這時，李邦華看出了崇禎的想法，就極力鼓動崇禎，大意是：你真的不想走，那就死在這裏吧，可別讓太子也死了啊。要麼你和太子一起南下，要麼太子一個人南下。隻要保住太子，大明憑借半壁江山還有複興的可能。
但崇禎卻道：“諸位，我十五位祖宗辛苦終身，才有此天下，亂賊來我走，還有誰可以讓京城百姓與賊拚戰？況且，我走如何對得起宗廟社稷？如何對得起祖宗的陵墓？如何對得起京城百萬生靈？亂賊雖然猖狂，但我有祖宗保佑，還有諸位愛卿。如果真的不成，我寧願以身死社稷。”
見皇帝如此堅決，有大臣就提議，請太子監軍。崇禎笑道：“我經營天下十七年尚不濟，一個孩子能做得什麼事。”
他雖然說得這樣堅決，但仍舊把南遷事宜提到日程上來。先是命令天津方麵收集漕船，在直沽口待命。然後讓大學士陳演率百官固請南遷。
老奸巨滑的陳演不幹，他害怕到了南京後擔勸駕南遷的罪名。這個罪名絕對能讓他陳家斷子絕孫。
崇禎：此事要先生一擔。
陳演：這個……
崇禎：南遷。
陳演：這個……
崇禎：先生怕什麼？
陳演：這個……
崇禎：先生怎可在此危難關頭退縮？
陳演：臣無能，請求回家享晚年。
崇禎：朕要作，先生偏不作。
陳演：臣無能，罪當死。
崇禎（拍案）：你他媽的一死不足蔽辜。
此事不久，大臣李建泰上奏：“亂賊勢力越來越大，願奉太子南下。”崇禎就把這封奏書交給百官們看，大學士範景文等認為可行。但兵科給事中光時亨認為堅決不可，並斥南遷為邪說。又有大臣趁機道：“皇上應該守社稷。”
崇禎的腦袋“嗡”的一下，心想，我和這群混賬有什麼深仇大恨，居然要讓我守快要完蛋了的社稷。
但為了顧全皇帝的麵子，他卻擺出了自己從沒有想過要南遷的樣子來，顫聲道：“國君死社稷，我還能去哪裏？我意已絕，哪都不去，與京城共存亡。”
從這以後，沒有人再提到南下之事，也沒有人注意到，太子朱慈烺的命運就此定格了。要怪，就隻能怪他有這樣一個好麵子而又不肯承擔責任的父親。
皇太子案，疑點重重
朱慈烺死後，事情並沒有人們所想象的那樣人死燈滅。在崇禎十七年（1644年）十二月，南明鴻臚寺少卿高夢箕的奴仆穆虎從北方南下，途中遇到一位少年，因此結伴而行。晚上就寢時，穆虎發現少年內衣織有龍紋，驚問其身份，少年自稱是皇太子朱慈烺。
其時，朱由崧已經在南京建立弘光政權。得知此事後，便命令太監李繼周將太子接到南京。據說，太子在見到李繼周時曾問：“迎我進京，皇帝給我做嗎？”
李繼周搖頭，“此事如何哪是我等奴婢所能知曉的！”
順治二年，也就是公元1645年三月初一，太子來到南京，被交付錦衣衛馮可宗處看管。朱由崧派了兩個太監去辨認真偽。兩人一見到太子就抱頭大哭，還脫下了衣服給太子穿上。朱由崧知道後，大怒，跟兩個太監道：“真假未辨，你們就行見太子之禮，混賬！”
說完，將兩個太監拉了出去斬首，又將李繼周也殺了。然後，麵諭群臣道：“有一稚子言是先帝東宮，若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤，不令失所。”隨令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往審視。
原總督京營太監盧九德來到太子所居處，正視良久，不說一語。太子大怒，“盧九德，你見我怎不叩頭？”
盧九德不由自主地跪下叩頭，已經魂不附體。
太子罵道：“才一年不見，你居然肥胖如豬，可見在南京享福不淺啊。”
盧九德上下牙捉對似的廝打，又被太子罵了許久，才張皇而出。見到朱由崧後，回道：“有些相像，卻認不真。”
朱由崧陷入了沉思，老實說，他這個皇帝之位來得不易。如果太子是真的，按照祖宗成法，他必須要把皇位讓出去。雖然，南京百姓對他這個政權的所作所為已經痛不欲生，但就這樣把皇位讓出去，實在不情願。
當南京百姓知道了太子之事後，紛紛要求太子登基稱帝。明舊臣、處於長江中遊的左良玉在這個時候以保護太子的名義進逼南京；長江以北的黃得功、劉良佐等總兵也上疏要求朱由崧善待太子。危機一觸即發，朱由崧如同熱鍋上的螞蟻，坐立不安。
他準備再讓人辨認太子，而這一次的辨認卻是抱著某種目的去的。事實上，朱由崧政權的許多官員都在崇禎朝廷上任職，大多數人都遠遠地見到過太子朱慈烺。曾經擔任東宮講官的劉正宗、李景廉“皆言太子眉長於目”，他們看了偽太子之後都說“認不清”；朱由崧認為，這是大臣們對自己不滿，而刻意地不想認出太子來。