在離開蘋果後，當時SGI的首席執行官艾德·邁克拉肯和總裁湯姆·傑姆拉克雙雙親自出馬邀請李開複，希望他能加盟SGI。當時的SGI剛剛完成兩次大的並購：1995年，SGI以5億美元收購圖形軟件公司Alias Research and Wavefront Technologies；1996年，SGI更是斥資7.4億美元收購了被稱為“超級計算機之父”的西蒙·克雷創建的超級計算機公司Cray Research。SGI的業務範圍與他在蘋果所做的多媒體產品有著一定的相通之處：在1992年，SGI開發了知名的2D/3D圖形應用程序編程接口（API）OpenGL，直到今天OpenGL標準在數字圖形領域仍然有著廣泛的應用，這對李開複來說無疑有著極大的吸引力。
SGI躊躇滿誌，李開複也有著把市場做大的雄心壯誌。對於李開複來說，不是僅僅滿足於為SGI賣出幾千份軟件，而是希望公司能和他的想法一起成長，為更多用戶提供服務。於是，李開複和SGI很快就達成了協議，成為SGI的公司副總裁，顯然，SGI也把公司振興的希望寄托在了他的身上。
李開複到了SGI之後負責了一些商業的項目，賣出了兩三億美金的服務器，這在當時是一項了不起的成就。但是，SGI的商業模式卻有著先天的不足，那就是SGI的機器價格昂貴，非一般人所能承受，軟件隻有專業人員才會有興趣，而新購並的超級計算機業務隻有NASA、統計局等需要進行超級計算的政府部門和科研機構等寥寥無幾的客戶，很明顯，SGI的用戶群過於專業化。
為了改變這種情況，李開複開始了基於OpenGL的多媒體應用的研究，想象著開創一個新的軟件平台，可以在互聯網上跨平台使用。他做的產品是一個三維瀏覽器。
雖然現在3D已經很普遍，但在當時這是一項很酷的技術。要知道，在1996年，計算機的軟硬件條件都不是很好，能在瀏覽器裏看三維的圖像，這是相當不容易的。李開複每次做演示的時候，觀眾們都會有難以置信的感覺。他們覺得，在一個這麼慢的電腦上，居然可以做三維的圖像，而且能做得這麼好、這麼逼真、這麼快，你們是不是做了一個硬件加速器啊？等檢查以後他們發現這隻是通過一個軟件來實現的時候，那些看的人真的是下巴都掉了下來，等他們回過神來，他們的第一句話往往就是：“哇！怎麼會有這麼了不起的東西！”
有了這樣的鼓勵，李開複和他的團隊就繼續去改善這個產品。他們覺得一定會又一次地得到成功，因為這個東西又酷又新，競爭對手——無論是微軟、蘋果還是IBM——都做不出來。未來非常光明，看到這個產品的每個人都非常認可，非常支持他們做的一切。然而他們並沒有意識到，這種認可對於消費者來說是沒有任何成本的，也不是商業上的認可，而在這種廉價的鼓勵下，他們已經慢慢偏離了原來做這個產品的初衷，想著的隻是如何把這個產品做得更炫、讓更多的人驚歎——這隻是另一個完美主義的陷阱而已。不得不說，盡管已經曆過蘋果的沉浮跌宕，李開複仍然還沒有意識到蘋果的失敗原因究竟在哪裏。
李開複認為，這是一項了不起的技術，會徹底改變互聯網甚至人類的生活。於是他向公司建議，“我們來做一個多媒體公司吧”。公司的首席執行官艾德·邁克拉肯對互聯網和這個項目有特別的興趣。他很慷慨地花費時間來聽李開複的遊說，然後便竭盡全力地支持他的計劃。