六國滅亡後，秦始皇始終對六國舊貴族、富商大賈不放心，把他們視作擾動天下不安的禍源。這些人在秦滅六國的過程中，並沒有對秦軍進行武裝抵抗，也不公開與秦政權為敵，秦始皇找不出理由在政治上對他們法辦，在經濟上剝奪其財產。為解決這一問題，秦始皇從當年吳起在楚國變法“令貴人往廣虛之地”中得到啟發，於統一天下的當年（公元前221年）斷然下令，將六國舊貴族強行遷至鹹陽。
隨著這些六國富豪、舊貴族的西遷，他們在當地的勢力、影響也將隨之消失，而他們在當地的財產實際上已被剝奪。這樣他們也就沒有了作亂的資本。因此，強行遷徙富豪、舊貴族於鹹陽，被認為是消除六國貴族在原地所具有的政治、經濟實力的最佳方案，被秦始皇以法令的形式頒布執行。據史料記載，公元前221年，有12萬戶的六國富豪、舊貴族被強令遷居鹹陽。
從某種意義上說，收繳兵器並熔鑄十二銅人與強令遷徙富豪、舊貴族，是秦滅六國戰爭在更深層次上的實施與延續。其目的在於徹底鏟除六國的殘餘勢力，為構築未來的帝國大廈提供更加穩固的基礎和安定的環境。在此，我們又一次看到了作為帝王的秦始皇在政治上的深謀遠慮。
建立專製主義中央集權的政治製度
秦始皇所創立的“君權神授”的皇帝製度，賦予了皇帝以“天下之事大小皆決於上”的生殺予奪大權。然而，皇帝為行使這一權力，還有賴於一整套從中央到地方的嚴密的政權機構和官僚製度，有賴於上下有序的承傳製度。
大秦帝國建立伊始，在實行中央集權的郡縣製度還是實行周以來的分封製度的問題上，在秦國的大臣中曾經引發了一場爭論。
這天，在朝會上，丞相王綰等人向秦始皇上言道：“各諸侯國新近被攻破滅亡，燕、齊、韓等國地處偏遠，不設置王國，便無法鎮服這些被征服的國家。依微臣之見，不如派遣皇子到燕、齊、韓等地為王，以分陛下之憂，承望聖上準奏，如此則天下甚幸。”
秦始皇看了一眼跪在大殿之下的王綰和文武群臣，說道：“是否要設置諸侯國，乃國家體製之大事，還需謹慎度之，不知眾卿意下如何？”
“王丞相所言甚是……”“臣等也認為應沿襲周製，設立諸侯國……”“陛下膝下皇子眾多，若分派至各地為王，的確可以為聖上分憂……”大殿之下，文武群臣都認為王綰等人的意見很有道理。
看了看議論紛紛的群臣，秦始皇把目光投向了一直沉默著的廷尉李斯身上。他知道，李斯博學多識，而且思維縝密、行事謹慎，此時一言不發，必定有不同的意見。
“李愛卿，你有何建議，不妨說來聽聽。”
“啟奏陛下，微臣以為，沿襲周朝的分封製度，甚為不妥。周武王將打下的天下分封給眾多的同姓子弟，分而治之，表麵上是緩解了朝廷的負擔，實際上則是分散了朝廷的權力。而且，這些諸侯王的後代逐漸彼此疏遠，相互攻擊，連周天子也不能禁止。今日，四海之內，幸陛下的神武得以統一，各諸侯國都成為我大秦的郡縣。聖上的諸皇子以及功臣享有賦稅收入及重賞即可滿足。以諸侯國為郡，如此則容易控製，天下人對此也無異議，這才是使國家得以安寧的辦法，而設置諸侯國則對國家不利。”
嬴政本來就不同意在統一天下之後分封諸侯國，但他見王綰等人提出這一建議，而王綰又身為丞相，不便立即表態，就故意交付眾臣討論，通過不同意見之間相互辯論，來進一步闡述郡縣製的優越性，駁斥實行分封製的主張。因此，他見李斯已經論證了“置諸侯不便”，就在李斯議論的基礎上，進一步明確指出：
“天下長期苦戰不休，就是因為諸侯王的緣故。如今，蒙我大秦列祖列宗的神靈庇佑，朕得以統一天下。若再設立諸侯國，這是在他們之間樹立刀兵，如此還想求得安寧，豈不比登天還難？還是廷尉之言有理啊！”
於是，秦始皇頒布詔令：廢除分封諸侯的製度，全麵推行郡縣製度。以郡作為國家地方政權唯一的存在形式，把全國分成三十六郡（以後又陸續增設至四十餘郡），每郡統轄若幹縣。
秦始皇以戰國時期秦國官製為基礎，把官製加以調整和擴充，建成一套適應統一國家需要的新的政府機構。
大秦帝國的國家最高權力機關是“朝廷”，“朝”即宮內皇帝朝見百官、商議並決定國家大事的朝堂，“廷”是宮外國家各職能部門辦事的機關，亦稱“外廷”。朝廷的首腦就是皇帝，他淩駕於律法之上，享有至高無上的權力，對國家一切事務擁有最高決斷權。
直接隸屬於皇帝之下的中央政府，即所謂的“外廷”，是國家的最高行政機關，設丞相、太尉、禦史大夫。
丞相有左右二人，以右為上，掌政事，是中央政府的最高行政長官，在皇帝的直接領導下，負責處理國家日常的一切行政事務。丞相為“金印紫綬”。
太尉掌軍事，是中央政府的最高軍事長官，在皇帝的直接領導下，負責處理國家日常的一切軍事事務，戰時擁有領兵作戰的權力，但沒有調兵權。太尉也為“金印紫綬”。