包爾漢原想與陶峙嶽同時宣布通電起義，經與陶峙嶽商量後認為，軍方先行一步，更能以軍隊起義穩住人心，便同意軍方首先通電起義。9月25日，陶峙嶽代表國民黨駐疆部隊宣布起義，致電黨中央、毛澤東主席宣布同國民黨的廣州政府斷絕一切關係，回到人民懷抱。9月26日，包爾漢在新疆省政府召集省府委員會緊急會議，討論通過新疆省政府起義通電，宣布與國民黨廣州政府脫離一切關係，歸向人民。至此，新疆宣告和平解放。
1949年10月1日，北京傳來了在天安門廣場舉行開國大典的令人振奮的消息，宣告了中華人民共和國成立。12月7日，中國人民解放軍西北野戰軍第1兵團司令員王震率部進駐新疆，並和堅持三區革命的民族軍及新疆起義部隊會師，建立了人民自己的政權——新疆省人民政府，新疆的曆史揭開了嶄新的一頁。
1949年12月19日，新疆530萬人民期待已久的新疆省人民政府正式成立，包爾漢被任命為主席。在當天舉行的新疆省人民政府成立大會上，包爾漢發表了熱情洋溢的講話，他滿懷信心地說：“在中央人民政府、英明領袖毛澤東主席、西北五省軍政領導彭德懷主席和各位副主席領導下，我們的使命一定能圓滿地、勝利地完成。”
新疆在以往的史籍中被稱做“西域”。遠在兩千多年以前，它就已成為中國版圖的一部分。從那時起，它的命運便和全中國的命運緊密地結合在一起了。1755年（清乾隆二十年），清政府平定準噶爾貴族叛亂並在天山南北的廣大地區建立直接的軍事、行政管理之後把這一地區改稱“新疆”。1884年（清光緒十年），清政府又在這一地區設立行省。然而，一些帝國主義國家及其反動勢力，總想以各種手段企圖將新疆從中國分裂出去，破壞中國的統一和領土完整。
新疆解放前夕，所處的國際、國內環境十分複雜嚴峻。國際上仇視新中國的帝國主義反動勢力，進行泛突厥主義和泛伊斯蘭主義的宣傳，開展反蘇、反共、反人民活動。美國駐新疆領事館公開幹涉新疆內政，扶植並唆使土匪破壞疆內人民的和平生活。美國駐烏魯木齊副領事馬克南於1949年9月給予土匪烏斯滿、賈尼木汗等以金錢援助，並鼓勵這些匪徒公開進行武裝叛亂。在新疆的反動宗教人士，組織一個保衛伊斯蘭教協會，並在新疆各地組織分會，進行反動宣傳活動，公開反抗新生的人民政府。
在新疆解放後的短短幾年中，包爾漢在中共中央新疆分局的領導下，帶領省政府各部門，與執行剿匪任務的人民解放軍密切配合，迅速地平定了一些地方的反革命暴亂，肅清了匪特，取締了反動幫會。各地人民政府配合人民解放軍在當地的剿匪行動，肅清了美國和國民黨反動派支持的烏斯滿等匪徒，維護了新疆社會治安。