台灣專家學者也紛紛發表談話，認為此事有突破性意義，當局不應禁止，而應樂觀其成。
台灣當局一再堅持其頑固立場，力主嚴究《自立晚報》有關人員的責任。9月24日，“新聞局”重申“依法處理”《自立晚報》事件的立場。9月27日，當李永得、徐璐抵台北當日，“新聞局”就發布了處罰《自立晚報》的聲明，處理決定共三項：
(1)由於《自立晚報》及其記者以不實之文書蒙騙本局申請出台；被發現後複拒絕本局取消前往大陸采訪之要求，違反“大眾傳播事業派遣從業人員申請出國審核辦法”第十五條(第十五條規定：大眾傳播事業派遣“出國”及從業人員，在“國外”活動與原申請事由不符時，原派遣事業應遵照主管機關之通知負責促其依限“歸國”。“出國”人員未依限“歸國”前，主管機關得視實際情形限製該事業再派遣其人員“出國”)，及第十六條“大眾傳播事業及‘出國’人員之申請條件如記載不實、偽造或有前條情事者，除‘依法’辦理外，本局決定於2年內停止受理該報及其人員‘出國’之申請”。
(2)依“國安法”第三條第二項第二款及施行細則第十三條第四款規定，對曾經前往“淪陷區”而“有事實足證認為有妨害‘國家’安全或社會之重大嫌疑者”，得不予許可其再出境，故本局將本案亦移請“內政部入出境管理局”“依法”處理《自立晚報》涉案人員日後出境事宜。
(3)《自立晚報》社社長吳豐山、記者李永得與徐璐均有觸犯“刑法”第二一四條之罪嫌，本局決定將全案有關人員移請台北地方法院檢察處偵辦。
“新聞局”的舉措招致台灣社會各界反彈，“立委”黃澤清、王義雄、劉興善於28日提出呼籲，肯定李、徐的大陸行，並要求當局“采前瞻性做法”。30日，民進黨“立委黨團”聯名向“行政院”提出緊急質詢，要求“新聞局”撤銷對《自立晚報》的行政處分。此案直鬧到翌年3月24日，台灣地方法院宣判吳豐山、李永得兩人無罪，“新聞局”隻好表示“尊重司法審判權的獨立”，對於此一判決“自應尊重”。至此，《自立晚報》派記者赴大陸采訪引發的案件才宣告終結。盡管台灣當局聲色嚴厲地宣稱查處《自立晚報》案，但他不得不承認此事件對台灣社會所造成的震撼及對開放台灣民眾赴大陸探親的影響。就在李永得、徐璐飛赴祖國大陸一月之際，作為台灣的大家長蔣經國終於開啟了返鄉探親的閘門，使海峽兩岸關係有了曆史性的突破。
其四，“台獨”勢力猖獗與美國的壓力也迫使蔣經國調整其“大陸政策”。
蔣經國宣布解除“戒嚴”與開放“黨禁”的構想是企圖緩和台灣社會內部矛盾。但在事實上此舉卻為黨外勢力中的“台獨”分子鼓吹“自決”提供了可乘之機。他們要求全麵改造“民意機構”代表，同國民黨爭奪台灣前途的主控權。“台獨”猖獗成為台灣現時最不安定的因素。基於上述形勢，蔣經國決定開放台灣民眾赴大陸探親，通過兩岸交往，以淡化台灣意識，增強“中國意識”，遏製“台獨”勢力的發展。
蔣經國修訂“大陸政策”也有來自島外特別是美國方麵的壓力。近年來，國際社會對中共和平統一方針普遍表示讚譽。相反，對台灣僵硬的“三不政策”表示了反感與不滿。許多國家與地區出於自身利益，都不希望台灣海峽局勢動蕩而影響這一地區的穩定，他們要求蔣經國與大陸對話。特別是美國，害怕台灣問題影響中美關係，妨礙其全球戰略利益。在處理兩岸關係的態度上，也開始出現某些變化，間接或直接地促進台灣當局調整“大陸政策”，緩和兩岸關係。1987年3—4月，美國國務卿舒爾茨和助理國務卿西古爾又分別在上海和舊金山重申美國堅持“一個中國”的立場，表示“支持台灣問題和平解決”的過程，歡迎兩岸開展“包括間接貿易和日益頻繁的人員交流”，以“有助於緩和台灣海峽的緊張局勢”。
舒爾茨與西古爾的講話，頗令台灣當局驚慌，認為此話透露出美國對兩岸統一問題由不介入的袖手政策轉為樂觀其成的意向。台灣《民眾日報》稱舒爾茨之言“弦外有音”，“不可掉以輕心”。《大眾晚報》刊文稱：舒爾茨“措詞頗不尋常”，“對於中國統一問題，采用比以往更積極暖昧的字眼，使得原本按部就班的台美實質關係一度陷人緊張”。《中國時報》則認為：西古爾強調，美國對於如何解決台灣問題，並無“任何特殊的觀點”。“綜觀演說內容，可以看出解決台灣問題被列為美國政策中最低的優先次序，經濟關係，尤其是支持中國大陸的現代化，居於最優地位。’’台灣當局令其駐美代表錢複就此事展開調查，當確定“一個中國與和平解決台灣問題”仍是美國政府的政策立場後，台灣“外交部長”朱撫鬆在“立法院”澄清舒爾茨講話帶來的影響說：美國與台灣之間的“實質關係沒有任何改變，美國對海峽兩岸的中國統一問題仍采取不介人、不幹預、不施用壓力的態度”。