在這個問題上，各方麵出現了較大的分歧，國民黨主張製憲機構設立上下兩院，與會各方平攤上院席位，擁有製憲、修憲和批準憲法的權力，而且對大選產生的下院有否決權。而非洲人國民大會則主張一院製，拒絕兩院製尤其是上院對下院的否決權。
在後期的談判過程中，曼德拉表示，非洲人國民大會可在票數問題上作出讓步，但政府得寸進尺，在涉及有關地方政府的條款時加大了中央的決定權。這種談判態度引起曼德拉的反對，最終發生爭執，談判不歡而散。
6月17日夜晚，平靜的約翰內斯堡的博伊帕通鎮，突然出現一夥來曆不明的人，他們手持利器，見人便砍，一時間血肉橫飛，無辜的路人慘遭殺害。
據報道，在短短兩個小時內，有48人被殘殺，其中大部分是無力抵抗的婦女和兒童。
慘案發生後，曼德拉強烈要求政府和國際社會調查這起惡劣事件。關於這起惡意案件的始作俑者，很多人認為是德克勒克及其政府所為，越來越多的證據也證明這一點。為表明立場，非洲人國民大會先是宣布中止談判，繼而退出民主南非大會。
當然，中止談判並不是最好的解決方法。幾天之後，曼德拉給德克勒克寫了一封信，重申非洲人國民大會的立場，希望通過談判解決目前危機，同時呼籲政府當局采取真誠態度，打破僵局。
德克勒克總統接到這封信後，表示願意通過談判解決危機，並決定於7月4日前作出答複。與此同時，政府開始著手調查凶案、捉拿凶手，經過秘密調查，逮捕了幾十名與屠殺事件有關的嫌疑犯。
9月26日，曼德拉與德克勒克進行談判，並達成一致意見。當局接受非洲人國民大會提出的三項條件，150名政治犯在11月全部釋放，雙方還就製憲機構以及新憲法等問題達成一致意見。
然而，恰在此時，長久以來的黑人之間的暴力衝突問題的調查結果出來了，大量的證據顯示，衝突事件的發生與警察的行為有很大關係。在此之前，政府曾多次保證，減少並控製暴力衝突。
這一調查結果直接揭開政府的虛偽麵具，德克勒克總統的談判信譽和改革形象又一次遭到損壞。為重新樹立形象，德克勒克總統將25名高級軍官解職，其中包括6名將軍。
曼德拉的“包袱”
人無完人，曼德拉同樣如此。
經過一連串的事件，曼德拉出獄後帶來的崇拜和光環漸漸在群眾中散去。非洲人國民大會的一些成員開始對曼德拉的領導作風和實際行為提出質疑。在這些方麵，曼德拉表現得明顯與形勢不合拍，甚至像一個年邁的老人一樣。有很多人擔心，曼德拉在具體的談判過程中，為了達成協議不再堅守立場，或是為了贏得政府的支持而放棄一些非洲人國民大會的原則。尤其是在對待溫妮的一些事情方麵，更讓人質疑。
1991年5月，因為涉嫌一宗綁架案，溫妮被判處6年監禁。盡管被保釋出獄，免於牢獄之苦，但她從此聲名狼藉。非洲人國民大會的領導層，礙於曼德拉的麵子，一直未對她進行內部處罰，讓她依舊任社會福利部長一職。
在後來的非洲人國民大會內部的選舉中，溫妮落選了。根據規定，她不能再擔任社會福利部長一職。可是，此時的曼德拉剛結束28年的監獄生活，還處於極高崇拜的光環之中——他利用自己的威信和影響力，將溫妮重新安置在這一職位。
這種明顯違反規定的行為讓一些非洲人國民大會的領導人非常擔心，他們擔心曼德拉會迷失自己，變得驕橫，毀掉自己辛苦建立的光輝形象。為避免這一切的發生，應該及早攤牌。1992年4月，當初曾為溫妮出庭辯護的證人再次招供，聲稱當時為了保護溫妮而向法庭撒了謊，經過報道後，溫妮的聲譽再次遭到沉重打擊。
不可否認，溫妮的所作所為已經成為非洲人國民大會和曼德拉本人的包袱。經過慎重考慮，曼德拉於1992年5月作出了痛苦但明智的決定，宣布與溫妮分居。很快，溫妮失去了她的社會福利部長一職。
在隨後召開的記者招待會上，曼德拉心情沉重地說了一句話：“諸位，我希望你們能理解我正在經受的痛苦。”