有自己的觀點、有明確的目標、有麵對困難的勇氣和堅持到底的信心，在經曆了蘋果和SGI的失敗後，李開複開始更加審慎地規劃自己的職業生涯。1998年7月，李開複接受了微軟的邀請，前往中國組建微軟中國研究院。
微軟決定在中國開設一個研究院的想法由來已久。但是有一個問題讓他們無法開始——找不到合適的人。這個研究院的負責人應該與中國有關係，願意去中國工作，還要是計算機領域的專家，有能力指導研究人員開展工作，同時又具備一定的管理能力。同時具備這些條件的人並不好找，因此微軟就曾經想過，如果找不到合適的人，那麼他們寧願退而求其次，先把這個機構的規模縮小，甚至隻讓它具有象征意義，然後再慢慢做大，但這樣做對微軟來說又有著不小的風險，萬一做不起來怎麼辦？這個問題一直困擾著微軟，直到1998年春天李開複“自投羅網”。
1998年7月9日，微軟公司正式宣布李開複博士加入微軟。李開複在這一天說：“我現在相信微軟研究院是實現我的夢想的地方。”許多人在之後解讀李開複這句話的時候，往往會將其解讀為李開複在職場上的飛躍：正是因為微軟中國研究院的成功，使得李開複在兩年後調回微軟總部，成為微軟曆史上首位華人副總裁。但在筆者看來，李開複所指的夢想是一個未實現的“中國夢”，正是在這個“中國夢”的指引下，雖然大多數人對前往中國組建研究院的工作視為畏途，隻有李開複甘之如飴，即使有再大的困難，他也要堅持下去。
果不其然，李開複在加入微軟後的第一個星期就碰到了問題，那就是他找不到足夠聰明又願意和他一同去中國的人。李開複和雷德蒙微軟研究院的多位華人同事進行了溝通，結果卻發現願意與他一同去中國的人很少，雖然他們都覺得在中國創辦研究院意義很大，但習慣了美國平穩生活的他們似乎不太願意跟著李開複去冒險。
另一個可能的原因是，中國研究院的待遇不夠吸引人，雖然這個原因似乎不太說得出口。
李開複與當時在惠普做視頻研究主任、後來成為微軟亞洲工程院院長的張宏江有過一番對話。當時李開複告訴他，回到中國之後的工資待遇，第一年是美國水平，第二年砍掉一部分，第三年和中國國內的工資拉平。張宏江想都沒想地就拒絕道：“開複，你聽過哪一個公司減工資的？”李開複老實地說：“沒有，但公司的政策就是這樣。”張宏江堅持說：“如果這樣，你不能指望從國外找人回來。”李開複又再度與微軟進行溝通，此後微軟中國研究院中那些從國外回來的人，都能擁有一個還算滿意的薪金待遇，應當說與張宏江的這些談話不無關聯。
《古蘭經》說，既然大山不會主動走過來靠近穆罕默德，穆罕默德就主動走過去靠近大山。李開複既然不能找到合適的人和他一起來中國，他立即選擇了到中國去找合適的人。7月中旬，距離他加盟微軟僅僅一個星期，李開複就離開美國來到了北京。值得欣慰的是，在雷德蒙，有兩位同事願意和他一同來中國創辦研究院。一位是微軟公司的軟件檢測工程師陳宏剛，另外一位是微軟公司的研究員淩小寧。
此外，還有李開複在卡內基梅隆大學讀博士時的兩位師弟沈向洋博士和洪小文博士，他們在此之前都曾和李開複在蘋果並肩戰鬥過，洪小文更是參與了李開複在大學的語音識別項目。對他們來說，李開複具有一種令人信任的個人魅力，但由於他們在總部都還有相應的研究項目，所以隻好先選擇從旁協助，為微軟中國研究院的創建而奔走和運籌。
他們就是李開複來到中國組建研究院時“最初的追隨者”，在他組建和管理微軟中國研究院的兩年裏，這幾個人給了李開複很大的幫助。
1998年，當李開複受命來到中國組建研究院時，當時的微軟在中國受到嚴重的品牌衝擊：它被猛烈指摘為壟斷者和不願了解中國規則的強硬主義者。有的媒體開始提出“信息安全的重要性”，對於微軟要在中國建立研究院，有的報道直截了當地稱“狼來了”，李開複等人與高校和科研院所的接觸也被渲染成“搶人才”。微軟在大學生中的印象也不太好，大家感覺微軟比較霸道，總體上是一個負麵形象。一些學生還通過在微軟中國工作的同學和朋友了解到，微軟的待遇、技術、環境，還有將來的發展，都沒有什麼了不起。不少同學聽了都說，他們寧可去惠普或者國際商用機器公司。