羅斯福總統和國會多數議員讚成尼加拉瓜路線，成立不久的地峽運河委員會提出了具體的建議書，這份建議於1902年1月初被眾議院批準。但是，與此同時法國新巴拿馬運河公司代理人菲利普·比諾－瓦裏拉和威廉·克倫威爾一直在積極遊說美國國會議員，極力兜售該公司通過巴拿馬地峽路線的權利。麵臨著一無所得的前景，法國新巴拿巴運河公司董事會迅速做出決定，將售價從最初的10，900百萬美元削減為4千萬美元，克倫威爾還對共和黨的競選運動經費心照不宣地捐贈了6萬美元，並爭取到共和黨領袖漢納等人的支持。碰巧在這年5月間，尼加拉瓜境內的佩萊火山突然爆發，造成了3萬人死亡，莫諾通博火山緊跟著也爆發了。當尼加拉瓜政府公開否認該國境內有活火山時，法國巴拿馬公司的代理人立即送給美國每一位參議員一張尼加拉瓜郵票，在上麵印著一座在猛烈爆發的火山的圖樣，這就促使羅斯福、地峽運河委員會和國會改變了主意。1902年6月28日，國會通過《斯普納法》，授權美國總統，如果能在適當的時候和該地峽所屬的哥倫比亞共和國簽訂一個滿意的條約，就應選擇巴拿馬運河；否則，就應選擇尼加拉瓜路線。
1903年1月22日國務卿約翰·海勸誘哥倫比亞駐華盛頓的代辦埃爾蘭簽訂了修建巴拿馬運河的條約，允諾將一條10英裏寬的運河區租與美國，租期100年，由美國一次償付哥倫比亞1，000萬美元，另行按年付給租金25萬美元。
但是，哥倫比亞政府拒不接受這項條約。哥倫比亞輿論也強烈反對它，因其中關於運河區的條款損害了該國主權；而哥倫比亞領導人拒不批準條約，還有其他方麵的考慮。法國巴拿馬運河公司的特許權將於1904年滿期，屆時該公司的一切權利與財產將轉與哥倫比亞。隻要再拖延一年，哥倫比亞政府就可以要求獲得美國付給法國巴拿馬公司的4，000萬美元。
哥倫比亞不肯俯首聽命，使羅斯福甚感惱火。他認為哥倫比亞政府索價太高，就像“攔路搶劫一樣。”他對國務卿約翰·海說道：“我不認為應當容許波哥大那幫攔路賊長久阻擋未來的文明通道。”羅斯福製訂了攫取巴拿馬地峽的計劃，並援引1848年美國與新格拉納達（哥倫比亞）所簽訂的條約為其行為辯護。根據該約，美國保證該地峽的中立與自由通行。
在此期間，比諾·瓦裏拉正在策劃一個使美國無需采取暴力手段即可得到地峽運河修建權的方案。這個詭計多端的法國人通過他在巴拿馬的代理人，試圖組織一次巴拿馬脫離哥倫比亞共和國的起義。美國政府沒有參與這些密謀，但是比諾·瓦裏拉將此密謀告訴過羅斯福和約翰·海，並從總統和國務卿的言談話語中得出一個結論，那就是美國將不允許哥倫比亞鎮壓“革命”，這就使比諾·瓦裏拉受到了鼓舞。
1903年10月19日，三艘美國戰艦奉命開到預期會發生衝突的地點。11月2日，三位艦長收到美國政府的指示，如果爆發一場革命就立刻占領巴拿巴鐵路，並阻止哥倫比亞軍隊在離地峽50英裏範圍以內登陸。11月3日，美國駐巴拿馬領事也得到電令：“據悉地峽發生起義。速向國務院詳報。”美國領事當日下午回電稱：“起義尚未發生。據悉，今晚發動。”幾個小時以後又發去電報稱：“今日傍晚6時爆發起義，沒有流血；政府將於今晚組成。”
電文雖然簡短但很準確。起義發生後進展迅速，巴拿馬省長被起義者拘捕，哥倫比亞海軍駐防司令受賄撤走了軍隊，美國軍艦阻止了哥倫比亞政府派來的軍隊登陸。巴拿馬鐵路的300名職工和巴拿馬市的消防隊，是起義的核心力量，原哥倫比亞軍隊總司令烏埃爾塔斯將軍任起義軍的司令。翌日，起義者宣布巴拿馬獨立，烏埃爾塔斯發表了簡短的講話，聲稱：“舉世驚歎我們的英雄行為。羅斯福總統言而有信。”兩天後，美國國務卿約翰·海訓令駐巴拿馬的領事承認巴拿馬共和國政府，該共和國立即任命比諾·瓦裏拉為駐華盛頓全權代表，並於11月18日和約翰·海簽訂條約，將地峽兩岸10英裏寬的一個區域永久轉讓美國。作為報償，美國同意付給1，000萬美元現金和每年25萬美元的租金，並保證巴拿馬共和國的“獨立”與“安全”。美國政府於1904年5月取得運河區的所有權，著手挖掘巴拿馬運河。到1914年8月15日，運河正式交付使用。