解放戰爭時期，中共陝西省最高領導機構為中共陝西省工作委員會（簡稱省工委）。1947年3月，省工委與關中地委合並。在此前後，在關中地區相繼建立了中共西安市委和西府、寶雞等地委。這時沒有統一的全省領導機構，各市、地委直屬中央西北局領導。
1949年4月21日，毛澤東主席和朱德總司令發出了向全國進軍的命令，中國人民解放軍第一野戰軍迅速解放了陝西渭北各縣，進逼西安。5月20日西安解放後，中共中央西北局於6月13日由延安遷至西安，隨即著手組建中共陝西省委。1950年1月6日，中共中央批準陝西省委人員組成，任命西北局第三書記馬明方為省委書記。1月10日，陝西省人民政府在西安群眾堂正式成立，同日頒布《第一號布告》，馬明方任省人民政府主席。在陝西省委成立之前的1949年12月，陝西軍區已經成立，下轄第19軍兼陝南、陝北等6個軍分區，司令員由第一野戰軍猛將楊得誌擔任，馬明方任軍區第一政委。這樣，馬明方集黨政軍三個重要領導職務於一身，開始了主政陝西的曆程。
解放初期，陝西土匪大多分布在大巴山區、秦嶺及麟遊山區、黃龍山和榆林沙漠地帶。他們憑借複雜的地形和熟悉的社會關係，破壞交通，搶劫人民財產，殺害幹部群眾，策劃反革命暴動，妄圖顛覆新生的人民政權。
馬明方上任後，首先麵臨的是如何建立穩定安定的陝西社會秩序，他遵照毛澤東關於“必須堅決地肅清一切危害人民的土匪、特務、惡霸及其他反革命分子”的指示，在中央和西北局、西北軍區的領導下，迅速部署開展了大規模的剿匪鬥爭。
針對陝西的匪情，馬明方主持省委、省政府製定的剿匪基本方針是：公開鬥爭與隱蔽鬥爭相結合，政治鬥爭與軍事鬥爭相結合，大力開展群眾性的剿匪肅特工作。
在黨委層麵，馬明方主持中共陝西省委於9月17日發出《關於剿匪工作的指示》，要求各級黨委在9月、10月兩個月內必須抓緊時間，集中一切力量剿滅土匪，堅決落實“發動群眾，結合軍事清剿，進行政治瓦解，以足夠兵力堅決消滅股匪，搜捕散匪”的方針，同時加強剿匪工作的組織領導。
在政府層麵，馬明方組織陝西省人民政府於10月30日發出《關於清匪肅特的指示》，要求各級人民政府和人民團體，堅決貫徹“軍民結合，剿撫兼施”的政策，動員民兵幹部和廣大群眾，與部隊密切有效的配合，廣泛宣傳土匪特務對社會治安和人民生活的危害，宣傳人民政府剿匪的決心，強調各地人民政府應負責解決剿匪部隊的糧食運輸等問題。
在軍事方麵，馬明方與軍區司令員楊得誌統一組織商洛、漢中、鹹陽等軍分區地方武裝力量，緊密配合第55師、第57師等正規部隊，重點清剿陝南東部和川陝交界一帶的土匪。軍區政治部專門下發了《剿匪工作指示》，馬明方從加強政治領導的角度，強調執行“政治進攻為主，軍事進攻為輔”的剿匪方針和“首惡必辦，脅從不問，立功受獎”的政策，同時要發揚“不避風雪，不怕嚴寒，不怕翻山奔襲夜襲、不怕撲空的精神”，“務求結合發動群眾，根絕匪患。”
1951年，在馬明方的統一領導下，陝西省委、省政府和陝西軍區提出年內在交通沿線和腹心地區捕盡匪首，收盡藏槍，清除匪患，在巴山和鄰省地區消滅股匪的目標。馬明方要求各地詳細研究匪情，加強和調整力量，把減租反霸與清匪肅特密切結合，限期捉盡匪首慣匪，迅速召開公審大會，處決若幹罪大惡極的匪霸，廣泛發動群眾控訴檢舉土匪，適當救濟貧困農民。
在馬明方的堅強領導下，短短一年多的時間內，全省軍民團結剿匪，取得了很大成績，鏟除了社會不安定因素，鞏固了新生的人民政權，也為最終清除陝西匪患奠定了基礎。