在林肯被刺以後的一周裏，整個北部充滿了悲憤情緒。人們不僅要求要將殺人凶手繩之以法，而且還指控南部同盟的領導人對林肯的遇難負有責任，對在內戰中喪生的3萬6千多名聯邦將士負有責任。但是這種複仇的呼聲又與林肯生前所提倡的寬容精神有些矛盾。林肯具有偉大的博愛胸懷，他的至理名言是：“對任何人都不要懷有惡意，用基督的寬容精神對待一切人。”另一方麵，林肯在大是大非的問題上又能堅持正義，旗幟鮮明地反對奴隸製度。用他的話來說，“堅持正義，因為上帝使我們懂得了正義。讓我們為醫治好國家的創傷，並為取得正義和持久的和平而奮鬥。”林肯作為一個政治家的偉大之處，就在於他具有堅忍不拔的處理非常事務的能力，他能夠審時度勢，根據形勢的變化及時調整政策，在人們多次發生猜疑、分裂或失去信心的時刻，都能設法使他們保持鬥誌，並引導他們走向勝利。
林肯本來有一個幸福美滿的家庭，他有兩個活潑可愛的兒子。一個是11歲的威利，一個是8歲的特德。在1862年初，兩個孩子都生病了，大概是患了傷寒。特德後來痊愈了，而威利卻於2月20日病死了。
林肯夫婦為此悲痛欲絕。但很快林肯便從喪子之痛中振作起來，勇敢、堅強地麵對美國內戰的驚濤駭浪，而他的妻子瑪麗卻一蹶不振，精神徹底崩潰了。在林肯任總統的4年零6個月的時間裏，他在白宮中經曆的痛苦，正是那個時期美國所經曆的苦難曆程的一個縮影。沒有哪一個總統在任職期間承受了那麼大的個人不幸，也沒有哪位總統曾經麵臨過那麼大的民族危機。正因為如此，在美國曆史上，林肯是與開國元勳喬治·華盛頓齊名的偉人。
關於刺殺林肯的凶手約翰·布思的情況，這裏再補敘幾筆。
約翰·布思在開槍以後，高喊著“暴君徹底完蛋了！南部複仇了！”
跳到下麵的舞台上，他在那兒跌斷了左腿，當著滿場目瞪口呆的演員的麵一瘸一拐地溜出了後門，跳上一匹事先準備好的馬逃跑了。他是一位平庸的演員，卻又狂熱地支持南部分離主義者。幾個月以來布思就一直圖謀暗殺林肯總統、約翰遜副總統和西沃德國務卿。派去刺殺約翰遜的同夥由於驚慌害怕，而未能得逞。西沃德被刺成重傷，但保住了生命。
4月26日，聯邦軍隊終於在弗吉尼亞博林格林附近一個農場的煙草倉庫裏發現了布思。在倉庫著火後，他仍負隅頑抗，結果被士兵擊斃。軍事法庭判定其他8名同夥共謀策劃了這次暗殺，其中4名被判處絞刑，另4名被判監禁。
但是對於究竟誰是這次暗殺行動的幕後策劃者，至今還仍然是一個曆史之謎。許多北部人認為傑斐遜·戴維斯與布思同謀策劃了這次暗殺；另一些人則認為安德魯·約翰遜由於某種原因介入了此事；還有一些同時代的人或稍後的作家試圖將布思和南部同盟的特務活動聯係起來。而有些當代人推測，是陸軍部長斯坦頓為了共和黨激進派的利益策劃了這次暗殺，他們因為林肯的軟弱的重建政策而要除掉他。還有人提出懷疑，認為在弗吉尼亞被擊斃的不是布思，而是一位和布思長得十分相像的人作了他的替罪羊。種種說法，不一而足。
險被彈劾下台的約翰遜
在林肯被暗殺的當天晚上，陰謀家們還計劃殺害副總統安德魯·約翰遜，但殺手在最後一分鍾失去了勇氣。約翰遜被從睡夢中喚醒，並被告知總統遭到槍擊，他立即來到奄奄一息的總統臥榻旁邊，痛苦地守護了一夜，眼睜睜地看著死神無情地降臨到林肯的頭上。
1865年4月15日早晨，在首席法官薩蒙·蔡斯的主持下宣誓就任總統。內閣成員在他旅館的大廳裏集合，約翰遜忐忑不安地對他們說：“得知剛剛發生的這一悲慘事件，我傷心之至；而且，對於突然降臨在我的大任，我也很有力不從心之感。……我一生致力於建立和鞏固自由政府所必須遵循的原則。我相信，經過當前的危機之後，我們的政府將根據比過去更加鞏固、更加持久的民主權利的原則創造出安定的局麵。