朝內的重要官員齊集觀象台上，都想弄清在中國、阿拉伯和歐洲的三種天文計算中，究竟誰屬謬誤者？
真相大白的時刻逼近了……猛然間，一個站在時刻表前的人喊道：“現在是中國人測報的時刻，二點十五分，無日食發生，十六分，十七分，十八分……”大統曆的計算方法被排除在正確之外。“現在是回回曆的測報時間，二點三十分”，然而，太陽上並未出現絲毫影子，失望的觀察人還在等，五分，十分，十五分……阿拉伯人也被擊敗了。三點整，第一線影子投到了太陽上，這隻是神甫們的第一個勝利。影子越來越大，逐漸遮蓋了整個太陽，這才是第二個勝利，因為神甫們發出的預報正是日全食，而其他學派預告的都是日偏食。
大統曆和回回曆的天算家們被擊敗了。
然而，“由十二名親王、十四名內閣官員、十二名尚書侍郎、八名軍隊將帥和七十二名高級官員”參加的廷議，仍然將湯若望等擬判淩遲、斬首、流徙。
當擬判奏章送到十一歲的康熙麵前時，又出現了一次巧合。上午十一時，天和地出麵幹涉了。
天空中出現一顆彗星，拖著長長的尾巴。地上發生一次大地震，鬧了三天。北京城和皇宮晃得像海上的一條船，監獄的牆被破壞了，衛兵們嚇得驚恐萬狀，房屋在強震中像紙牌一樣成片倒塌，向外逃散的人們木然地走在瓦礫之間。土地像傷口一樣綻開大裂口，城牆多處毀壞，火災四處蔓延。尤其可怕的是，一股颶風夾帶沙漠的黑雲遮天蓋地而來。
朝野上下人心恐慌，以為“獄訟不公，天象示警”。偶然的巧合，改變了事件的結局。康熙祖母孝莊太皇太後出麵幹涉，將輔政大臣原折擲於地下，以湯若望是先帝信任之臣為由，命速行釋放。傳教士幸免於死，然而李祖白等中國官吏卻仍被斬決，作了犧牲品。但新曆仍被廢除，複行大統曆，由楊光先出任欽天監正。康熙七年，康熙十五歲。其時楊光先主持的欽天監先後采用落後過時的大統曆、回回曆，錯誤百出，一片混亂。大臣會議，請皇帝聖裁。康熙沒有傳統的龍的偏見，他出於純屬鳳的膽略，決定以實驗的方法檢驗雙方觀點正謬。他諭令雙方“勿懷夙仇”，允許雙方“各執己見，以己為是，以彼為非，互相爭競”。宣布：“孰者為是，即當遵行，非者更改。務須實心，將天文曆算詳定，以成至善之法。”
康熙命代表大統曆的楊光先、代表回回曆的吳明暄、代表西曆的南懷仁，分別用各自的演算法推算正午日影所止之處。三次實地測驗，楊光先、吳明暄有誤，南懷仁無誤。
康熙又令測立春、雨水二節氣及月、火、木星之運行。滿漢大臣、諸王貝勒、各派人等眾目睽睽之下，楊光先、吳明暄“逐款不合”，南懷仁“逐款皆符”。
楊光先痛心疾首：“臣監之曆法，乃堯舜相傳之法也。皇上所正之位，乃堯舜相傳之位也。今南懷仁，乃天主教之人。焉有法堯舜之聖君而奉天主教之法也？南懷仁欲毀堯舜相傳之儀器，使堯舜之儀器可毀，則堯舜以來之詩書禮樂、文章製度皆可毀也！……寧可使中國無好曆法，不可使中國有西洋人！”厭惡、可憐、又略帶同情的目光在康熙眼中瞬息閃過，他平靜諭令：“南懷仁為欽天監正。”
康熙八年，康熙剪除鼇拜。南懷仁、利類思、安文思等立即發難，指楊光先、吳明暄是鼇拜黨羽，說他們“詭隨狐假，罔上陷良”。說楊光先在故明時即因希圖幸進，“以無稽建言”，曾被廷杖，“雖婦人小子，皆知其為棍徒也”。請求將楊光先“即行處斬，妻子流徙寧古塔”，為已死之湯若望等平反昭雪。
科學不是政治，而學術爭執的雙方，往往千方百計地將其塗上濃重的政治色彩，企圖以政治鬥爭的手段置對方於死地。
康熙準予昭雪南懷仁，卻寬免了楊光先、吳明暄，吳明暄更“仍留原任”，康熙告誡他：“以後更改前非，實心實意，與南懷仁商議，務求合於正理，以造曆日。”“若複顛倒是非，明知其能而忌嫉之，從重治罪。”
他始終將中西曆法之爭限製在學術範圍之內。科學就是科學，難得的是，一位中國皇帝——曆來至高至尊的真龍天子，能夠將科學與政治分開，能夠突破中西文化的疆界，進而，能夠從皇帝的寶座上走下來，如饑似渴地學習西方自然科學。