在波蘭和普魯士最高官員的陪同下，國王親自來到格但斯克，在那裏血腥鎮壓了路易派反叛首領，隨後又平定了布拉涅沃和埃爾布隆格的動亂。欽差大臣們開始在這些城市偵緝路德教的宣傳鼓動者。
在埃爾布隆格爆發了非常激烈的衝突，導致衝突的宗教問題和社會問題交織在一起。但事件的主要性質是窮人暴動，是反對貴族和富有神職人員的壓迫。暴動在1525年2月1日開始，當時路德教的信徒提出反對多明我會修道院，並想要鏟除這座修道院。擁護路德教的市議會下令禁止多明我會修士在教堂布道和傳教。平時深受市議會壓迫的小市民利用多明我會修士事件，向議會提出了各種要求，譬如減稅和改組議會等。
起初小市民們試圖通過談判迫使議會讓步，但當他們發現談判無濟於事時，就轉而去找馬爾堡縣長斯坦尼斯瓦夫·科希切萊茨基來幫他們出主意，同時要求市議員們辭職。
2月6日，百姓們推翻了市議會，把6名議員驅除出議會，留下9名，又推選了15名新議員。這次暴動中產生的新議會統治持續9個月。埃爾布隆格的百姓們曾幻想：他們能得到波蘭國王的支持，國王會讚許他們的意見。然而國王的欽差大臣們卻把造反者選出的議員全都趕出議會，同時發布了一係列反路德教的指令，禁止宣傳和傳播路德學說。一場群眾性運動就這樣被平息了。
哥白尼的學說在歐洲傳得越來越遠，影響越來越大，也傳到了路德的耳朵裏，但對路德教來說，也和對羅馬天主教一樣，哥白尼的學說是危險的。這位偉大的宗教改革家是這樣看待偉大科學革命家的發現的，他寫道：“有人提到一位新天文學家，說他想證明：不是太空或天、太陽和月亮……而是地球自身在動，在轉圈子。現在的事兒就是這樣：誰想當聰明人，誰就得想出點兒特殊的東西來，而且又一定是最好的。這個蠢人妄想把全部天文學顛倒過來。然而，正如《聖經》所指出的，約書亞命令太陽，而不是地球，停止不動。”路德的說法傳到了哥白尼的耳朵裏，而部分普魯士地區的路德教信徒也知道了路德的這一看法。費貝爾主教發出了的嚴厲指示使人們開始回避路德教的信徒。弗龍堡的神甫，其中包括哥白尼，都不大願意和路德教信徒來往。不久之後，從埃爾布隆格又傳來一個消息，這消息使哥白尼感到痛心。在1531年2月19日，當地的路德教信徒們在狂歡節化裝舞會上嘲笑了教皇、紅衣主教、主教、神甫以及其他一些神職人員。費貝爾主教在狂歡者行列中看到了影射自己的醜角形象，那是一個穿著主教服裝滑稽可笑的人，在大街上邊走邊散發用來寬恕墮落和凶殺行為的贖罪券。行列中還有一個打扮成弗龍堡神甫模樣的人在裝腔作勢地宣揚，他定住了太陽，轉動了地球。這番表演在聚攏的閑客中引起陣陣哄笑。然而，這件小小鬧劇隻不過是哥白尼年老時將要遇到的一係列痛心事的預告而已。此後許多年，愚昧人的嘲笑聲一直伴隨著哥白尼。一些對哥白尼不友好的人因這位智慧超過他們的人被嘲笑而感到幸災樂禍。
莫裏齊·費貝爾是哥白尼在瓦爾米亞生活時期的第三位主教。當他感到自己的末日已經來臨時，他留下了遺囑。在遺囑中他提出要留給自己最親密的顧問哥白尼100個弗羅倫，卻沒把他作為自己的接班人。費貝爾早就想把瓦爾米亞主教的寶座留給自己的舅舅——哥白尼的好友蒂德曼·吉斯。費貝爾主教在臨終前也表示，要把海烏姆諾主教職務交給蒂德曼·吉斯，同意讓丹蒂謝克擔任副主教。1537年7月1日莫裏齊·費貝爾主教去世，神甫會又開始選舉新的瓦爾米亞主教。從神甫們提交的名單中，國王挑選出四名主教候選人，神甫會要從這四人中選舉主教。國王挑選出的四名候選人中有尼古拉·哥白尼，其餘三人是揚·丹蒂謝克、揚·齊梅爾曼和阿哈希·馮·特倫克。哥白尼是第一次被提名作候選人，而且還主要是出於禮貌考慮，因為忠於國王和波蘭，並且獻身於天主教事業的揚·丹蒂謝克當選為主教是必定無疑的。選舉揚·丹蒂謝克擔任瓦爾米亞主教就結束了國王與神甫會之間有關選舉國王喜歡的人擔任這一職務的多年爭執。