其歸順於己，對於潭州的治安保護及其備戰也就有了保障。朱熹又築了城牆，使得古鎮長沙固若金湯。數十年後，元兵阿裏海牙以數萬之眾來攻，守將李芾僅以二千之兵與之相拒，竟固守三個餘月，大小戰事七十餘場，不能說不是朱熹當年之功呢！
朱熹知潭州I兼湖南路安撫使，朝野皆知其心不在為政，而主要是為“嶽麓書院”而來，朝廷在任命書中，亦說得十分明白：“學古粹深，風節峻特，可以為世之師……儒先相望，士氣方振，爾為朕教之。”所以朱熹在征服了蒲來矢，節製了“飛虎軍”後，就把所有精力集中放在嶽麓書院的建設上。
因為張栻的早逝，而長期虛了山長之位，嶽麓書院也就有了些“師道陵夷，講論廢息，士氣不振”。為了振興書院，朱熹對書院提出了大規模更新的設想：在書院之前要興修宣聖殿五間，專祀至聖孔子，殿前引泉作泮池，其列屋殆百間，其南為風雩亭，殿後堂室兩層，每層各七間，兩廄亦如之。無奈當時經費無著落，朱熹隻好對書院進行改建與部分的整修以後，就開始招生。他又為書院聘了講書職事與學錄。朱熹主教“白鹿洞書院”多年，對於辦學他確實有許多的經驗，他認為從政應以“恤民”為本，以“仁愛”為輔，而為學則應該以教員為本，教員的好壞是決定書院好壞的關鍵。因此，他興學嶽麓書院，卻虛山長而不置。他清楚，所謂山長，應該是學富五車、道德高尚之大儒，必須是可以引為師長、可以作為人倫之表的人才。他虛山長之位，當然並不是說潭州無此大儒，而是認為首先不設山長，而據績效，再另行提升，這樣就可以紀綱庶事，表率生徒，調動積極性，這其實也就是他“白鹿洞書院”的經驗。基於這種考慮，朱熹聘了醴陵人黎昭文作講書職事，湘潭人鄭仲禮做學錄。黎昭文為朱熹門生，曾從朱熹遊，所學講皆為朱氏正學，而鄭仲禮則為張栻的高足。朱熹置二人為講學和學錄，其意亦是要將朱、張之學誦於嶽麓，將其閩學融彙於湖湘正學之問。由於朱熹的影響，天下學子儒生於是不遠千裏雲集於此，嶽麓山也就弦歌不斷，生機勃勃，又恢複了往日的風采。