馬明方剛剛主政陝西時，由於飽經戰亂破壞，再加上國民黨橫征暴斂，陝西社會秩序混亂，經濟十分落後。一些土匪乘人民政權建立之初，無暇顧及交通不便的偏遠地區，逃往深山老林，迫使山民種植大煙，秘密出售，聚斂錢財，擾亂社會經濟秩序。1949年全省工農業總產值僅10.86億元，其中80%是農業收入，人均國民收入不足60元。農村生產落後，城市經濟蕭條，工業基礎薄弱，人民生活貧困，土匪特務活動猖獗。再加上陝西許多地區相繼發生水、旱、霜、雹等自然災害，1950年春季城鄉不同程度地出現了災荒，個別地方甚至出現病餓死亡現象。全省災民約70餘萬人，缺糧人口約200多萬人。
遵照中共七屆二中全會和七屆三中全會所確定的方針和任務，馬明方與中共陝西省委貫徹“公私兼顧，勞資兩利，城鄉互助，內外交流，以達到發展生產，繁榮經濟之目的”的經濟建設方針，領導全省各級黨組織和全省人民，建立和鞏固人民政權，安定社會秩序，加強基層黨組織建設，恢複和發展國民經濟。
1950年1月11日，陝西省人民政府委員會召開第一次會議，馬明方作了陝西省人民政府工作報告，他提出全省當前的中心任務是“以最大努力醫治戰爭創傷，克服戰後的財政困難，恢複工礦農牧各業生產和交通事業，以準備條件，使我們在今後能夠穩步地進入經濟建設和文化建設高潮。”會上，馬明方還部署了陝西新區的民主改革以及減租、反霸、建政和恢複農業生產。
2月20日，中共陝西省委發出《關於當前中心工作任務的指示》明確提出“以生產救災為中心”的工作方針，指出：將生產救災這一工作和其他工作並列對待或將這一工作置於次要地位都是錯誤的。要求全省境內除了匪情較嚴重的某些地區（如陝南巴山地區）仍應著重剿匪肅特等工作外，其他各地均須立即將自己的工作轉入以生產救災為中心，適當地結合反霸、剿匪、治安等項工作。各級黨委必須動員所有力量，發動組織群眾進行生產救災。馬明方強調，一切為春季生產所急需的物力都要投入生產和再生產中去，要修整水池，修補田城，組織好各種農副業生產，千方百計把經濟搞上去。
9月20日，陝西省土地改革委員會成立，馬明方擔任主任。他遵照《中華人民共和國土地改革法》和黨的有關政策，認真組織實施陝西的土地改革工作。他指出關中地區由於情況特殊，應特別注意以下情況：土地比較分散，可沒收征收的土地很少；農民對於土地的要求迫切；由征收富農多餘的土地財產改變為保存富農經濟。馬明方深入實際調查研究，撰寫了《論土地改革中群眾工作中的兩種立場和兩套做法》的文章，在《群眾日報》全文發表後引起了強烈反響。1951年3月18日，毛澤東在致饒漱石、鄧子恢、鄧小平、習仲勳的電報中，專門表揚了陝西的土改工作，提出要讓“民主人士和大學教授到西安附近看看土改”。
為了貫徹黨的政策，搞好救災與恢複生產工作。馬明方主持省政府召開多次會議，接連頒發有關借貸政策、新區土地改革政策、農業生產中的雇傭政策、減租政策等布告。全省經過5個月的生產救災活動，基本上渡過了災荒。馬明方上任伊始，在省政府成立大會上就曾明確表示“新型的行政人員要大公無私，不計較個人得失，能夠‘先天下之憂而憂，後天下之樂而樂’，忠心耿耿為人民服務。”一年多的實踐證明，他忠實地履行了自己的諾言，得到了廣大群眾的真心擁護。
1952年11月17日，陝西省第二屆各界人民代表會議在西北局黨校禮堂召開。馬明方作了《陝西省人民政府兩年來的工作成就和今後任務》的報告。報告指出，兩年來，在偉大的抗美援朝運動的推動下，全省勝利地進行了土地改革、鎮壓反革命、“三反”、“五反”等一係列社會改革運動，使城鄉情況起了很大的變化，財政經濟得到根本好轉，完成了國民經濟恢複階段的各項工作，為即將開始的大規模經濟建設創造了有利條件。由於馬明方工作調動，會議選舉趙壽山為陝西省人民政府主席，從而結束了馬明方在陝西的短短兩年任期。
馬明方是陝西人，他對自己的家鄉充滿了感情。1959年國慶10周年時，擔任中共中央財貿部部長的馬明方，應家鄉米脂縣鄉親們的請求，為米脂縣人民題寫了祝詞，他飽含深情地寫道：“在慶祝國慶節十周年的時候，希望全縣人民在去年取得偉大勝利的基礎上，再接再厲，乘勝前進，堅決貫徹黨的總路線，辦好人民公社，填溝治山，興修水利，全麵發展農林牧副漁，辦好地方工業，爭取早日徹底改變山區麵貌，把米脂建成一個最富裕的地方！”