袁世凱說：滿洲外的要求，我盡量全數駁回。滿洲內的要求，多少答應幾點，而這幾點縱答應了，我有辦法要他等於不答應。不但如此，我還要殺他個回馬槍！……購地租地，我叫他一寸地都買不到手；雜居，我叫他一走出附屬地，就遇到生命危險；至於警察顧問用日本人，我用雖用他，每月給他幾個錢罷了，至於顧不顧，問不問，權卻在我。
我看用行政手段可以破壞條約，用法律破壞不了的其他各條，我都有破壞之法。袁世凱一老秘書不以為然，認為“既然簽訂了條約，就應該重視履行，明知不行，而虛與委蛇，表麵允其所要求，暗中卻加以破壞，必為禍根。本應推誠布公，向日本明言不能應允的原因。
如果對方不聽，縱以兵戎相見，彼曲我直，勝敗之數，尚不可知，而我理直氣壯，雖敗猶榮。我的意思本應堅持不允。今既允矣，成事不說，壯士斷腕，聽客所為。白山黑水，暫同棄地，痛定思痛，在關內勵精圖治，待機而動，收複故土，似亦一策”。袁世凱以為書生之見，嗤之以鼻，說：“推誠布公果能成事，世界早太平了。”
據載：針對“二十一條”中“日本人可在南滿買地”的條款，袁世凱秘密製定了一個《懲治國賊條例》：凡未經政府許可，私賣田土與外國人者以國賊論，殺無赦。這條例未見頒布，但東北軍界及民間皆傳言確有此不成文法。當時，東北的張作霖不過兵千人，槍千餘支。“二十一條”簽訂後，袁世凱派段芝貴密赴奉天數次，籠絡張作霖抗日獲得成功。此後張作霖勢力陡增，公開宣稱：有我在，日本人不敢走出附屬地，東北一寸土地也到不了日本人手中。
後來，日本人說：“我們日本人在東北，被囚禁於附屬地界內，一步不敢出附屬地。”至於向中國人購地、租地，更談不上。日本受中國各機關聘雇人員說：“我等名為顧問，其實絕無人顧，絕無人問。”日本首相寺內正毅也曾說：“大隈（前任日本首相）內閣向中國要求二十一條，惹中國人全體之怨恨，而日本卻無實在利益。”言之鑿鑿、流傳至今，長期以來被人們普遍接受的說法是：袁世凱之所以與日本簽訂“二十一條”，是因為他與日本人有密約，以換取日本支持他稱帝。這其實沒有史實上的根據。
即使寫《袁世凱傳》痛罵袁世凱的陶菊隱也在這一點上為袁世凱辯誣說：外界傳說他與日本人訂立“二十一條”另有密約，實在是沒有這回事情。陶菊隱在《袁世凱傳》中寫到，袁世凱被迫在“二十一條”上簽字後，好多天神誌不寧。他讓丁佛言撰寫了一本書，叫《中日交涉失敗史》，印刷了五萬冊，密存山東模範監獄中。他經常對左右說：“句踐不忘會稽之恥，最後終於打敗了吳國；那些咄咄逼人的人終有肉袒牽羊之一日，到那時，此書就可以問世啦。”
袁世凱又在一次“百僚大會”上發表有關此事的密諭，如下：
國事粗定，歐戰發生，關係於均勢者甚大。日本利歐戰列強之相持，乘中國新邦之初建，不顧公法，破壞我山東之中立。軍隊所至，四境騷然。
官吏見侮之橫，居民被禍之慘，筆不能罄，耳不忍聞。中國受茲痛苦，方以退兵為抗議，彼不之省，又提出酷烈要求之條款，其中最為難堪者，曰切實保全中國領土；曰各項要政聘用日人為有力顧問；曰必要地方合辦警察；曰軍械定數向日本來買，並合辦械廠，用其工料。此四者直以亡韓視我！如允其一，國即不國，牛馬奴隸，萬劫不複。予見此四條，曾向在京文武重要各員，誓以予一息尚存，決不承諾；即不幸交涉決裂，予但有一槍一彈，亦斷無聽從之理。