1950年10月，在與西藏當局和平談判毫無進展時，為了盡早盡快解放西藏，人民解放軍被迫舉行昌都戰役。此時，阿沛·阿旺晉美是西藏地方政府昌都地區的總管。在戰役最後階段，阿沛·阿旺晉美率殘部西撤至拉貢附近，當聽說解放軍已堵住去路後，折回昌都西的朱古寺與解放軍聯係，並命令藏軍全部放下武器，昌都戰役全部結束。
解放軍發起昌都戰役的勝利，震懾了西藏上層統治集團，攝政達紮不體麵地下台，正當西藏反叛勢力為策動達賴喇嘛外逃而亂作一團的時候，阿沛·阿旺晉美從昌都派人專程來到拉薩，轉達中央人民政府和毛澤東主席關於和平解放西藏的意見，建議噶廈速派和談代表赴京，保證達賴喇嘛的人身安全，保證西藏政教事業及貴族利益不受侵犯。為響應中央人民政府的建議，達賴喇嘛親政後，於1951年2月派出西藏地方全權代表5人前往北京，與中央人民政府進行談判，達賴選中的首席代表便是阿沛·阿旺晉美。
根據達賴的指示，阿沛·阿旺晉美帶領土登列門、桑頗·丹增頓珠於3月29日從昌都起程，4月22日到達北京，凱墨·索安旺堆、土丹旦達攜帶達賴喇嘛和噶廈關於和談的委托書，從亞東經加爾各答、香港於4月26日到達北京。受毛澤東主席的委派，周恩來、朱德和各界群眾數千人到車站歡迎西藏和談代表。
到達北京後，阿沛·阿旺晉美率代表團拜見了中央政府領導人，呈交了達賴喇嘛的信件和禮品，不久即同中央指定的全權代表李維漢、張經武、張國華、孫誌遠等，就和平解放西藏問題開始談判。雙方代表通過親切會談，交換意見，平等協商，很快就許多原則問題取得了一致意見。阿沛·阿旺晉美和西藏代表接受了中央政府提出的10條建議，西藏代表提出9條建議，中央政府代表對正確的部分加以采納和研究，對不合理的部分進行了耐心解釋。
在談判過程中，西藏代表對宗教信仰、寺廟收入等提的建議較多，中央政府大都采納了。所以，當談判代表簽訂協議返藏後，不少寺廟和宗教界人士紛紛給阿沛·阿旺晉美等談判代表寫信，對他們的努力表示滿意和致謝。
協議中最關鍵的條款，即關於人民解放軍進入西藏、鞏固國防這一條。阿沛·阿旺晉美及談判代表指出，由於噶廈曾交代不得許諾，所以代表團不願接受。中央政府談判代表當時並沒勉強他們，而是耐心地解釋解放軍進藏的目的和任務，並拿出清代曆史文件，證明中央有權派軍隊入藏，而且早有先例，說明鞏固國防是全國各民族的共同任務。阿沛·阿旺晉美及談判代表逐步消除了顧慮，就積極協助人民解放軍進藏問題最終達成了協議。
經過友好協商和共同努力，以阿沛·阿旺晉美為首席的西藏地方政府代表團，和以李維漢為全權代表的中央政府代表團，於5月23日簽訂了和平解放西藏辦法的“十七條協議”，並向全世界作了公布。同時，西藏代表也立即發電報給達賴和噶廈，報告了“十七條協議”的內容。阿沛·阿旺晉美身負重任，完成了這項曆史性任務。