新疆是一個多民族地區，古往今來生息著許多不同的民族。在解放以前，由於曆代反動統治階級，特別是國民黨反動派對各少數民族殘酷的壓迫和剝削，造成了新疆各少數民族之間長期的互相歧視和互不信任，因而也阻礙了各民族在政治、經濟、文化等方麵的發展。
解放以後，包爾漢主持新疆人民政府工作，十分注意加強民族團結，在省政府剛成立時包爾漢就指出：“團結是革命事業勝利的根本保證。在新疆地區，加強民族團結是做好各項工作的關鍵。沒有這一條，要做好任何工作都是不可設想的。”他帶領政府各部門，堅決執行黨的民族政策，對駐疆人民解放軍部隊給予熱情支持，實行一係列的社會改革，恢複和發展了經濟文化教育事業，各民族間建立起平等友愛、互相團結的新關係，為在新疆推行民族區域自治創造了條件。
在黨中央和新疆分局的統一領導下，包爾漢主持新疆省人民政府製定詳細計劃，自下而上地逐步推行新疆各級民族區域自治。在建立各級民族自治地方的過程中，占人口多數的漢族和維吾爾族幹部群眾，對其他民族給予積極支持和熱情幫助，因此被親切地稱之為“老大哥”，其他各民族也以漢族、維吾爾族為榜樣，去幫助和關心本自治地方內的兄弟民族。許多地區結合民族區域自治的宣傳，調解了不少曆史上遺留下來的、不同民族之間的隔閡和糾紛，使各民族大團結日益鞏固和加強。巴音郭楞蒙古自治州、博爾塔拉蒙古自治州和布克賽爾蒙古自治縣、察布查爾錫伯自治縣等地區內一些淵源很深、曆史很久的牧草場糾紛、土地糾紛、農牧糾紛等，在互諒互讓精神指導下，都得到了圓滿解決。
在加強民族團結的基礎上，包爾漢帶領全疆各族人民，積極開展減租反霸、土地改革等一係列民主改革運動，迅速地恢複並發展了農牧業生產及文化教育事業，改善了各族人民的生活，鞏固了人民民主專政，經濟建設逐步走上健康發展軌道。在包爾漢的努力下，新疆又恢複了中斷已久的同蘇聯的地方貿易，同時又在新疆境內開展了城鄉物資交流。通過這一係列措施，新疆社會得以安定，長期以來失去控製的物價得以平抑，各族人民開始過上了翻身解放的安寧生活。