對亞曆山大來說，完成波斯的征服還有一件事要做，即抓住柏薩斯。這位省長已經撤退到巴克特裏亞的阿爾諾斯來等著亞曆山大，而亞曆山大現在則從費拉達進軍康達哈爾。然後，亞曆山大從一條長80英裏左右、又高又結冰的通道往東穿過興都庫什山，從側翼包圍柏薩斯。柏薩斯則退到索格地亞納地區，這是奧克蘇斯河的草原地帶，就是今日烏茲別克斯坦和塔吉克斯坦交界處。亞曆山大占領阿爾諾斯（塔什克爾幹），以及紮瑞亞斯帕古城，又名為巴克特拉城，即巴克特利亞首都。在進軍奧克蘇斯的過程中，大軍在越過一座讓許多人長了凍瘡的高山後，又穿過了一個熾熱的沙漠，最後許多亞曆山大的老兵及塞薩利的部隊，堅持要複員回國。渡過奧克蘇斯河的行動花了5天才完成，因為唯一的渡河方式，就是用帳篷做浮具，而他們也沒有遇到任何的反抗。
當亞曆山大的大軍已然渡河的消息傳到索格地亞納，當地的省長斯皮塔米尼斯認為再抵抗也於事無補。他的部下將柏薩斯抓起來，並送信給亞曆山大，表示要把柏薩斯送過去。托勒密奉派去了解更多的細節，並發現柏薩斯在一個偏遠的村莊中被重兵看管。他下令剝去柏薩斯的衣物，將他單獨綁在一根樁子上，放在亞曆山大會經過的路上。當亞曆山大看到他，便公開地審問他為什麼殺害自己的君王。他的背叛是不能被饒恕的，翌年（公元前329年）他又被送到紮瑞亞斯帕受審。他被判處波斯阿黑門尼德王朝的磔刑（他的耳鼻被切除），不久之後，他在埃克巴塔納被處決（史料中有釘死和肢解等不同的說法）。
《亞曆山大傳奇》在這裏加入了一條亞曆山大發給所有波斯城市的敕令，承諾沿襲以前的捐稅和宗教信仰。
雖然沒有可靠的史料提供類似的陳述，這個故事強調，亞曆山大現在已無可置疑地成為波斯帝國的君王、阿黑門尼德王朝的繼承者。在伊朗各省仍繼續指派波斯人當省長；而在巴克特裏亞和索格地亞納等邊荒地區，則設立希臘馬其頓軍事殖民地作為治理樣板。值得注意的是，亞曆山大在東方所使用的錢幣，並沒有沿用他在西方所使用的雅典式四分幣（Atticstandardtetradrachms）。事實上，我們對波斯的亞曆山大錢幣一無所知，所以他所有的錢幣應該一直是大流士式的，以強調前朝政權的延續。
現在，亞曆山大開始向更北的馬拉堪達即撒馬爾罕行進。無疑，他並不完全相信斯皮塔米尼斯的降服，而他這樣做是對的，因為在受邀於紮瑞亞斯帕召開聯席會議的同時，斯皮塔米尼斯便開始圍攻馬拉堪達，並謀害了紮瑞亞斯帕的守備部隊。猛烈的報複使得亞曆山大能夠重新收複這些城市，而且他還推進到他所到過的最北邊，即雅克薩提斯河附近。他在這裏建了一座城市——艾斯恰特亞曆山大城（最遠的亞曆山大城），後來則成為柯真城。
這是他在奧克蘇斯河北部所建7座城市網絡中的第一座（根據庫丘斯的說法則是6座）。這是一座設備齊全的希臘城市，有體育場，也有劇場。這些未命名的城市似乎沒有存在多久，而且可能隻不過是軍隊的營哨。亞曆山大在巴克特裏亞和索格地亞納所建的幾座城市有艾爾亞奈的亞曆山大城、馬吉安那的亞曆山大城、雷姆巴基亞的亞曆山大城、艾拉恰西亞的亞曆山大城，以及高加索的亞曆山大城（靠近貝格雷姆）。艾卡嫩城（也許就是歐西安那的亞曆山大城）可能是另外一座。這些城市都位於奧克蘇斯河南部，並且可能都是建立在既有的阿黑門尼德堡壘上，而且可能具有便利貿易交通的功能。他們並不像塔恩所認為的那樣，是希臘文明的前哨，雖然他們可能偶爾有這樣的功能，就好像巴克特裏亞藝術後來的發展所顯示的那樣。
斯皮塔米尼斯退入草原，在那裏他不會那麼快被追到。直到公元前328年年底，入冬以後，遊牧為生的馬薩蓋塔人，聽說亞曆山大將要再次進入草原攻打他們，便決定殺了斯皮塔米尼斯，並把他的首級獻給亞曆山大。
在這段期間，雖然大軍在馬拉堪達紮營，但卻充滿緊張氣氛。有一些時間經過大規模的打獵活動消磨掉了，就像博斯沃思所說的，“幾代以來不受紛擾的野獸被大量屠殺”。這場打獵活動因為亞曆山大單手殺了一隻獅子而聞名。根據庫丘斯的說法，有超過4000隻動物被獵殺——這是對馬其頓貴族的娛樂活動所作的一個有趣的注腳。
通過一件更重要的事情，我們會再一次有趣地觀察到馬其頓人的習慣。德羅皮第斯之子克雷塔斯接替老邁的阿塔巴紮斯新任巴克特裏亞省長。在赴任前夕，一場盛大的酒會在馬拉堪達舉行。酒會的時間很長。一些諂媚者開始將亞曆山大比做宙斯之子卡斯特爾與波呂丟克斯，而且說“其他人都不能和他相比，即使是海格立斯亦然”。這些阿諛奉承的話觸動了克雷塔斯率直的勇氣：有一次他曾明確地說，他對亞曆山大轉而采取蠻邦之儀，以及信賴小人感到難過；而現在在酒精的刺激下，他不會再讓那些小人們表現出對神聖力量的不敬，或者對古代英雄事跡的蔑視，以幫亞曆山大一個微不足道的小忙。在他看來，亞曆山大的功業並沒有他們所說的那麼偉大驚人；而這也不是亞曆山大獨力完成的，它們大部分是屬於馬其頓人的成就。這些話深深傷害了亞曆山大。