日本軍方搜刮民間財物的組織被稱為“山百合會”。裕仁天皇任命皇族成員竹田宮恒德親王為該組織的負責人，其他幾名皇族親王如朝香宮鳩彥王、閑院宮載仁王也參與了這項任務。被掠奪的中國財產包括貴金屬、文物、圖書、銅鎳幣等，總價值在10億到20億美元之間，這些財富運至朝鮮後裝船運回日本本土。1940年，裕仁天皇的親弟弟秩父宮雍仁被任命為“山百合會”在東南亞地區的主管，負責將日軍從菲律賓、新加坡、馬來西亞、荷屬東印度和法屬印度支那掠奪的財寶通過船隊運回日本。戰爭結束後不久，秩父宮雍仁便在1953年神秘地死亡，而他的3個兄弟中除裕仁天皇（1989年病逝）外都活到了90年代，其中三笠宮親王至今仍然在世。
隨著1942年以後美國潛艇的活動增加，大量日本運輸船在本土和中國南海被擊沉。為了保護掠奪財富的安全，秩父宮雍仁於1943年將“山百合會”總部由新加坡搬至菲律賓的呂宋島。在接下來的兩年半裏，日軍將這批財寶登記注冊，然後埋藏於呂宋島上的172處地窖、隧道和山洞中。此時日本仍在幻想與盟國實現有條件停戰，並在戰後保住對菲律賓的占領，這樣的話便可將這筆寶藏從容運回日本。
在二戰期間，日本還公然違犯國際法，用醫院船來轉移掠奪的財富。1942年10月，日本醫院船“天應丸”從東南亞裝載了2 000噸黃金和大量水雷前往日本（該行為嚴重違犯國際法），並在橫須賀軍港卸下了這些黃金。該船在1945年8月17日被日本海軍秘密炸沉，以毀滅罪證。
另外，日本還曾用軍艦運送過掠奪物品。1944年11月5日，“那智”號巡洋艦在馬尼拉灣附近被美國海軍艦載機擊沉，但是日本一直有人說該船是被日軍潛艇擊沉的，幸存的船員被潛艇上的機槍打死以滅口。不管這種說法是真是假，“那智”號上裝有黃金是真的。菲律賓總統馬科斯在70年代從其殘骸中撈出了大量黃金。1997年，一個日本電視攝製組拍下了這批黃金，其中包括1 800塊金磚。
運回日本本土的“山百合會”寶藏儲存在一些廢棄礦井中，還有一些藏在長野縣的群山裏。日本軍方曾驅使數萬名朝鮮勞工在那裏挖掘了巨大的地下工事群，準備在美軍登陸本土後將天皇、軍部和原子彈專家轉移到那裏進行最後的頑抗。這些勞工後來都被秘密殺害。但是，到1952年締結對日和約時為止，日本從戰爭中搶來的主要財富仍然藏在菲律賓。
藏匿於菲律賓的天皇寶藏
戰後發現的第一處日本藏金位於菲律賓的聖羅馬納。當日軍在菲律賓節節敗退時，菲律賓遊擊隊曾發現他們將大批沉重的箱子運到一個山洞中，然後用炸藥將出口封死。一名戰略情報局的少校當時和遊擊隊在一起，記住了藏寶地點。該特工在戰後重新打開了這個山洞，發現箱子中全是黃金。1945年到1948年之間，這批約重2 300噸的黃金被運到了美國。戰略情報局頭子威廉·多諾萬、其部下朗斯代爾、駐日軍事總督麥克阿瑟和以難民救濟特使身份訪問日本的前總統胡佛參與了該過程，後來的中情局局長艾倫·杜勒斯也知道此事。多諾萬和朗斯代爾負責處理這批黃金，他們沒有將其歸還給東南亞國家的受害者，而是將其分別存入了42個國家的176家銀行，其中瑞士聯合銀行日內瓦分行以朗斯代爾名義開的一個賬戶上有2 000噸黃金。戰略情報局解散後，這筆巨大的財富被中央情報局接收，成為其賬麵外資金，用於各種秘密活動，其使用和支配不受任何監督。中情局還通過向有影響力的實權人物分發黃金信用證（可憑該信用證去瑞士銀行直接提取黃金）的方法將他們和中情局綁在一起。
令人震驚的是，還有一部分“山百合會”黃金成為親日派美國人的私財，其中最大的賬戶是以麥克阿瑟的兒子阿瑟·麥克阿瑟的名義在蘇黎士的瑞士信貸銀行開設的。其他資料顯示胡佛在瑞士信貸銀行的私人賬戶上有7.5噸黃金。回顧一下美國政要在戰後和日本的勾結活動就可以弄清楚這些黃金從何而來。
寶藏與政治的交易
日本投降後，盟國除了懲治戰犯外還對其進行了一些戰後改造，例如廢除財閥、解散大企業、進行幣製改革、製定新憲法，以及讓日本進行戰爭賠償等等。但是該過程受到美國駐日軍事總督麥克阿瑟及其手下的阻撓，阻撓者還有前駐日大使約瑟夫·格魯和前總統胡佛。
格魯於1932年被任命為駐日大使，1943年通過日美外交人員交換回到美國，1945年曾任代理國務卿。他出身於波士頓的上層社會，妻子是海軍準將馬修·佩裏的曾孫女，母親則來自著名的卡博特家族。格魯家族與亞洲有長久的淵源，在19世紀時曾以銀行家的身份參與對華鴉片貿易。格魯在戰時就開始阻撓日本的民主化進程，他曾與日本駐瑞士大使進行秘密會談，承諾美國不會起訴裕仁天皇，並讓他保住皇位。該承諾完全違背了羅斯福和杜魯門政府要求日本無條件投降和懲戒戰犯的主張。