從李登輝在“憲政改革”問題上推出的最初方案看，他基本上延續了蔣經國的政策，仍企圖通過加強“民意機構”的“民主合作”，在一定程度上滿足民間政治參與要求，還可將其作為維係“法統”的最後據點，以維持“憲政體製”的完整。這種對畸形政治結構所作的小修補仍無法緩和其弊端所引發的諸種矛盾。在此情況下，1989年4月，國民黨中央原則決定修訂“憲法臨時條款”，“總統”、“副總統”任期回歸“憲法”。1990年4月27日，李登輝首次就“憲政改革”問題發表他的看法，他宣稱：“‘憲法’代表‘中華民國’精神之所在，絕不能作大變動，隻能小幅修訂”。他認為，“‘憲法’本文不宜動，可修改‘臨時條款’，並改變一個形式，列在‘憲法’本文之後，或為‘憲法’的附加條款”。其後，李登輝宣稱兩年內完成“憲政改革”。李登輝的具體構想是：“憲政改革”分兩階段進行：首先由1991年4月召開的第一屆“國民大會”臨時會負責一階段的“憲法”必要條文增修工作，訂定第二屆“中央民意代表”產生的法源，廢止“動員戡亂時期臨時條款”。其後於1991年年底選出第二二屆“國民大會代表”，完成整個“憲法”條文的修訂工作。
為了進一步推進“憲政改革”，1991年4月30日，李登輝決定並宣告終止“動員戡亂時期”。同時宣稱1991年是關鍵年，“憲政改革”“隻許成功，不許失敗”。他還稱：“動員戡亂時期”終止後，我們將視中共為控製大陸地區的“政治實體”，我們稱它為“大陸當局”或“中共當局”。
將李登輝後一階段“憲政改革”的構想與做法同蔣經國構想作一比較，不難看出，李登輝的做法已經突破了蔣經國不廢止“動員戡亂時期臨時條款”的框架，使“憲政改革”開始有了質的變化。據筆者分析，這有客觀的因素，又有其主觀的因素。
第一，就其客觀因素而言：隨著政治轉型涉及到決策領域，帶有強人統治色彩的“臨時條款”必遭非議。加之1990年3月台灣“總統”大選在即，“國大”第一審查委員會通過延長“增額國代”任期，“國大”每年集會一次等兩項擴權決議，更引發了全島的抗爭浪潮。數千名學生在中正紀念堂前靜坐、絕食，提出“解散國大”、“召開國是會議”、“廢除臨時條款”、“訂出民主改革時間表”等四項政治要求，得到社會各界廣泛支持。民進黨推波助瀾，要求當局“全麵實行憲政改革”。此一局麵使台灣“憲政危機”空前加劇。李登輝當選“總統”後，立即借助民意宣布召開“國是會議”，廢止“臨時條款”、終止“動員戡亂時期”，兩年內完成“憲政改革”。很顯然，李登輝在“憲政改革”方案上比蔣經國步子邁得更大更快。
第二，就其主觀而言，李登輝認為：台灣“經過40多年的動員戡亂時期，積累了許多憲政體製問題”。“如果不徹底解決，對政黨政治的建立及民主政治的進一步發展，必將產生很大的阻礙”。因此，惟有健全“憲政”體製，才能促進“政治民主化”與“政治穩定”。
其四，在對待“台獨”與黨外勢力及本土化政策方麵，縱容“台獨”勢力，激化省籍矛盾與“統”、“獨”矛盾。
在對待“台獨”問題上，他一方麵宣稱“任何分裂‘國土’的主張，均是全民的公敵，為民族大義所不容，為‘國家法令’所不許，必將遭到全體‘國人’的唾棄”。並多次表示對“台獨”活動要“依法嚴懲”；但在另一方麵他又對策劃“台獨”的人姑息縱容，不但特赦“台獨叛亂犯”，邀請一批海外著名的“台獨”分子回台參加“國是會議”，並不斷與“台獨”傾向明顯的民進黨頭麵人物進行接觸、對話，尋求支持。尤其在李登輝就任“總統”以來，正是李登輝對“台獨”活動的姑息與縱容，致使島內“台獨”勢力猖獗，“統”、“獨”鬥爭白熱化，給中國統一投下了新的陰影。
將李登輝執政後對黨外勢力的政策同蔣經國時期政策作一比較，可以看到：李登輝與蔣經國相同之處是都主張與黨外勢力進行政治溝通，不同之處在於李比蔣在溝通的主觀要求與層次上更迫切。關於此點可從下列事實中得到說明。
1988年1月30日，李登輝繼任“總統”後不久就在“總統府”接見了以國民黨籍“立委”黃主文為團長、民進黨籍“立委”黃煌雄為副團長的“立委赴美訪問團”成員。對於李登輝此舉，島內輿論稱：蔣氏父子當“總統”時，從未接見過任何一位反對派人士，而李氏當“總統”才半個月，即以“總統”身份接見民進黨成員，具有不凡的意義。2月3日，李登輝在中央黨部召集負責與黨外勢力溝通的國民黨中央政策會副秘書長梁肅戎、許勝發時強調：“今後應繼續加強與民進黨溝通，表達執政黨推行‘民主憲政’的誠意。”他還宣稱：“執政黨與在野黨派以促進和諧安定的原則從事意見溝通，是既定的政策。”一周之後，國民黨首次以黨對黨形式同民進黨展開溝通，雙方派出正式代表進行會談。2月22日，李登輝在就任“總統”後的首次記者會上答複記者稱：中國國民黨非常願意進行溝通，“溝通是本人認為處理政治問題最好的辦法”，所以今後隻能加強。