青海解放初期，敵特散匪還在到處搗亂，社會秩序很不安定，尤其是一些死不改悔的馬匪殘餘，糾集羽翼不斷進行叛亂活動，所以剿匪問題便是趙壽山上任後青海建政工作的頭等大事。
曆史上，青海省就曾是土匪橫行的地區。匪首馬步芳在逃離青海前，安插潛伏了大批軍政要員伺機推翻人民政權，這些匪特暗地串連，秘密策劃，進行瘋狂的反革命活動。9月下旬，在“解放軍軍官訓練處”受訓的趙遂，派原青馬568團團長馬耀武，以回原籍臨夏探親為名，持趙的親筆信，策動親馬臨夏舊部叛亂。12月5日，馬英及原青馬14旅副旅長馬福旺，糾集青馬散兵遊勇及脅迫群眾5000餘人在大通叛亂。同日，門源回教教育促進會會長馬成彪發動反革命暴亂。青海省解放前後，湟中縣、化隆縣、循化縣等地均發生反革命暴亂。事實證明，匪不平則政權難以建立，即使建立了政權也難以鞏固。隻有廣泛深入開展平叛鬥爭，才能把青海的政權建設納入正常軌道。
趙壽山緊緊抓住剿匪除患這一關鍵性問題，反複不斷地向全省幹部和群眾進行說服教育，克服幹部和部隊中的輕敵麻痹思想和驕傲自滿情緒。在剿匪過程中，趙壽山再三強調“軍事清剿與政治瓦解並舉，並且互為側重”的方針，要求剿匪部隊大股大剿、小股小剿，有匪剿匪、無匪就做群眾工作，注意利用匪股矛盾，分化瓦解，把匪首和一般匪眾相區別，把馬匪和被裹脅的各族群眾相區別，針對不同情況，分別對待。
趙壽山確定的這一方針，在青海省的剿匪工作中發揮了很大作用。青海省的剿匪工作在全省軍民努力下取得很大勝利，僅僅一年便斃傷匪特2000多人，俘匪和受降3000多人，極大地打擊了敵人的囂張氣焰，穩定了社會秩序，為建設新青海掃清了道路。接下來，青海的建政工作穩步進行，先後建立14個縣市政權，開始逐步推進各項安定社會的政策措施。