明確了天子代臣理庶務、將大小權力全部攬到手中的態度。奏折製度取消中間環節，提高行政效率，成為雍正推行革新大政的有力工具。諸如“耗羨歸公”、“攤丁入地”、“改土歸流”等被雍正稱為“機密緊要之事”，通過“無不立達”的奏折和朱批諭旨，往複討論，迅速決定，雷厲風行地予以推行；並繼續以“無不立達”的奏折和朱批諭旨指導和監督其實施。奏折製度令各級官員彼此監督、互相告密，成為雍正控製官員的有效手段。
一方麵，奏折製度把官員秘密言事或者說充當特務，變為其本職工作的一部分，迫使他們彼此各存戒心，不敢放膽妄為，迫使他們對雍正更存畏懼之心，俯首為奴；另一方麵，奏折製度使雍正可多方了解、掌握臣下的思想、心術乃至隱衷，由於密折具有高度機密性，其內容隻有皇帝和上奏折之人知道，故雍正可以充分利用密折，或多方籠絡、予以鼓勵和教誨；或挑撥離間，予以孤立打擊，從而在更大程度上操縱、控製各級官員。雍正通過密折朱批，對群臣極盡籠絡之能事。
如對寵臣鄂爾泰朱批道：“默祝上蒼厚土、聖祖神明，令我鄂爾泰多福多壽多男子，平安如意。”
“朕實含淚觀之。卿實可為朕之知己，卿若見不透，信不及，亦不能如此行，亦不敢如此行頁。朕實嘉悅而慶幸焉。”
對寵臣田文鏡朱批道：“卿之是即朕之是，卿之非即朕之非，其間有何區別？”對其他官員也透著親近。
如在湖廣嶽常道楊晏奏折上朱批：“是何言歟為？如何教朕料理起你家務來了，如此撒嬌兒使不得，你弟兄們共商量速完結好，可惜你們功名與朕恩典。”在山東登州總兵官黃元驥奏折上朱批：“知道了，你去年來少覺有點老景，打起精神來做官，若以年老廢弛，使不得。”
在宣化總兵官李如柏奏折上朱批：“朕安，聞你吃酒任性，若如此，大負朕恩，自暴自棄矣，當惜自身，可惜下半世功名人品。”雍正通過密折朱批，對群臣挑撥離間，分化瓦解。如他欲興年、隆獄之初，雍正二年十一月，在湖南巡撫王朝恩奏折中朱批：“即隆科多、年羹堯亦不能致汝禍福也，二人就曾在朕前奏汝不可用。”
雍正二年十二月，在河道總督齊蘇勒奏折中朱批：“隆科多止論爾操守平常，而年羹堯前歲數奏你不能料理河務。”雍正三年二月在雲貴總督高其倬奏折中朱批：年羹堯曾“奏你不稱雲貴總督之職”，“若有與你作梗為難，隻管密以奏聞”。雍正通過密折朱批，對群臣不稱旨之舉，冷嘲熱諷，濫發天威，嚴責痛斥，不留餘地。
如在廣州左翼副都統吳如澤奏折上朱批：“胡說，看你有些瘋癲。”在甘肅巡撫石文焯奏折上朱批：“無恥之極，難為你如何下筆書此一折。”
在陝西巡撫西琳奏折上朱批：“汝捫心自問，何為立於天地間也，滿洲大臣官員之不廉無恥見小之愚風，再不能改革，朕實不解。朕聞此奏各處訪問，你雖無大貪之處，小取挾私之事，不可枚舉。總言福量淺薄，擔荷不起朕恩，滿洲為麵著汝等畜類不如，良心喪盡之人壞盡矣！”雍正朱批禦旨常常出現“混賬”、“糊塗”、“狗彘”、“惡種”、“愚頑”、“卑鄙”、“濫小人”、“厚顏無恥”、“可笑之極”、“豈有此理”、“庸愚下流”、“草率孟浪”、“不是東西”、“禽獸木石”、“朽木糞土”等汙言穢語。雍正常勉勵大小官員：“為人隻要清晨出門時抬頭望天，至晚歸寢時以手捫心，自得為人之道矣。”
天，即是天子，即是雍正，雍正極具威懾力地要求大小官員每一件事，都要抬頭看天，捫心自問，是不是忠於雍正。在這樣險境叢生、禍福莫卜的環境中，大小官員誠惶誠恐、人人自危，紛紛以謹慎自勵、以雍正奴才自居，不敢錯言一句話，錯行一步路。雍正七年，在平定準噶爾策旺阿拉布坦之役中，雍正更設立了軍機處（按：原名“軍機房”，後改名“辦理軍機處”簡稱“軍機處”）。
軍機處設軍機大臣（按：正式稱呼是“軍機處大臣上行走”，“軍機大臣上學習行走”，統稱“辦理軍機大臣”，簡稱“軍機大臣”），無定員，由雍正從大學士、尚書、侍郎等官員中特旨選任。另設軍機章京，無定員，由雍正從內閣、翰林院、六部、理藩院、議政處等衙門官員中揀任。軍機處隻有值房，沒有正式衙門，因此人說軍機處“無公署，無專官”。
軍機處職掌機要，軍機大臣常侍皇帝左右，以備顧問諮詢、參與軍國大政的議論、麵聆並按皇帝旨意撰擬機要文書。清代皇帝的詔令有“旨”、“敕”、“明發上諭”、“寄信上諭”數種。其中“旨”是批答朝內外官員題本的文書，“敕”是頒發各地駐防將軍、總督、巡撫、學政、提督、總兵官、榷稅使的文書。這兩種文書均由內閣草擬，經內閣發六科抄出，宣示有關衙門和人員。“明發上諭”是宣布皇帝巡幸、謁陵、經筵、慶典、蠲賑、戰爭以及官員黜陟調補諸事的諭旨，也由內閣傳抄發送。