天啟二年（1622年）十月，新科狀元文震孟上《勤政講學疏》。《勤政講學疏》的內容是敦促皇帝切實負起責任，親自執掌國政。這位新狀元膽子很大，在談到皇帝參加那些例行的朝拜儀式時說：“皇上昧爽臨朝，寒暑靡輟，於政非不勤矣，而勤政之實未見也。鴻臚引奏，跪拜起立，第如傀儡之登場，了無生意。”這個說法恰恰道出了當時政治格局的實質：天啟帝隻是一具傀儡。至於誰是傀儡後麵的提線操縱者，文震孟並沒有說明，但魏忠賢似乎很了解疏中的真意。他以皇帝的名義傳出聖旨，要對膽敢侮辱君主的文震孟廷杖80。由於朝臣們的救護，文震孟後來免除了廷杖，僅被貶職調外；但魏忠賢以此第一次對東林黨人露出了猙獰麵目。雙方的對立更加尖銳。
天啟三年（1623年）二月，周宗建疏攻給事中郭鞏交結魏忠賢，並把魏忠賢比作前朝的汪直和劉瑾。周宗建同郭鞏的矛盾是由其他一些事情引起的，但至少按照周宗建的說法，郭鞏數次攻擊東林黨人是因為受了魏忠賢的指使。周宗建認為，帝國現在已經到了十分危急的時刻，魏忠賢不僅握有大權，而且內有客氏為援，外有郭鞏一類小人幫襯，其勢力甚至超過了前朝的劉瑾。他還特別請求皇帝調查王安慘死的原因。據說魏忠賢對周宗建之疏反應很強烈，還在皇帝麵前大哭大鬧過一番。他本擬對周宗建實行廷杖，由於大臣的爭執，最後仍是罰俸了事。
在周宗建以後，又有給事中劉化弘、陳良訓，禦史方大任、胡良機、黃尊素等人數次從不同角度直接或間接地攻擊魏忠賢，但魏忠賢顯然沒有受到任何損害。相反，在同東林黨人的決裂已經無法轉逆的趨勢日益明顯的時候，魏忠賢還適度地展開了反擊。利用朝中一些人同東林黨人的矛盾，魏忠賢從重要崗位上排擠走了東林主將劉一燝、鄒元標等人。這樣屢屢進攻而全無收效，大概頗使東林黨人惱火，促使他們在天啟四年對魏忠賢發起了一場總攻。
天啟四年（1624年）六月，東林大將、左副都禦史楊漣上疏彈劾魏忠賢，疏中列舉了魏忠賢的24條罪行，並要求將他“麵縛至九廟之前，集大小文武勳戚，敕法司逐款嚴訊，……正法以快神人公憤。”在東林黨人指斥魏忠賢的奏疏中，楊漣疏內容最豐富、最全麵，因而也最有代表性。從疏中的言辭不難看出東林黨人對當時政治情勢的判斷和他們的一些真情實感。
這份文件相當長，24條大罪羅列的事實也很多，但其中要害的要害就是一句話：擅天子之權。
楊漣在疏中劈頭就指出：“祖宗之製，以票擬托重閣臣，非但令其靜心參酌，權無旁分，且使其一力擔當，責無他卸。自忠賢專擅，旨意多出傳奉。傳奉而真，一字抑揚之間，判若天淵；傳奉而偽，誰為辨之？……甚至有徑自內批不相照會者，……壞祖宗二百餘年之政體。”票擬是內閣的特權，如果皇帝對某件事情有自己的主見，派人向內閣傳達口頭或書麵信息，要求內閣按照自己的意思擬旨，就稱為“傳奉”，這已經有點侵內閣之權的意味了。如果皇帝根本沒有通過內閣，而是直接在奏章上擬旨（當然要通過司禮監），則稱“內批”。由於內批完全是違背了明代的政治製度，可以說是非法的。但在極權社會中，皇帝的意誌具有高於一切的特殊性，所以無論他有怎樣的想法，也不論他用什麼樣的方法來表達處這這種想法，臣民也隻能是遵行。隻是在東林黨人看來，嚴重的問題在於：在君臣間極度隔離的狀態下，外朝諸臣根本就弄不清這些傳奉和內批到底是皇帝的本意還是出自別的什麼人之手，所謂“誰為辨之”。不過按照楊漣全疏的邏輯，至少他本人並非莫辨真假，而是確定所有這些傳奉與內批來的旨意全是魏忠賢的私貨。正因為這樣，他才會把朝廷中種種劣政的責任都安在魏忠賢的頭上。
楊漣並沒有分析魏忠賢何以能夠擅天子之權，但他卻明確地點出了這種狀況的實質：“宮中府中，大事小事，無一不是中賢專擅，即奉奏之旨，反覺皇上為名，中賢為實。”魏忠賢正是打著皇帝的旗號，以皇帝政治代表的身份統治著這個帝國。
在天子的名義下，魏忠賢肆意地踐踏傳統和製度。明代任命高級官員通常由有關方麵協商推薦，稱為“會推”。會推出的名單通常是一缺數人，由皇帝最後指定一人；但根據常規，皇帝應該選擇名單上排在第一位的人。楊漣指出，在會推內閣成員和尚書、侍郎的時候，魏忠賢竟然違反曆來的規矩，不用名單首列的第一人。據楊漣分析，這是“顛倒有常之銓政，掉弄不測之機權”，本身就包藏著極大的禍心。