我沒有本校與他校的界限，常為之通盤打算，求其合理化。是時北大設文、理、工、法、商五科，而北洋大學亦有工、法兩科；北京又有一工業專門學校，都是國立的。我以為無此重複的必要，主張以北大的工科並入北洋，而北洋之法科，刻期停辦。得北洋大學校長同意及教育部核準，把土木工與礦冶工並到北洋去了。把工科省下來的經費，用在理科上。我本來想把法科與法專並成一科，專授法律，但是沒有成功。我覺得那時候的商科，毫無設備，僅有一種普通商業學教課，於是並入法科，使已有的學生畢業後停止。
我那時候有一個理想，以為文理兩科，是農、工、醫、藥、法、商等應用科學的基礎，而這些應用科學的研究時期，仍然要歸到文理兩科來。所以文理兩科，必須設各種的研究所；而此兩科的教員與畢業生必有若幹人是終身在研究所工作，兼任教員，而不願往別種機關去的。所以完全的大學，當然各科並設，有互相關聯的便利。若無此能力，則不妨有一大學專辦文理兩科，名為本科，而其他應用各科，可辦專科的高等學校，如德法等國的成例。以表示學與術的區別。因為北大的校舍與經費，決沒有兼辦各種應用科學的可能，所以想把法律分出去，而編為本科大學；然沒有達到目的。
那時候我又有一個理想，以為文理是不能分科的，例如文科的哲學，必植基於自然科學；而理科學者最後的假定，亦往往牽涉哲學。從前心理學附入哲學，而現在用實驗法，應列入理科；教育學與美學，也漸用實驗法，有同一趨勢。地理學的人文方麵，應屬文科，而地質天文等方麵屬理科。曆史學自有史以來，屬文科，而推原於地質學的冰期與宇宙生成論，則屬於理科。所以把北大的三科界限撤去而列為十四係，廢學長，設係主任。
我素來不讚成董仲舒“罷黜百家，獨尊孔氏”的主張。清代教育宗旨有“尊孔”一款，已於民元在教育部宣布教育方針時說它不合用了。到北大後，凡是主張文學革命的人，沒有不同時主張思想自由的；因而為外間守舊者所反對。適有趙體孟君以編印明遺老劉應秋先生遺集，貽我一函，囑約梁任公、章太炎、林琴南諸君品題；我為分別發函後，林君複函，列舉彼對於北大懷疑諸點。我複一函，與他辯。這兩函頗可窺見那時候兩種不同的見解，所以抄在下麵：
……
這兩函雖僅為文化一方麵之攻擊與辯護，然北大已成為眾矢之的，是無可疑了。越四十餘日，而有五四運動。我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裏麵，應以求學為最大目的，不應有何等政治的組織。其有年在二十歲以上，對於政治有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。所以民國七年夏間，北京各校學生，曾為外交問題，結隊遊行，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，他們一定要參與；我因此引咎辭職。經慰留而罷。到八年五月四日，學生又有不簽字於巴黎和約與罷免親日派曹、陸、章的主張，仍以結隊遊行為表示，我也就不去阻止他們了。他們因憤激的緣故，遂有焚曹汝霖住宅及攢毆章宗祥的事，學生被警廳逮捕者數十人，各校皆有，而北大學生居多數。我與各專門學校的校長向警廳力保，始釋放。但被拘的雖已保釋，而學生尚抱再接再厲的決心，政府亦且持不做不休的態度。都中宣傳政府將明令免我職而以馬其昶君任北大校長，我恐若因此增加學生對於政府的糾紛，我個人且將有運動學生保持地位的嫌疑，不可以不速去。乃一麵呈政府，引咎辭職；一麵秘密出京，時為五月九日。
那時候學生仍每日分隊出去演講，政府逐隊逮捕，因人數太多，就把學生都監禁在北大第三院。北京學生受了這樣大的壓迫，於是引起全國學生的罷課，而且引起各大都會工商界的同情與公憤，將以罷工罷市為同樣之要求。政府知勢不可侮，乃釋放被逮諸生，決定不簽和約，罷免曹、陸、章，於是五四運動之目的完全達到了。
五四運動之目的既達，北京各校的秩序均恢複，獨北大因校長辭職問題，又起了多少糾紛。政府曾一度任命胡次珊君繼任，而為學生所反對，不能到校；各方麵都要我複職。我離校時本預定決不回去；不但為校務的困難，實因校務以外，常常有許多不相幹的纏繞，度一種勞而無功的生活，所以啟事上有“殺君馬者道旁兒；民亦勞止，汔可小休；我欲小休矣”等語。但是隔了幾個月，校中的糾紛，仍在非我回校不能解決的狀態中，我不得已，乃允回校。回校以前，先發表一文，告北京大學學生及全國學生聯合會，告以學生救國，重在專研學術，不可常為救國運動而犧牲。到校後，在全體學生歡迎會演說，說明德國大學學長、校長均每年一換，由教授會公舉；校長且由神學、醫學、法學、哲學四科之教授輪值；從未生過糾紛，完全是教授治校的成績。北大此後亦當組成健全的教授會，使學校決不因校長一人的去留而起恐慌。