1931年冬，梅貽琦42歲被任命為清華大學校長，自此連任清華大學校長達17年之久，其中包括在西南聯合大學的8年。他上任後住在當時的法定校住宅，按舊例，連衛生紙都是公家供給，有公務人員按時送到。他卻主動放棄可以享受的一些“特權”，自己付家裏工人的工資，自己付電話費，不要學校每月免費供應的兩噸煤，從不讓他的家人乘坐小轎車用來辦私事，他的夫人也隻是在和他一起進城時才可以順便搭他的小轎車。
他在生活上的要求很簡單，從不講究穿衣吃飯，處處精打細算。梅貽琦經常用廢紙頭起草的一些報告提綱、公函等，現在仍保存在清華大學的檔案館裏，見證著他的廉潔、持身以儉的工作作風。在那個民族災難深重的年代，國統區的經濟日益凋敝，民眾生活極其貧困，作為公教階層的教授的生活更是困苦不堪。他們中的許多人放棄了出國生活的舒適而甘於清貧，從教不輟。梅貽琦和西南聯合大學的許許多多教師一樣，也抱定了“科教救國”的信念。他的弟弟梅貽寶後來回憶說：“抗日戰爭期間，身為大學校長和國民黨中央執行委員的梅貽琦，經常吃白飯拌辣椒，有時吃上一頓菠菜豆腐湯，全家人就很滿意了。”
在西南聯合大學還流傳著一段梅夫人自製米糕的佳話。西南聯大教授們的月薪在1938至1939年間還能維持一家人三個星期的生活，後來物價飆升就不能撐到下半個月了。於是，教授夫人們就八仙過海——各顯神通：有的繡圍巾，有的做帽子，也有的做食品。梅夫人視力不好，就與他人合作，以七成大米、三成糯米，加上白糖做成米糕，取名為“定勝糕”，隱含“一定勝利”之意。梅夫人每天挎著籃子步行45分鍾到“冠生園”寄賣，礙於梅貽琦校長的麵子，賣糕時梅夫人遮遮掩掩，但還是被人知道了。於是，梅夫人挎籃賣“定勝糕”的事流傳得很遠。1948年12月，北京解放之前，梅貽琦由南京國民政府派來的“教授專機”輾轉“搶救”到了香港，繼而在紐約中華文化基金會服務，繼續保管清華基金。他在海外生活的清苦困頓自不必說，遠離故土的淒涼與寂寞更是難以言表。1951年春，梅貽琦組織了清華大學在美文化事業委員會，開始用清華基金的利息資助在美學者從事研究工作，他秉承著“不限清華門戶，一視同仁”的原則處理每一件申請，凡是課題確有研究價值，且境遇窘迫的中國學者，都能從他那裏得到真誠的幫助。但他自己卻處處撙節，絲毫不擺架子，耍威風。他給自己規定了最低限度的生活費，除去一間住房及辦公必不可少的開銷之外，已所剩無幾。他凡事都是自己親自動手，有時連最低的生活水平也不能維持，在最困難時，甚至還要靠女兒打字掙來的微薄薪金貼補家用。
1954年，梅貽琦參加完國民大會後把全部津貼都為清華駐美辦事處購買了圖書，趙庚揚說他“是儉，不是吝，為公家辦事是要錢花的經濟、有效、持久，不是舍不得花。因此，是積極的儉”。他一生兩袖清風沒有積蓄，病後住院費和死後殯葬費都是校友們捐助的。據韓詠華回憶：在病桌旁邊有一隻他從不離身的手提包，他去世後眾人打開一看，竟是清華基金的曆年賬目，一筆一筆清清楚楚，在場人無不為之動容。梅貽琦在祖國大陸和台灣各界都享有極高的聲譽，受到普遍的敬重，能夠不因其自身的政治信仰和政治觀點而贏得人們的普遍尊重和較高的曆史評價，實屬不易，這應該歸功於其廉潔奉公、寧靜謙遜的品格為社會所認可吧。
他雖幾次出任當時教育部高層領導職務，又長期獨司數十萬美元的清華基金，卻能一生謹守原則，出淤泥而不染，逝世後沒有留下任何遺產。正像林公俠所說：“他在母校十幾年，雖然清華基金雄厚，竟不苟取分文，在貪汙成風的社會竟能高潔、清廉到這樣的地步，真是聖人的行為。隻這一點，已是可以為萬世師表。”