之後SGI與微軟曾合作開發OpenGL++，但一樣是無疾而終。SGI聲稱，微軟缺乏合作的誠意，隻是想把OpenGL技術應用到Direct 3D裏。SGI試圖與微軟合作的計劃全麵失敗。
這次失敗對李開複來說是刻骨銘心的。李開複一心想著隻要自己的產品好，就會使得微軟要麼接受合作，要麼接受競爭。根本沒有想到微軟會如此打太極，在以Windows的活力贏得了全世界之後，竟然會反過來拒絕其他有活力的產品。
被微軟拒絕後，李開複不得不為自己偏愛的“多媒體之夢”做最後掙紮，尋找其他合作夥伴。熬過幾周之後，事情終於有了眉目，與SGI頗有淵源的網景公司（SGI和網景的創始人均為吉姆·克拉克）伸出了援助之手，接受了李開複的產品。網景瀏覽器占有60%的互聯網市場，公司也獲得了一定的收益，一年的營業額超過了1000萬美元。可是公司支出更大，必須照常開門，100多名員工的薪金一分也不能少。一年以後，虧損已經超過2000萬美元。
鐵打的營盤流水的兵，矽穀的情形就是這樣。每年總有大約30%的人離開自己的企業，而且越優秀的人才離開得越快。幾乎所有的人都是來去匆匆，能在一個地方呆上兩年，就已經是老員工了。由於公司的財務已經無法繼續維持，人心渙散，有才華的人一個又一個悄無聲息地離開了。李開複覺得，兩年前在蘋果公司的日子似乎正在SGI重演。一開始，李開複還在說服自己堅持下去，直到有一天，李開複接到了他的上司，高級副總裁瑞伯·布吉斯打來的電話，他告訴李開複說，他要走了。
這對李開複來說是一個沉重的打擊。瑞伯是個商業天才，曾在加拿大開過一家軟件公司，SGI看到他的公司不錯，就掏錢連人帶公司一起買了過來。瑞伯進入SGI負責公司的軟件研製，當初為了說服李開複加入SGI，瑞伯費了不少心血，可以說李開複來到SGI有一部分原因就是衝著他來的，但現在他也離開了。
1998年春天是在一片慘淡的氣氛中到來的。全力支持李開複的邁克拉肯也離開了公司，新總裁瑞克·布魯斯上任。他上任後的第一件事就是找到李開複，詢問項目的情況。布魯斯問了李開複一連串的問題，項目有多少人？今年賺多少錢？賠了這麼多錢怎麼辦？布魯斯是一個財務出身的經理人，喜歡用財務指標來衡量公司的一切，言下之意，他準備砍掉這個項目。
李開複趕忙跟他解釋，這個技術很有價值，比如可以用在索尼的遊戲機上，可以用在微軟什麼產品裏或者其他什麼公司裏麵，隻要給他一點時間，他可以把這個技術賣掉。瑞克·布魯斯眼睛就突然亮起來，問道：“好，你可以賣多少錢？”李開複估算了一下，說可以賣1500萬美金，布魯斯說：“好，我給你去賣。給你六個月的時間，賣不掉我就把你們全砍了。”於是李開複告辭準備出門，他又說：“開複你回來，1500萬要把這100多人都買走，我可付不起他們薪水，而且你也要走。”
第一次被炒魷魚，對李開複來說確實很尷尬。不過他還是很理解布魯斯的處境。從他的觀點來看，因為SGI碰到了種種財務的困境，此舉是不得已而為之。
李開複覺得，在衡量一個產品的時候，完全用錢來衡量也太短視了。但在他進一步思考錯誤的根源時，他發現自己也犯了錯誤，這個錯誤就是太過分的用技術人員的眼光來評估一個創新。
這也就是之前提到的“蘋果式完美主義”的影響。一開始的時候，李開複是科學家，後來跟程序員在一塊，科研領域和產業界往往會有一種“為了創新而創新”的傾向。許多研發成果隻是片麵地追求“科技領先”或是“概念獨特”，許多研究員隻是追求發表論文而不考慮創新的結果是否能很好地解決實際問題，是否能被大多數用戶接受，他們看待創新往往是看一個東西是不是以前的人從來沒做出來、夠不夠酷、夠不夠新，一味追求技術的極致，而忽略了市場對它的評價。