忽必烈得到那木罕被拘的消息，真是又驚又恨。這是因為那木罕是正妻察必所生的幼子，按照蒙古舊製，那木罕可能是忽必烈的繼承人。如今據傳聞，那木罕和安童被劫往欽察汗國，生死不明，這怎麼不叫忽必烈心急如焚呢？忽必烈想追，那木罕與右丞相被擄，整個西北邊關群龍無首，如果海都、昔裏吉與其他心懷不滿的諸王合軍一處，共同南進，上都和大都就會危在旦夕。於是忽必烈當機立斷，命令伯顏帶精銳部隊歸大都，又命駐高麗的蒙古軍即刻拔營渡江，聽候調遣。時不等人，江南精銳部隊按命令迅速北返，駐高麗的一部分部隊也奉旨西歸。也就在這個嚴重時刻，忽必烈又得到一個消息，應昌府的蒙古貴族隻兒瓦事也起兵響應叛亂，並準備去攻打上都和林。忽必烈認為非同小可，一麵傳令兩都同時戒嚴，一麵委任伯顏為北征統帥，是日率師西征。
伯顏是一位能征善戰、足智多謀的統帥。他的前鋒別失裏過吉在上都和林附近一舉盡殲隻兒瓦事這股叛軍。不久，伯顏揮師東進直搗鄂爾渾河，與昔裏吉叛軍雙方夾水而陣。經過幾番較量，昔裏吉叛軍敗北。伯顏乘勝追擊，直到阿爾泰山。公元1279年，脫黑鐵木兒叛軍兵犯和林，也被伯顏的部將劉國傑擊敗。此後數年間，脫黑鐵木兒叛軍內部分裂，他本人在逃亡途中被殺，餘部相繼投歸忽必烈。昔裏吉與部屬撤裏蠻的爭戰中，也因一再敗北隻好歸降忽必烈。海都在漠北雖還有強大勢力，但迫於忽必烈的政治攻勢，隻好於公元1284年將手中控製下的元朝右丞相安童放回。與此同時，欽察汗國的迭蒙啉汗寫信給忽必烈，表示願意臣服元王朝的統治，並將拘禁多年的忽必烈的幼子那木罕護送回朝。
忽必烈對漠北蒙古諸王進行長達十五年之久的戰爭，表麵是窩闊台係與拖雷係和拖雷係內部搶奪大汗正統之爭，而在實質上，卻是改革派與保守派之間的鬥爭的反映。忽必烈由於在名義上取得正統的合法地位，又有強大的物力和兵力作為後盾，因而取得決定性勝利。
投其所好阿合馬擅權
創業是不容易的。從忽必烈在開城設藩置府開始算起，至滅亡南宋王朝為止的15年時間裏，他真可謂是困難重重，舉步維艱。在設藩開府之初，他主要依靠漢人幕僚劉章忠等人管理財政。可是，在漢族官員李王亶叛亂以後，由於涉嫌的漢族官員頗多，甚至連身邊的大臣王文統也是李王亶的同黨，這不能不在他思想上產生極大震動。於是在平定李王亶叛亂之後，他不再任用漢族官員為財政大臣，而是起用了色目人阿合馬。
阿合馬是怎樣一個人呢？據說他是隨察必皇後出嫁的一名媵人（家奴）。由於他善於察言觀色，聰明伶俐，很是得忽必烈歡心。這一年，忽必烈與阿裏不哥爭奪大汗的戰事已接近尾聲，忽必烈取得絕對優勢，但由於巨大的軍費開支，已經使得國庫空空如也。而當時北方又發生了蝗、旱災害，許多百姓被迫背井離鄉，四處逃散。因此忽必烈當務之急就是要賑救災民，成立專門機構，加強各種稅收的管理。這樣，平時在內宮裏以善於管理經濟開支和懂得生財之道的阿合馬，便被忽必烈任命為中書丞兼諸路都轉運使，掌握了財賦大權。為了取悅忽必烈，保證自己官運亨通，他決定利用一切可以利用的辦法，迅速增加國庫收入。為此，他在出任諸路都轉運使期間，陽奉陰違巧立名目，迎合忽必烈急需錢的心理要求，搜刮到大量財物，使征伐南宋的戰爭有了充足的物質供應。
然而，阿合馬不擇手段盤剝百姓的做法，卻使蒙古貴族感到不安，尤為主張以仁政治天下的漢人儒臣所厭惡。他們認為，如果讓阿合馬之流繼續驕橫下去，那麼已經推行的漢法將遭到徹底破壞，其結果必將陷入“國將不國”的危險境地。
大都暴動錘擊奸臣頭
光陰荏苒，歲月無情，曾隨忽必烈置藩開府、北討叛亂、擊平南宋的文臣武將老的老、死的死。忽必烈本人到正式統一全國時也65歲了。忽必烈在悠悠歲月中，在漢人儒臣的幫助下，建立了不朽的功勳。如果再進一步推行漢法，那麼蒙古族舊有的傳統就有淹沒在漢文化的汪洋大海中的危險，不僅國家統治基礎將會動搖，而且北部諸王和反叛也更加猛烈，這是不能不慎重考慮的。為此，他對儒臣們關於“王道”、“仁政”的高談闊論和修身養性的陳詞濫調感到厭煩，而在追求實實在在的功利和效用。阿合馬的鑽營實幹，以及他為充實國庫的權變措施，再次受到忽必烈的賞識，稱讚他是真正的相才。
隨著阿合馬的崛起和“理財派”的得勢，朝廷中的“漢法派”越來越弱了，幾乎無力與之抗衡。就在這時，“漢法派”一個新的靠山出現了，這人就是忽必烈的皇太子真金。
真金是察必皇後所生的第2個兒子。從9歲開始，忽必烈讓他接受長期的儒家教育，多年以後，真金在思想上已全盤接受儒家文化，成長為一個蒙古血統、漢家風範的彬彬君子。於是，“漢法派”為了對抗阿合馬，便竭力支持擁護漢法的真金為皇儲，而關鍵是忽必烈是否同意。
公元1273年，忽必烈通過征求漢族官員和蒙古貴族的意見，終於立真金為皇太子。阿合馬之流對此當然十分惱火，但也沒有什麼辦法。
公元1279年，忽必烈已65歲，幼時所患的腿疾舊病複發，行動很不方便。於是，漢人儒臣決定擁戴真金出來親政，以便打擊阿合馬的氣焰和權勢。在漢法派的巧妙活動下，忽必烈終於同意真金可以臨決國家庶務，然後向他報告。當然，朝政大權仍掌握在忽必烈手中。
忽必烈退居幕後以後，真金名義上掌握了朝廷庶務，但阿合馬及其黨徒仍控製著許多實權，因為經過阿合馬2O年來的苦心經營，他的子侄和爪牙遍布天下。這些人依仗著阿合馬的權勢，陷害忠良，窮凶極惡，正氣難申，百姓嗟怨。
公元1282年，忽必烈按照往常慣例離開大都去上都，皇太子真金也隨同前往，由阿合馬和中書平章事兼樞密副使張易等人留守大都，就在這時，罪孽深重、萬民痛恨的阿合馬被一個名叫王著的千戶小官用銅錘擊殺了。
原來，王著本是山東益都人，為人輕財重義，膽識過人。他在大都城裏不過是個千戶，但早有誅殺阿合馬為民除害的打算。他聽說忽必烈和真金太子去了上都，便秘密聯絡了高和尚等8O多人，要趁機暗殺阿合馬。他找到一個外貌與太子真金相似的人，將他打扮成太子真金，假稱要還京做佛事。3月17日那天，有人矯傳太子真金的命令，要阿合馬派出官員前去迎接。阿合馬不敢怠慢，先吩咐右司郎中脫歡察兒帶十幾名士卒出城遠迎，自己也換上衣服準備到東宮前迎接。王著見脫歡察兒一行人到來，不露聲色地將他們全部殺死，然後趁著黑夜殺到東宮門前。這時，阿合馬已經在那裏迎候。於是“太子”隊伍中傳出呼喊阿合馬前去迎拜的聲音。阿合馬趕緊走上前去，躲在一旁的王著抽出藏在袖中的銅錘，猛力向阿合馬砸去，直到見他腦漿迸裂才住手。就在隨從官員不知所措慌作一團的時候，宮中一批近衛趕到。領頭官員看出其中有詐，高喊：“太子是假的，叛逆，叛逆！”頓時，亂箭齊發，起事者要王著趕快離開。王著卻泰然不動，並高聲喊道：“殺賊者是我。”掩護高和尚等逃跑。
忽必烈聞及京中有變，十分震怒，立即傳令樞密副使孛羅、司徒和禮霍孫火速前往鎮壓和調查，自己也帶著太子急匆匆返回京城。3月22日，王著、高和尚和樞密副使張易都被處死。臨刑前，王著視死如歸，慷慨激昂地高喊：“我王著為天下除害，今天雖然死了，但日後定有人記我事跡。”王著死時，年僅29歲。
阿合馬被殺的消息傳開以後，大都市民無不拍手稱快，載歌載舞。據說，貧窮的人家情願典當僅有的衣服，紛紛買酒慶賀，使城裏的藏酒五日內賣盡。忽必烈奇怪地問孛羅，才詳細得知阿合馬的罪行，不由大怒說：“王著殺了阿合馬，殺得太好了。”他傳令掘墓剖棺，將阿合馬戳屍後拋到通玄門外的野地裏，並讓狗吃他的肉。阿合馬的黨羽幾百人被罷了官，有十幾個子侄被處死，家產也全部沒收。
父子異趣真金誌難酬
忽必烈自從大都暴動以後，心境久久不能平靜下來。他怎麼也沒想到，被自己稱作奇才的阿合馬，竟是萬民咒罵的奸賊。
也就在這一年，與忽必烈濡沫相處了4O多年的察必皇後也死了，這對忽必烈來說也是個不小的打擊。他在緬懷哀慟之後，按照察必皇後臨終前的托咐，將她的侄女南必晉升為皇後，讓南必皇後協助太子真金處理朝廷的日常庶務。
真金是一個學識淵博、聰明能幹的人，又正是4O歲左右年紀，可謂年富力強。當時出任右丞相的為翰林學士兼司徒的和禮霍孫，而左丞相則是蒙古國重臣耶律楚材的兒子耶律鑄，他倆都是尊從儒學讚成改革的人。在真金主持朝政以後，一方麵繼續查處阿合馬的黨羽，另一方麵，又大批起用被阿合馬排擠打擊的漢人儒臣，這樣朝廷裏的許多部門，都有不少漢人儒臣。
真金對推行漢法的態度是積極的，當他聽說原南宋工部侍郎倪堅是一位名儒時，特意派人把他請來京城，問古今成敗得失。倪堅說：“夏商周三代，以仁得天下，以不仁失天下。至於漢、唐兩朝及宋代，前者以外戚閹吏失天下，後者以奸黨權臣失天下。”真金聽罷，十分佩服倪堅的見識，並決定要向父親忽必烈奏請開設科舉，以便通過考試的途徑擢拔更多有用的人才。
然而，真金的繼續推行漢法的種種措施，在忽必烈看來是走得太遠了和太過份了。忽必烈始終認為，推行漢法應是有限度的，是以不損害蒙古貴族的利益為前提的。如果說忽必烈在滅亡南宋以前，對推行漢法是比較積極的話，那麼，在他統一全國以後，則轉向消極和保守。他過去之所以一再提升阿合馬，其中的一個意圖就是要利用色目人去對抗漢人，讓色目官員與漢人儒臣相對立和排擠，從而穩固自己作為蒙古貴族最高代表的地位。於是，在忽必烈和太子真金之間，思想感情上明顯出現了裂痕，而表現在政治路線上，便成為保守和改革的對抗。忽必烈為了避免使元王朝走上全盤漢化的道路，就決定改組中書省和其它主要機構。
公元1284年11月，忽必烈下令改組中書省。他在朝廷上親自主持了一次禦前辯論會，辯論會的議題是如何整頓稅收以增加國庫的收入。結果，曾在阿合馬專權時出任江西榷茶運使的盧世榮，以旁征博引和口說大話擊敗了和禮霍孫，大受忽必烈賞識。於是忽必烈罷免了和禮霍孫、耶律鑄、張雄飛、溫迪罕等“漢法派”人職務，以盧世榮為右丞，史桓為左丞，故實權旁落到盧世榮手中。這次朝廷改組，對皇太子真金說來真是有苦難言。由於和禮霍孫和張雄飛等人被免職，實際上是削去了左臂右膀，而盧世榮等人的所謂整頓稅製，無非是以擾民害民辦法去充實國庫，必然會帶來嚴重後果。可是，朝廷大權仍然掌握在父皇忽必烈手中，真金縱然有天大的抱負，卻也無可奈何！
轉年3月間，一件奇怪的事情發生了：有人寫了封秘密的奏章，說忽必烈年壽已高，請求禪位於皇太子，並要求南必皇後不應幹預朝廷政事。皇太子真金得知以後，嚇得不知如何是好，連忙傳令將這封奏章扣押下來，但卻被阿合馬的餘黨答即古阿散向忽必烈告了密。忽必烈聽罷大怒，要求迅速查明此案。虧得一個名叫尚文的都事提出建議，從舊案中找出答即古阿散過去貪贓的罪行，並搶先控告他有貪汙和誣告之罪，將他打入監獄。這樣，忽必烈才不再提追查秘密奏章的真相。
但他一直在懷疑，這事的背後是否與太子真金有瓜葛，可又想不出任何證據。太子真金呢？也有自己難言的隱衷，怕在父親的追問下越描越黑。這樣，父子之間的關係更加日疏漸遠了。一天，忽必烈對真金說：“我已經71歲，身體一向欠安，腿腳也不方便，你已經有治理天下的經驗，我想將帝位讓給你，你看呢？”真金聽到父親那緩慢又平靜的聲音，頓時覺得寒冷刺骨，不知將發生什麼變故，趕緊跪地叩首說：“父皇功高蓋世，孩兒怎配登此寶座，祝父皇萬壽無疆！”說罷，馬上告退出門而去。望著真金匆匆離去的背影，忽必烈不解地喃喃自語：“真金這是怎麼了？真金這是怎麼了？”
不久，太子真金果然驚嚇成疾，一病不起。同年12月，真金先忽必烈而亡故，時年僅43歲。
八十壽終功業傳千秋
忽必烈是一個不知疲倦的人，他並不以征服南宋王朝統一全國而滿足，也不願意看到漠北蒙古族諸王仍在反叛，而是要建立一個更大的蒙古帝國。為此，忽必烈雖然已近古稀之年，仍然風塵仆仆地坐著象拉的輿車親征蒙古諸王乃顏的叛亂，派兵去攻打高麗（朝鮮）、日本、安南、占城（今屬越南）、緬甸和不畦（今屬印度尼西亞）等國。盡管這些向外擴張的軍事行動以失敗告終，但他的雄心仍沒有磨滅。
在治理國家的策略權謀方麵，忽必烈的積極進取精神也是令人鼓舞的。可以說，忽必烈是蒙古族中最有文化教養的人，他對於儒家經典《四書》、《五經》，特別是中國曆史方麵的知識是比較豐富的，如《貞觀政要》、《資治通鑒》等，便是他最為喜愛的書。對於中國曆史上的漢高祖唐太宗、金世宗和宋太祖等開國君王，他總是以讚歎的心情去談論他們的功績。忽必烈曾向隨從們表示，希望自己身邊有一個像魏征那樣的人，能經常諍諫朝政的得失，說隻要是憨直忠言，雖然聽起來不悅耳，但自己也會樂於接受。為此，在他執政期間，雖然因民族心理差異難得有耿直的諫臣，卻有不少人敢於直言而得到重視。這無疑是應該充分肯定的。
然而，忽必烈畢竟是出身蒙古貴族的封建帝王，所統治的又是人數眾多、文化發達和民族意識相當濃厚的漢族。因此，從維護蒙古貴族的最高利益出發，他的統治策略不得不進行調整：一方麵起用色目人以消減漢人儒臣的勢力，讓色目官員和漢族官員經常處於矛盾對抗的境地，另一方麵又有意識地將漢族官員分為漢人和南人，讓他們的勢力相互牽製和抵消。忽必烈的這些做法，是在當時的曆史條件下的一種選擇。舍此，就無法維護蒙古貴族的統治地位。
在對待漢族百姓的問題上，忽必烈也不得不采用懷柔與鎮壓相結合的策略。在通常情況下，忽必烈強調官員要為政清廉，不能隨便增加苛捐雜稅，讓百姓們得以安居樂業。特別是在一統全國以後，各地人民起而反抗的武裝鬥爭時有發生，給元王朝的統治帶來嚴重威脅。為了消弭百姓的憤懣情緒，忽必烈實行了比較寬仁的政策。如在公元1279年，有官員向忽必烈建議征用百姓的牛車運送軍糧時，忽必烈責備他們說：“百姓的疾苦，你們不聞不問，隻知道役使他們。要是將百姓的車和牛都征走，他們用什麼去耕田種地呢？必須嚴加禁止。”公元129O年（至元27年），江陰（今屬江蘇）地區發生嚴重水災，洪水兩個月還未退盡，流民高達45萬人。他得知消息以後，坐臥不安，馬上派人找來尚書省的官僚商量賑濟辦法。臣僚們說：“地方官員的報告還未送到朝廷，不如先派使臣去調查。”忽必烈聽罷，惱怒地說：“人命關天的這件大事，非同兒戲，豈能拖延時日，應該立即傳令行省衙署發放救濟。”身為蒙古貴族的忽必烈，能做到這步田地確實是不容易的。
忽必烈畢竟老邁年高了，他不能不考慮皇位的繼承人問題。皇太子真金已死，其他幾個兒子由於各種原因都不合忽必烈的心意。這樣，忽必烈的視線移到皇孫們身上。經過較長時間的觀察，他發現真金的第三子鐵穆耳是皇孫中的佼佼者，便有意識地培養他。鐵穆耳已經2O多歲，平時頗習文武，也有膽識，在皇孫中威望較高。但是鐵穆耳有個不好的嗜好，經常聚眾豪飲。忽必烈為了改變他的壞毛病，不時嚴加管束，又曾經三次用鞭子抽打他，要他改過自新。另外忽必烈專門派遣侍臣去監督鐵穆耳的生活行為，使他終於改掉了好喝酒的習慣。可以看出，忽必烈對於皇位繼承人的選擇和培養，是非常慎重從不姑息溺愛的。公元1294年正月，剛確立鐵穆耳為皇位繼承人的忽必烈，終於闔然長逝，享年八十歲，諡稱聖德神功文武皇帝，廟號世祖。
忽必烈是以其文治武功在中國大地確立其至高無上地位的。對於忽必烈其人其事，既要從當時的曆史環境去分析，又要從中華民族的形成過程和現狀去考慮評估。在《元史》中，史學家對忽必烈的評價是：“世祖度量弘廣，知人善任，信用儒術，能以夏變夷，立經陳紀，所以為一代之製者，規模宏遠矣！”當時的史學家從大漢族主義出發，對忽必烈實行漢法說成是“以夏變夷”，實際上是不了解行漢法的必然性、進步性以及它的局限性。在當時曆史條件下，不行漢法是無法在廣袤的國土上建立元王朝的，也難以鞏固元王朝的統治，這是曆史發展的必然，任何人包括忽必烈在內是無法改變的。然而，當時的曆史家也不得不承認，由於忽必烈有強烈一統天下的政治抱負，初步突破了民族界限，敢於擢拔漢人和起用南人，對保守的蒙古貴族和色目人棄而不用，從而建立起比漢王朝、唐王朝的疆域還要廣闊的國家。因此，從中華民族發展史全過程來說，從忽必烈的治國方略和管理才能上看，他不愧是一位積極進取的政治家，一位奮發有為的封建帝王。