蔣經國病逝後，李登輝繼任“總統”和國民黨中央代主席職，自此台灣政治轉型期進入了一個新的階段。在李登輝執政的時間裏，台灣政局發生了前所未有的變化：國民黨政權加速向多元化、本土化、年輕化方向發展；黨內派係紛爭激烈；以民進黨為首的勢力迅速崛起起，“台獨”勢力猖獗，“統”、“獨”之爭日趨白熱化。民進黨奪取台灣地方政權，國民黨再度丟失政權。上述諸種變化，均與李登輝上台後所推行的內外政策密切相關。
李登輝全麵背叛
李登輝是靠蔣經國的提拔而登上台灣政治舞台的。1984年蔣經國之所以將李登輝選為自己的副手，除了化解省籍矛盾之外，主要是當時認為李沒有太大的政治野心，李多次表白他的最大願望是當個牧師，後來事實證明這不過是李的韜晦之計。也有人說是蔣經國看李看走了眼。蔣經國病逝之際，李之所以能夠順利接班，黨、政、軍、特大權集於一身，其重要原因是李在關鍵時刻，一方麵向國民黨元老執弟子禮，一方麵往蔣經國靈堂跑，信誓旦旦，要繼承蔣經國遺誌；另一方麵拉攏李煥等開明派，策動少壯派寫推戴書，從而使他在剛剛登上“總統”寶座之後，又抓到了黨魁的桂冠。國民黨十三大上，蔣經國屍骨未寒，李登輝便極力排擠蔣家勢力，使宋美齡節節敗退，蔣緯國權力受阻，蔣孝武被迫放棄中央委員竟選。其後，在打著貫徹蔣經國“革新”路線的旗號下，不斷消除反對派，安插親信，並在內外政策上進行修訂、調整。可以這樣說，在李登輝執政的12年時間裏，他所推行的內外政策，已經全麵背叛了蔣經國的路線，與“台獨”勢力同流合汙，最終邁上了“台獨”之路。國務院台辦新聞辦於2000年2月21日發表的《一個中國的原則與台灣問題》白皮書，認為李登輝“已經成為台灣分裂勢力的總代表，是台灣海峽安定局麵的破壞者，是中美關係發展的絆腳石，也是亞太地區和平與穩定的麻煩製造者”。李登輝的分裂行徑，一方麵加劇台灣社會的動蕩局麵，另一方麵給祖國統一增加新的變數。
具體說來：
其一．在祖國統一與“大陸政策”上，李登輝已經徹底背叛了蔣經國的“一個中國”立場，公開鼓吹“兩國論”，製造分裂。
在李登輝繼“統”之初，他口頭上還是承認“一個中國”原則，對發展兩岸關係還曾起到過一定作用。例如他在1988年2月首次答記者問時，明確表示：“隻有一個中國，我們必須統一。”在他1990年5月20日正式就任“行憲”以來第八屆“總統”後的就職演說中稱：“台灣與大陸是中國不可分割的領土，所有中國人同為血脈相連的同胞”，“中國的統一與富強是所有中國人的共同期盼”。他還在多次講話中強調：“我是台灣人，但也是中國人。”與此同時，在李登輝籌劃下，以新的觀念來處理兩岸關係，進一步放寬了對兩岸交往的限製，采取了較蔣經國時期更為主動的措施。他還在國民黨中常會和“行政院”設立的“大陸工作指導小組”和“大陸工作會報”機構之上，設立了“國家統一委員會”和“大陸委員會”，還以民間財團法人形式成立了“海峽交流基金會”。1991年6月。國民黨中央又對“大陸工作指導小組”進行改組，使黨政趨於一體。另一方麵，在政策上，通過了由李登輝親自核定的“國家統一綱領”，確立兩岸交往的近、中、遠程階段性目標，作為處理兩岸關係的最高指導原則，使其“大陸政策”進一步明朗化、係統化。同年5月，李登輝還宣布終止“動員戡亂時期”，廢止“臨時條款”。但在另一方麵，李登輝又公開背離蔣經國的“一個中國”原則立場，製造種種分裂活動。關於此點，從下列事實中得到說明：
早在1990年5月，李登輝在回答“立法委員”質詢時，就認可了“一國兩府論”，把中央政府與台灣當局的地方政權並列起來，說什麼“願意同中央進行政府對政府的對話，一個國家，兩個政府，這是現實”。“兩個政府”既明顯改變了蔣氏父子所堅持的“一個中國”的主張，又為“兩國淪”奠定了基礎。
1991年2月23日，在李登輝主導下，台灣當局在所謂“國家統一綱領”中提出“兩岸互不否認對方為政治實體”，進而刻意將政治實體界定為“互不隸屬的、對等的”。不久，台灣當局又於5月1日宣布終止“動員戡亂時期”，廢除“臨時條款”，並提出“今後視中共為控製大陸地區的政治實體，稱它為大陸當局或中共當局”。其後，李登輝公然宣稱：“台灣已經是一個主權獨立的‘國家’，‘國名’就叫‘中華民國’，中共必須承認台灣是一個對等的政治實體。”
很顯然，李登輝的對等政治實體說就其內涵而言，也就是“兩個中國”或“一中一台”，它比“一國兩府”更加反動。
1993年2月，郝柏村下台，連戰上台，“李連體製”形成。隨著統治地位的進一步鞏固，李登輝竟然公開否認自己講過“一個中國”。1993年2月，李登輝在接見民進黨“立委”時說：“我主張‘中華民國’在台灣，但始終沒講過一個中國”。同年4月8日，他在接見民進黨“國大代表”時說“最重要的一點是‘中華民國’在台灣的發展是一項不爭的事實”。10月，李登輝再度表示“一個中國是我們追求的目標，但這是將來的事……‘中華民國’目前統轄台澎金馬，擁有絕對而且完整的主權和治權，這就是我說‘中華民國在台灣’的原因”。