其一，台灣當局不合情理的僵硬立場與強硬態度和做法，引起了台灣社會各界的不滿。台灣的一些“立法委員”紛紛質詢台灣當局，要求改變“三不政策”，采取靈活措施，解決貨機問題。台灣學者要求當局“態度不要那麼強硬”，應安排華航與中航在香港談判。台灣媒體紛紛發表文章，說王錫爵“冒險投父盡孝”，暴露了台灣當局“三不政策”阻礙兩岸民眾“實行孝道”，“勢必日益造成有形無形的反抗，隨時都會有可能突發意外的變故”。
其二，台灣黨外勢力乘海峽兩岸在華航貨機事件上陷入僵局之際，欲打“中共牌”，私下醞釀組織民間代表團前往北京交涉歸還華航人機的計劃。此舉令台灣當局深感不安。
其三，美國方麵對此事件表示了極大的“關注”。事件發生後，美國方麵相當重視兩岸的反應。台灣方麵不時暗示美國方麵不要介入此事件。但多種跡象表明：美國正通過有關管道影響英國，要英國多方麵支持、協助兩岸談判。當台灣當局得知此訊息後相當震驚，擔心美國介入此事會對中共有利，而使台灣更被動。
其四，大陸有理有節的處事態度迫使台灣當局最終作出由華航出麵談判的決定。
據香港《信報》載：“台北突然改變對北京的頑固立場，幾乎在一夜之間變得更合理，相信隻有蔣經國才有正確的答案。”另據香港《快報》載：華航一位高級職員向該報透露，蔣經國參與了華航與中航談判的“策劃工作”，包括細微部分。香港《中報》也說：蔣之所以決定同中航進行談判，主要是由於他發現拖下去對台灣當局非常不利。“第一，王錫爵‘投奔親情’，早已動搖了‘國府’的心防，如果再由中共將人機送回，台灣人民會對中共更增好感，對‘國府’更增惡感。第二，‘三通’的問題早晚必須解決，1997年後華航要在香港續飛，必與中共民航局談判，與其拖到那時情況更難預測，不如利用島內外一致讚成‘三通’的熱潮，趁機予以突破。第三，談判可以順便解決‘國府’內部權力鬥爭及蔣經國個人的評價問題。”
蔣經國作出決定之後，中航與華航通過香港國泰航空公司商定：於5月17日在香港舉行商談。中航派出的代表是民航局香港辦事處經理張瑞普、民航局國際司副司長盧瑞齡及民航局北京管理局總工程師劉遠藩。華航派出的代表是華航香港分公司經理鍾費榮、副經理陳勳偉及華航總公司企劃處長陳思錦。從17日至20日，雙方經商談，全部達成協議，簽署了會談紀要與說明交接程序及有關事宜的附件。整個商談氣氛融洽，華航方麵認為“氣氛還可以”。在第一次會談中，中航代表就明確指出：“對具體細節有不同意見是自然的事情，但相信我們兄弟之間沒有不可解決的問題。”最後雙方簽署的會談紀要如下：
1986年5月3日，中華航空公司B198號波音747貨機由曼穀飛往香港途中在廣州白雲機場降落。中國民航說明，對機上3名機組人員按照他們各自的意願作出了妥善安排，並對該機采取了必要的保護措施，對機上貨物盡可能作了妥善保管。
1986年5月17日至20日，中國民航代表和中華航空公司代表在香港就交接上述貨機、機組人員和貨物的事宜進行了業務性商談，並達成了協議。根據中華航空公司的要求，中國民航同意於5月24日以前在香港具體辦理上述飛機、2名機組人員董光興、邱明誌和貨物的交接手續。該飛機在香港著陸後，由雙方參加會談的代表各3人及記錄各1人在機上立即辦理交接手續、簽署交接書，飛機著陸後有關地麵安全保障事宜由中華航空公司負責解決。
會談紀要簽署後，中國民航局代表張瑞普對記者發表談話稱：
“這次商談為海峽兩岸同胞所共同關注。我們很高興，我們雙方沒有辜負他們的期望。這次商談，雙方完全處於平等地位，互相尊重，互相諒解，在融洽友好的氣氛中，終於取得了圓滿的結果。事實證明，我們同胞兄弟之間的確是沒有不可解決的問題。”
5月23日，雙方代表在香港啟德機場順利完成了貨機、兩名機員及貨物交接手續。雙方簽署交接書後，中航向華航遞交了3份材料：兩名機組人員的健康證明書；貨機上的貨物清單；飛機維護工作清單。至此，華航貨機事件全部處理完畢。
中航與華航談判的圓滿成功，在島內外引起的反響比事件本身發生更為強烈。美國《華盛頓郵報》將此事件商談成功列為頭條國際新聞；《紐約時報》也以半版篇幅發表報道與評論。美國輿論普遍認為：兩航談判是國共兩黨的“首次正式接觸”，“首次直接會談”。日本《東京新聞》發表評論稱：此次事件是台灣海峽兩岸關係“一舉向前發展的劃時代事件”。泰國《中華日報》則稱：兩航談判成功，“為今後解決類似非政治性問題創下了先例”，“將成為大陸和台灣尋求和解過程中的裏程碑而載入史冊”。也有外電稱兩航能夠坐下來談判，一方麵表明蔣經國“三不政策”的破產，另一方麵也表明中共“對台工作取得巨大進展”，是“北京宣傳上的一大勝利”。