1946年6月，國民黨對新疆省政府進行改組，由國民黨西北行轅主任張治中兼任新疆省政府主席，包爾漢任政府副主席。7月1日，在烏魯木齊舉行慶祝新政府成立大會，南京國民政府派監察院院長於右任飛到烏魯木齊表示祝賀。會上，包爾漢以省政府副主席名義發表講話，號召全疆軍民齊心協力實現施政綱領，保障全省和平，維護國家統一，實行民主政治，加強民族團結，增進中蘇親善。
1947年5月，南京國民黨政府批準張治中辭去新疆省政府主席的兼職，任命原新疆監察使麥斯武德為主席，包爾漢被撤銷省政府副主席職務，轉任實為閑差的南京國民政府委員。
1949年1月，南京國民政府任命包爾漢為新疆省政府主席。當他以最後一任新疆省主席身份走進省府辦公室時，解放戰爭已經進入戰略大反攻階段，西北野戰軍正向新疆挺進，新疆解放指日可待。包爾漢全麵分析了新疆形勢，國民黨駐新疆部隊號稱10萬，但名額不足，駐地分散，補給困難，難以集中投入戰鬥。即使有頑固的主戰派，在所向無敵的人民解放軍強攻之下，也難以立足。上層軍政人員多數不是蔣介石的嫡係，像陶峙嶽、趙錫光等人雖是總司令和副總司令，實際並不能掌指旅、團兩級軍官，所以新疆和平起義有可能得到軍方的支持。
包爾漢開始為新疆和平解放進行準備工作。為了爭取軍方的支持，他到軍隊做積極的宣傳工作，對軍隊中上層軍官發表講話說：“幾千年來新疆就是中圍領土的一部分，任何人都不能侵略和分裂。”他還在講話中暗示，新疆一定走和平起義的道路，軍隊要支持，不要胡鬧，要看清形勢，不要以卵擊石。
9月上旬，正當包爾漢為新疆和平起義而奔走呼號，迎接共產黨、解放軍到來的時候，鄧力群陪同中央軍委副主席劉少奇赴莫斯科，事畢，奉黨中央之命由蘇聯進入新疆伊犁，從伊犁秘密乘飛機到達烏魯木齊，代表黨中央、毛澤東向包爾漢表示慰問，並麵交了9月10日張治中在北京轉給陶峙嶽和包爾漢的電報，這對包爾漢來說，是極大的支持和鼓勵。接著，包爾漢和陶峙嶽向鄧力群彙報了和平起義的準備情況，並表示“在本月內可以全部圓滿完成”，屆時即采取行動。
9月19日，包爾漢通過鄧力群致電毛澤東：“經決意與國民黨反動政府脫離關係。茲已準備一切力量消滅反動勢力，接受領導，俾每一角落共慶新生，以完成貴黨所領導的整個中國之解放。”4天之後，毛澤東回電：“新疆局麵的轉變及各族人民的團結，有賴於貴主席鼎力促成。尚望聯絡各方愛國民主分子，配合人民解放軍入疆之行動，為解放全新疆而奮鬥。”
接到毛澤東的回電後，包爾漢心情激動，信心百倍。按照毛澤東電報的指示精神，他加倍努力工作，挫敗了馬呈樣、葉成、羅恕人的暴亂陰謀，迫使他們“和平撤退”，排除了起義阻力。