周奎初見太子外孫，非常驚訝，即時引長平公主來見，兄妹二人相持痛哭。周奎與其侄周繹待太子也非常客氣，行坐宴飲間均待之以君臣之禮。晚間，長平公主持一錦袍送給太子，囑咐他不要再來。兄妹依依惜別。
隔了幾日，忍耐不住的太子，再登周家門。負責接待的周繹戒囑太子說：“千萬別說自己是太子，有人問你，就說姓劉，說書為生，如此可以免禍。”太子皇家脾性，堅決不肯。周繹很生氣，就把這位表弟逐於門外。太子吵嚷，恰巧清兵巡邏隊經過，見事出可疑，就把太子與周繹一同送往刑部審問。
官府中堂之上，清朝一般是有滿漢兩名官員共審。漢官是刑部主事錢鳳覽，問明情由，怒從心起，撩衣下堂，衝周繹腦袋猛擊一拳，大罵他“背主負恩”。但事關重大，隻能下令收監再說。周奎急了，深知此事關涉自身性命，連夜奮筆疾書，具疏上表，直遞多爾袞，堅稱被逮的不是真太子。
多爾袞聽說崇禎太子落案，馬上廷勘，並召集昔日太子的錦衣衛扈從及明朝宗室晉王前來認人。十人一見太子，立即下跪敬拜，異口同聲說：“此真太子！”明藩宗室晉王卻支吾不語。
太子激憤，切齒道：“我來周家，隻為看望我公主妹妹。現為周奎叔侄出賣，無論真假，大概逃不出一個‘死’字，也不用再審，給我一刀就好！”
多爾袞明白堂上所立玉麵少年真的是崇禎太子，即令收監。錢鳳覽不知多爾袞陰毒，上疏道：“觀周奎疏中所言，他已明說是自己要大義滅親，以真為偽，為大清除害，請朝廷以仁義為重，認真對待此事。”
多爾袞卻自有主張，又在刑部會審，並讓明宗皇晉王和前明大學士謝升來當庭質認。
晉王一口咬定太子不是真太子，謝升也搖頭。太子高聲說：“謝先生，您在東宮給我講課，城陷前還給我講‘臨危授命’一題，您還記得嗎？”謝升大慚，一揖而退，仍舊默不作聲。錢鳳覽見狀憤恨，怒斥晉王與謝升不仁不義。
多爾袞把滿朝文武大臣（包括在北京降清的前明朝臣）都喚來，探究其意見。前明臣子們多人精，皆惟惟。隻有錢鳳覽與漢臣趙開心力爭崇禎太子為真，望清朝恩養。
多爾袞忽然拍案而起，怒道：“真假且不必爭，朝廷自有處分。但晉王乃前明王子，謝乃升前朝大臣，錢鳳覽出言不遜，無上蔑尊至極！偽太子及有關涉案人員，包括錢鳳覽、趙開心皆斬首示眾！”
最後，清廷認定崇禎太子是“偽太子”，而“證人”為崇禎妃子“袁妃”和晉王。晉王乃外藩，先前為清在山西所俘，本人根本沒有見過太子，讓他說啥就說啥。“袁妃”卻是假冒，真袁妃在北京城陷前已被崇禎帝親自砍死，清入京布告“禮葬”的明帝、後、妃子中就有她。多爾袞大概自己也已忘記，拿強權當真理了。
最終，不僅崇禎太子被殺，引他見周奎的宦官常進節及十名認他是太子的前明錦衣衛官兵皆一同被殺。
清軍入關，處死明太子
南明太子案的審理疑點重重，結案後引起各地官員和百姓一片嘩然。南明王朝本來根基就不穩，地方藩鎮將領手握重兵，對朝廷虎視眈眈。現在太子被判定為假太子，早對馬士英不滿的武漢藩鎮左良玉稱奉太子密詔率部救難，進攻南京，要殺馬士英。南明朝廷亂成了一團。清軍大舉南下，五月十日弘光帝出逃。十一日，南京百姓數百人砸開監獄，救出朱慈烺，給他披上演戲用的龍袍，擁他做皇帝。這個朱慈烺還真的進入皇宮做起了皇帝，接受臣民的朝賀，還向南京內外發號施令，很有那麼回事。可惜他隻在亂哄哄中做了五天皇帝，就被攻入南京的清軍抓住了。不久，逃亡的朱由淞也被抓住，押回南京與朱慈烺“團聚”，兩人一起在北京被處死。
這一南一北、最初的兩個“太子案”都以認定當事人為“假太子”結案。但是兩個案子都沒有嚴密的審理過程和讓局外人信得過的證據，留下了許多疑問。民間紛紛傳說朱慈烺藏在民間，衍生出了在粵東嘉應州（今廣東梅縣）陰那山出家為僧、歸隱四川的傳說。隨著時間的推移，清朝的統治越來越鞏固。太子朱慈烺、永王朱慈炯、定王朱慈炤三人的年紀越來越大，對清朝的威脅也在減弱。盡管如此，在反清勢力心目中，明朝皇子始終具有強大的政治號召力。“朱三太子”名號就在此時出現。順治八年，有人冒稱是崇禎第三子造反；康熙十二年，北京人楊起隆自稱是朱三太子在皇城根下造反；三藩叛亂時，福建人蔡寅自稱朱三太子，勾結台灣鄭經造反；康熙四十年以後，江蘇太倉、浙江大嵐山等處的反清力量都以擁立朱三太子為旗號造反。在所有以“朱三太子”名義發動的起義中，對清朝造成最大威脅的是楊起隆起義。楊起隆長在皇城根下，深諳政治，明白“朱三太子”四個字的政治價值。於是他自稱是崇禎第三子，在北京的胡同裏做起了皇帝，封官許願，還勾結紫禁城的太監定在1673年12月23日晚上放火殺進皇宮，複辟明朝。可惜叛徒告密，楊起隆在混戰中衝出重圍，不知所終。康熙十九年（公元1680年），清朝曾在漢中抓到一名自稱“朱三太子”的楊起隆。經審問，此楊起隆非彼楊起隆。