1937年3月，新疆省政府主席盛世才報請南京國民政府批準，任命包爾漢為中國駐蘇聯齋桑領事館領事。包爾漢接到通知後，途經塔城前往蘇聯，又一次走出國門。
“七七”盧溝橋事變的消息傳到齋桑，包爾漢立即中止了準備組織到蘇聯各地參觀的活動，把全部精力投入到支援國內抗戰的工作中去。包爾漢組織領事館全體工作人員開座談會，討論如何為抗日救國出力。他含淚講述團結抗日的重要性，動員大家積極捐獻。在包爾漢的帶動下，領事館全體工作人員節衣縮食，把省下的15000盧布郵回國內，支援抗日戰爭。包爾漢還在齋桑的華僑中間積極宣傳抗日，動員他們捐錢捐物，支援國內抗戰。
1938年2月，盛世才電召包爾漢回新疆述職，3月底包爾漢離開齋桑途經阿拉木圖回國，入境後乘坐運貨的汽車前往烏魯木齊，途中被盛世才派來的武裝人員押送到伊犁，4月12日又被押送到烏魯木齊第二監獄。
包爾漢被捕後，接受了多次審訊，監獄當局給他安上“帝國主義走狗”、“裏通外國”、“依靠德國和日本勢力在新疆搞獨立的回教國家”等莫須有罪名。包爾漢當然不能承認這種誣陷，結果就招致重刑，審訊人員強迫他跪到碎磚頭上，還要高舉雙手，搞得他昏死過兩次。醒過來後，包爾漢試圖進行辯解，但招來的仍是刑罰，讓他高舉雙手連續站立20多個晝夜。這種審訊持續了兩年，1939年11月底又把他關在黑牢裏達60多天。
盛世才在新疆的倒行逆施引起各族人民的反抗，尤其是北疆各地爆發多次武裝鬥爭。當了10年多“新疆王”的盛世才，已經無法維持他的反動統治，他同國民黨之間的明爭暗鬥也遭到失敗。1944年8月，重慶國民政府任命盛世才為農林部部長，他帶著自己在新疆搜刮的金銀錢財乘飛機離開新疆，由吳忠信接任新疆省省長。吳忠信主政新疆後，為了標榜自己的新疆政策與盛世才不同，使出了“治新三板斧”，即清理監獄、宣撫地方和敦睦邦交，包爾漢才得以獲釋出獄。
在盛世才的監獄中，包爾漢經受了殘酷折磨和非人待遇，但他始終沒有喪失信仰，在黑暗和潮濕中，他曾用火柴梗蘸墨在莫合煙紙上寫了一篇維文詩《崇高的敬意獻給毛澤東》，詩中寫道：“無論狂風暴雨、山崩地裂，都撲不滅我心中對您無限熱愛的火炬！”在身體極度虛弱的情況下，他寫下了大量詩歌、散文以及有關曆史、語言方麵的文章，還寫過反映新疆教育事業狀況的劇本《阿合買提校長》。這些文稿，除極少數在解放後曾整理發表過外，其餘絕大部分都在“文化大革命”中散失了。
包爾漢在獄中編寫了一部《維漢俄辭典》，並將孫中山先生的《三民主義》一書譯成維語。最為著名的作品，是包爾漢在獄中寫的劇本《火焰山的怒吼》。這個劇本取材於1913年到1914年新疆吐魯番克孜裏塔克山（即火焰山）一帶發生的維吾爾族農民領袖艾買提領導農民起義的史實，這次起義是繼1911年在哈密爆發帖木兒起義失敗後掀起的又一次有影響的農民起義。艾買提率領義軍在吉木薩爾等地的山中轉戰，機動靈活地同敵人鬥爭。在鬥爭中，維吾爾族和漢族人民結下了戰鬥友誼，起義最後由於叛徒的出賣而失敗。劇中的很多情節，就是根據這次起義的真人真事寫成的，一些人物如艾買提、趙正奎、夏克爾、阿依木汗、依明、夏依提等，都是真實姓名。
劇本運用細膩的文學筆法，飽含深情地歌頌了新疆近代曆史上起過重大作用的農民鬥爭，歌頌了維、漢族人民在反壓迫反剝削鬥爭中結成的戰鬥友誼，表達了各族人民對盛世才反動統治的憎恨，以及希望人民起來推翻其反動統治的強烈願望。
這個劇本的初稿是1942年在監獄裏寫成的。初稿完成後，幾經周折，逃過了反動派的多次查抄，終於保存下來，並於1961年重新修改定稿。1962年劇本公開發表後，受到文藝界的普遍歡迎和好評。中央實驗話劇院、新疆自治區話劇團先後將該劇搬上舞台，上海文藝出版社將劇本公開出版。