討論完軍製後，又討論了起義計劃。最後確定，5月28日由徐錫麟在安慶刺殺巡撫開始起義。浙江軍事則由秋瑾負責。紹興起義後，金華、處州等地立即響應。計劃訂好後，秋瑾十分高興。想到自己的理想快要實現，她情不自禁地抽出倭刀，一邊舞刀，一邊說：“寶刀、寶刀，用你報仇雪恥的日子快到啦！”
離起義的日子越來越近了。清政府的密探對起義的計劃有所覺察。因此，官府派出人員，對浙江的水陸要道以及旅店、茶館等進行搜查。天還沒黑，縣城就閉門。在這種情況下，秋瑾的計劃受到很大的阻礙，不僅軍火運輸不便，相互聯絡也很困難。由於準備工作來不及，不得不將起義日期推遲到6月初十。
但是，離這個日子也隻有lo天了，秋瑾心中焦急萬分。正在這時，女仆送上當天的報紙，秋瑾打開一看，頭一條消息就是：“逆黨徐錫麟在安慶刺傷巡撫恩銘，徐逆當日被擒。”秋瑾看了，猶如晴天霹靂，頓時倒在床上，淚流滿麵。
忠誠的同誌被捕了，起義的計劃失敗了，現在該怎麼辦呢？秋瑾畢竟是個堅強的女子，她忍住悲痛，站起身來，用拳猛擊桌子，一字一字地說：“革命未成死不休，得拚下去！”
安慶起義的失敗，導致整個起義計劃打亂。秋瑾也清醒地估計到，清政府在鎮壓安慶起義的同時，一定會同時來鎮壓浙江的起義。因此必須趕快做好準備，應付即將到來的事變。
6月初三，秋瑾把大通學校內的革命黨人召集起來，舉行了一次秘密會議。她首先提醒大家，安慶起義失敗後，清政府肯定要到浙江來進行鎮壓，然後說到：“今天，革命已到了緊急關頭。我們平時都說要為革命犧牲，現在是接受考驗的時候了。我們不怕犧牲，但也不能白白犧牲，而要想出一些辦法來！”
在討論中，有的主張先暴動攻占紹興府。但秋瑾認為，事先和各地約好6月初十起義，現在通知改變計劃，已經來不及了。如果紹興首先發難，各地配合不上，紹興還是失敗，各地也要受累。商量到最後，大家還是決定按原計劃在初十起義。
第二天早晨，有個披著蓑衣的漁翁模樣的人來見秋瑾。見麵後，那人取下胡須，原來是王金發。王金發報告說，金華、蘭溪、處州等地也已起義，並且都失敗了。他認為，現在必須掩護革命力量撤退，並勸告秋瑾說：“留得青山在，不怕沒柴燒。你不能在這危險地方留下去！”
秋瑾聽了不說話。王金發見她不作聲，又說：“我聽說，清軍已從杭州出發來紹興，眼看快到了。你趕快離開吧！”
“大局是不能挽回的了，”秋瑾考慮了一下後說，“不過，我不能離開此地。這裏學生不少，這樣多的人一行動，敵人就會發現，反而來包圍我們；就是衝出去，也會在途中被抓。如果我一個人走，那樣太對不起革命事業，太對不起同誌們了。我決定留在這裏和敵人拚。革命是要流血的。沒有鮮血，就挽救不了民族危亡！”
不等王金發回答，秋瑾就站起來，握住他的手說：“情勢太急迫了，你不能在此久留。有一些東西就托你帶走吧！希望你再接再厲，重新，組織失散的同誌，再努力地幹下去！”說完，她打開抽屜，把黨人名冊、光複軍製、旗子、圖章、文件和信件等交給王金發，並催他快走。
初四下午，清軍果然包圍了大通學校。秋瑾急忙下令緊閉校門，進行抵抗。學生們打死打傷了幾十個清軍士兵。有2名學生當場犧牲，一部分學生則從後門衝了出去。
戰鬥近一小時後，清兵終於攻進了校內。秋瑾手握左輪手槍進行戰鬥時，清兵擁上來將她抓住。
清政府加給秋瑾的罪名是“謀反朝廷”。浙江巡撫打來電報，要紹興知府親自審訊，還要他“窮追黨羽，一網打盡”。
當晚6點，貴福升堂審訊，秋瑾被帶到大堂上後，貴福問她年齡、籍貫，她一概不作回答，貴福又問：“你們革命黨人有多少？叫什麼名字？”秋瑾還是不回答。
“你在演說稿中一律稱本朝為‘滿賊’，叛逆證據確鑿，還有什麼可以狡辯的？”
該雜誌發表了《神州女界新偉人秋瑾傳》“你們已經知道我是革命黨，何必多問？”秋瑾這時才冷冷地回答道。“浙江革命黨就是我秋瑾一人，其餘的事，我全不知道！”
貴福忽然改變了口氣，說：“你平時朋友很多，他們來來往往，究竟在幹些什麼？”
“朋友確是不少，其中之一就是你！”秋瑾冷笑了一下，繼續說。“你到我學校來開過會，拍過照，究竟幹些什麼？你應該知道！”
《中國女報》在國內出版的一份有重要影響的革命婦女報紙，但壽命很短，大約隻出了2期。其名義上由陳伯平主編，而實際負責主編的是女革命家秋瑾。秋瑾也是這份刊物的主要撰稿人，她為之撰寫了《敬告姊妹們》、《勉女權歌》、《感憤》、《感時》、《精衛石》等政論和文學作品。其中《精衛石》是一長篇章回體彈詞，《中國女報》未能刊載完。《勉女權歌》則是一首歌詞性質的作品，其中寫道：“吾輩愛自由，勉勵自由一杯酒。男女平權天賦就，豈甘居隊後？願憤然自拔，一洗從前羞恥垢。若安阼同儔，恢複江山勞素手”。鼓勵婦女將爭自由、爭平等與革命救國結合起來。雖然僅10了2期，可在當時卻是不同凡響。