其後，蔣經國根據其父意見又草擬了《重整革命之初步組織的意見書》，蔣介石閱後認為可以采用。後來，蔣介石又問蔣經國：“組織如何策進?”蔣經國當時答不出，“內心非常惶恐”。鑒於失敗的教訓，蔣介石當時最關注幹部選拔與訓練問題。他認為幹部選拔應采取並力行唐代取士辦法，即先以身、言、書、判為選拔標準，後以德、才、業三者為任用依據。體格魁偉為身，語言清晰為言，筆法秀美為書，文理密察為判。蔣氏父子皆認為：以此取士，自可達到“天下為公”的境界。
4月15日，是蔣經國40歲生日。他早早起床拜祖，6時赴慈庵侍父作禱告、禮拜報恩。蔣介石為蔣經國題“寓理帥氣”4字匾額，附跋，文日：
“每日晚課，默誦孟子‘養氣’章。15年來，未嚐或間，自覺於此略有領悟。又常玩索存心養性之性’字，自得四旬日：‘無聲無息，惟虛微，至善至中，寓理帥氣’為之自箴；而以寓理之‘寓’氣，體認深切，引為自快；但未取示人。今以經兒四十生辰，特書此‘寓理帥氣’以代私祝，並期其能切己體察，卓然自強，而不負所望耳。”
查“帥氣”，語出《孟子·公孫醜(上)》：“失誌，氣之帥也。”意思是：應當立誌做一個有作為的人。那麼“寓裏”又是什麼意思呢?寓者，寄托也；裏者，內也。就是說，要將誌氣寄藏於內不露於外。
對於父親教誨，蔣經國謹記在心，並在日記中寫道：
“凡此所言，希望於我愈深，亦鞭策於我愈力，此後修養治事，定以此為準繩。孔子日：‘四十而不惑。’我已至不惑之年，一事無成，且常感情用事，不能‘持誌養氣’，細想起來，真是慚愧萬分。”
正當父子二人密議統治權術之際，中國人民解放軍在國共談判破裂後揮師南下，4月23日占領國民政府首都南京。國民黨軍兵敗如山倒，浙東地區已有人民解放軍在活動。蔣氏父子害怕家人成為共產黨的俘虜，遂將妻兒送至台灣暫住，以免後顧之憂。
蔣家妻兒飛離溪口後，父子二人甚感淒涼。蔣經國奉父命令部下準備好船隻，隨時準備撤離溪口。蔣經國當時問其父去什麼地方，蔣介石未予回答。奉命報到的是“太康”號軍艦，艦長黎玉璽問蔣經國此行目的地點何在?蔣答：“我也不知道，不過以這次取道水路看來，目的不外兩個地方：一是基隆，一是廈門。”
4月25日，是蔣氏父子在故裏的最後一天。上午，蔣經國陪父親辭別先祖母墓，再走上飛鳳山頂，極目四望，溪山無語，“雖未流淚，但悲痛之情，難以言宣”。蔣經國在當日日記中寫道：
“本想再到豐鎬房探視一次，而心又有所不忍；又想向鄉間父 老辭行，心更有所不忍，蓋看了他們，又無法攜其同走，徒增依依之 戀耳。終於不告而別。天氣陰沉，益增傷痛。大好河山，幾至無立 錐之地!且溪口為祖宗廬墓所在，今一旦拋別，其沉痛之心情，更 非筆墨所能形容於萬一，誰為為之，孰令至之?一息尚存，誓必重 回故土。”
下午3時，蔣氏父子拜別祖堂，離開故裏，乘車至方門附近海 邊，再步行至象山口岸登艦。幾分鍾後，軍艦鳴長笛駛向了波濤洶 湧的大海。
普陀雲水堂
當軍艦啟錨後，蔣介石才說到上海去，蔣經國聽後立即勸阻其 父不能去上海，因為人民解放軍已經渡過長江，正對上海形成包圍 之勢，“此時到上海去，簡直是重大冒險”。蔣經國的勸說未能奏 效，蔣介石執意去上海目的有二：一是不甘心自己的失敗，到反共 前線去繼續鼓吹保衛大上海，爭取英美支持；二是督促盜運各種物 資，包括最後一批儲備黃金。
26日下午1時，軍艦抵達上海黃浦江的複興島。當天，蔣介 石先後麵見了國防部長徐永昌、參謀總長顧祝同、空軍總司令周至 柔、海軍總司令桂永清、保密局長毛人鳳、參謀次長郭寄嶠、上海市 政務主任穀正綱、上海市長陳良、京滬杭警備總司令湯恩伯、上海 防衛總司令石覺、上海警備司令陳大慶等人，部署防衛。經蔣介石 審查批準：以3800個主碉堡、10000多座掩體碉堡為主體，由電 網、戰壕相連組成上海防衛體係。蔣經國稱上海防禦為“東方的斯 大林格勒”、“東方的馬其諾防線”。為給反共戰爭打氣，蔣介石乃以國民黨總裁身份發表了《和平絕望奮鬥到底》的講話，宣稱：